More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0584 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0584  50S ribosomal protein L23  100 
 
 		 98 aa  201  3e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.746591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6047  50S ribosomal protein L23  93.88 
 
 		 98 aa  192  1e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.201216 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4505  Ribosomal protein L25/L23  76.04 
 
 		 100 aa  150  5.9999999999999996e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0308  50S ribosomal protein L23P  70.83 
 
 		 98 aa  147  3e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193354 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2644  50S ribosomal protein L23  69.89 
 
 		 96 aa  142  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.302905  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10717  50S ribosomal protein L23  67.01 
 
 		 100 aa  141  3e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.215764 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04000  50S ribosomal protein L23  67.35 
 
 		 103 aa  140  5e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4319  Ribosomal protein L25/L23  69.89 
 
 		 99 aa  139  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5126  Ribosomal protein L25/L23  68.82 
 
 		 96 aa  138  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1088  50S ribosomal protein L23  68.04 
 
 		 100 aa  138  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0934088 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6612  50S ribosomal protein L23  66.67 
 
 		 99 aa  138  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4313  ribosomal protein L25/L23  68.42 
 
 		 100 aa  137  3.9999999999999997e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.689927  hitchhiker  0.00977905 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3921  ribosomal protein L25/L23  68.42 
 
 		 100 aa  135  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2685  50S ribosomal protein L23  68.04 
 
 		 101 aa  135  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.85807 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2973  50S ribosomal protein L23  68.04 
 
 		 101 aa  135  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.505088  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1015  50S ribosomal protein L23  62.89 
 
 		 100 aa  134  4e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.509304  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1042  50S ribosomal protein L23  62.89 
 
 		 100 aa  134  4e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3903  50S ribosomal protein L23  67.74 
 
 		 101 aa  134  4e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1032  50S ribosomal protein L23  62.89 
 
 		 100 aa  134  4e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5047  50S ribosomal protein L23  64.21 
 
 		 100 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.185864  normal  0.262037 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1307  50S ribosomal protein L23  62.89 
 
 		 100 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.433832  normal  0.153426 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3756  Ribosomal protein L25/L23  64.52 
 
 		 101 aa  132  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.267631  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3433  Ribosomal protein L25/L23  62.37 
 
 		 103 aa  129  1.0000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17140  50S ribosomal protein L23  65.26 
 
 		 101 aa  128  2.0000000000000002e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.538328  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0564  Ribosomal protein L25/L23  64.89 
 
 		 100 aa  128  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1125  Ribosomal protein L25/L23  64.95 
 
 		 98 aa  127  6e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0933  Ribosomal protein L25/L23  63.92 
 
 		 111 aa  124  5e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.173206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23790  LSU ribosomal protein L23P  63.16 
 
 		 100 aa  123  7e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1187  Ribosomal protein L25/L23  63.92 
 
 		 104 aa  123  9e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.102596 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0629  Ribosomal protein L25/L23  63.44 
 
 		 100 aa  123  9e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29720  LSU ribosomal protein L23P  61.29 
 
 		 101 aa  121  3e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.363975 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2657  Ribosomal protein L25/L23  63.44 
 
 		 100 aa  121  3e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3141  Ribosomal protein L25/L23  63.44 
 
 		 103 aa  120  7e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.457141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0690  Ribosomal protein L25/L23  61.96 
 
 		 103 aa  119  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1709  50S ribosomal protein L23  60.23 
 
 		 98 aa  116  9.999999999999999e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.182173  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20850  LSU ribosomal protein L23P  59.78 
 
 		 107 aa  115  1.9999999999999998e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0589  Ribosomal protein L25/L23  57.89 
 
 		 100 aa  112  2.0000000000000002e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.185358  normal  0.768573 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0257  ribosomal protein L23  60.23 
 
 		 98 aa  110  4.0000000000000004e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16220  LSU ribosomal protein L23P  48.39 
 
 		 95 aa  101  3e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.491689  decreased coverage  0.0000000109599 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0217  50S ribosomal protein L23  52.13 
 
 		 95 aa  101  3e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000142731  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1182  Ribosomal protein L25/L23  56.52 
 
 		 98 aa  100  8e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000210962  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2458  50S ribosomal protein L23  49.45 
 
 		 96 aa  99.4  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0767433 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01190  Ribosomal protein L25/L23  53.61 
 
 		 96 aa  99.4  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0110234  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10000  LSU ribosomal protein L23P  50 
 
 		 95 aa  99  2e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00605072  hitchhiker  0.00000000356611 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0227  ribosomal protein L25/L23  52.81 
 
 		 95 aa  97.1  6e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1522  Ribosomal protein L25/L23  51.09 
 
 		 94 aa  97.1  7e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.800617  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0964  Ribosomal protein L25/L23  46.24 
 
 		 93 aa  93.2  1e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000679303  hitchhiker  0.000000000153425 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2331  50S ribosomal protein L23  52.17 
 
 		 95 aa  93.2  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000250147  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3022  50S ribosomal protein L23  49.45 
 
