More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0537 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 434 aa  857    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  85.58 
 
 		 440 aa  696    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  68.24 
 
 		 423 aa  595  1e-169  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  68.74 
 
 		 435 aa  595  1e-169  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  68.01 
 
 		 418 aa  578  1e-164  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  65.96 
 
 		 434 aa  576  1.0000000000000001e-163  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  66.59 
 
 		 424 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  71.5 
 
 		 423 aa  570  1e-161  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  68 
 
 		 445 aa  565  1e-160  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  68.79 
 
 		 423 aa  558  1e-158  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  64.45 
 
 		 425 aa  553  1e-156  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  62.65 
 
 		 426 aa  532  1e-150  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  62.82 
 
 		 431 aa  531  1e-150  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  62.47 
 
 		 457 aa  527  1e-148  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  63.25 
 
 		 430 aa  520  1e-146  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  60.99 
 
 		 430 aa  513  1e-144  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  60.75 
 
 		 431 aa  500  1e-140  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  60.62 
 
 		 424 aa  496  1e-139  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  60.48 
 
 		 443 aa  494  9.999999999999999e-139  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  57.78 
 
 		 431 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  57.55 
 
 		 419 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  54.44 
 
 		 443 aa  437  1e-121  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  52.56 
 
 		 444 aa  420  1e-116  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  46.82 
 
 		 466 aa  329  5.0000000000000004e-89  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  39.47 
 
 		 436 aa  239  5.999999999999999e-62  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  37.37 
 
 		 393 aa  203  4e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  37.37 
 
 		 393 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  35.24 
 
 		 416 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  35.86 
 
 		 408 aa  182  9.000000000000001e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  35.96 
 
 		 393 aa  182  1e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  35.96 
 
 		 393 aa  182  1e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  36.36 
 
 		 406 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  35.67 
 
 		 393 aa  180  4e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  36.36 
 
 		 406 aa  180  4.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  36.26 
 
 		 435 aa  179  1e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  34.53 
 
 		 400 aa  177  3e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  33.16 
 
 		 418 aa  176  9e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0948  geranylgeranyl reductase  36.38 
 
 		 417 aa  169  8e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  36.97 
 
 		 415 aa  168  2e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  38.07 
 
 		 413 aa  158  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  34.64 
 
 		 398 aa  152  1e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  33.87 
 
 		 411 aa  151  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  39 
 
 		 420 aa  151  3e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  31.35 
 
 		 384 aa  150  4e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  28.71 
 
 		 376 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  31.03 
 
 		 398 aa  136  6.0000000000000005e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  34.96 
 
 		 425 aa  134  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0164  putative electron transfer oxidoreductase  36.26 
 
 		 420 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.762503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  33