 		 94 aa  91.7  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.395888  hitchhiker  0.00706162 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4917  50S ribosomal protein L23  52.13 
 
 		 98 aa  91.3  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0776922  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0288  Ribosomal protein L25/L23  46.74 
 
 		 94 aa  91.3  5e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0208072  normal  0.0234601 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0424  50S ribosomal protein L23  51.09 
 
 		 95 aa  90.9  5e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000240996  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2153  50S ribosomal protein L23P  51.61 
 
 		 95 aa  89  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0455845  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2617  50S ribosomal protein L25/L23  50.55 
 
 		 96 aa  88.2  3e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0277949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2712  50S ribosomal protein L23  47.25 
 
 		 97 aa  87.8  4e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2397  50S ribosomal protein L23  47.25 
 
 		 97 aa  87.8  4e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00942315  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1572  Ribosomal protein L25/L23  48.39 
 
 		 97 aa  85.1  3e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000483803  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0869  50S ribosomal protein L23  48.96 
 
 		 97 aa  84.7  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000185087  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0196  LSU ribosomal protein L23P  47.25 
 
 		 93 aa  84.7  4e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00208833  normal  0.0650448 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2125  50S ribosomal protein L23  46.39 
 
 		 98 aa  84  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.966187  normal  0.432558 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1294  50S ribosomal protein L23  47.13 
 
 		 105 aa  83.6  8e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000921122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2164  50S ribosomal protein L23  45.36 
 
 		 98 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.561642 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1342  Ribosomal protein L25/L23  48.91 
 
 		 98 aa  83.2  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2442  50S ribosomal protein L23  45.36 
 
 		 98 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.369477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1159  Ribosomal protein L25/L23  41.67 
 
 		 99 aa  82  0.000000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000025981  hitchhiker  0.000000476583 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1183  50S ribosomal protein L23  43.48 
 
 		 94 aa  80.9  0.000000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1865  50S ribosomal protein L23  44.94 
 
 		 95 aa  80.1  0.000000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0212066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2709  Ribosomal protein L25/L23  44.57 
 
 		 95 aa  80.1  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000605336  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0247  50S ribosomal protein L23  43.3 
 
 		 100 aa  80.1  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.925224  normal  0.80387 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0250  50S ribosomal protein L23  43.3 
 
 		 100 aa  80.1  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0293  50S ribosomal protein L23  45.65 
 
 		 98 aa  80.1  0.00000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  unclonable  1.2871700000000001e-28 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0769  50S ribosomal protein L23  44.44 
 
 		 94 aa  79.3  0.00000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000223701  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3665  ribosomal protein L25/L23  46.15 
 
 		 99 aa  79.3  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000149169  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3705  50S ribosomal protein L23  43.33 
 
 		 110 aa  79.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0717  Ribosomal protein L25/L23  50 
 
 		 99 aa  78.6  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2905  Ribosomal protein L25/L23  45.05 
 
 		 96 aa  78.6  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2220  50S ribosomal protein L23  43.3 
 
 		 98 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0109  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 		 95 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0983  Ribosomal protein L25/L23  42.39 
 
 		 95 aa  77.4  0.00000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.285455  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2275  50S ribosomal protein L23  41.76 
 
 		 91 aa  77.4  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000227953  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2316  50S ribosomal protein L23  41.76 
 
 		 91 aa  77.4  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000264247  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1829  50S ribosomal protein L23  43.96 
 
 		 91 aa  77  0.00000000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.132177  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0113  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 		 95 aa  77  0.00000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000241418  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4024  50S ribosomal protein L23  40.86 
 
 		 94 aa  77  0.00000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.707217  hitchhiker  0.0000264859 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0400  Ribosomal protein L25/L23  43.01 
 
 		 98 aa  76.3  0.0000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0143  50S ribosomal protein L23  44.09 
 
 		 96 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000263853  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0112  50S ribosomal protein L23  44.09 
 
 		 96 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000886787  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0112  50S ribosomal protein L23  44.09 
 
 		 96 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000031737  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0108  50S ribosomal protein L23  44.09 
 
 		 96 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.29551e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0106  50S ribosomal protein L23  44.09 
 
 		 96 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000563087  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5193  50S ribosomal protein L23  44.09 
 
 		 96 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000262494  unclonable  1.18579e-25 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0935  50S ribosomal protein L23  45.45 
 
 		 94 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000134151  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0112  50S ribosomal protein L23  44.09 
 
 		 96 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000156815  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3326  50S ribosomal protein L23  45.45 
 
 		 94 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.23257e-16 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0124  50S ribosomal protein L23  44.09 
 
 		 96 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.40944e-62 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17381  50S ribosomal protein L23  45.98 
 
 		 100 aa  75.9  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0133  50S ribosomal protein L23  44.09 
 
 		 96 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000888654  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0106  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 		 96 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000244838  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2167  Ribosomal protein L25/L23  47.73 
 
 		 98 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00207145  normal  0.264777 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17631  50S ribosomal protein L23  47.13 
 
 		 100 aa  74.7  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>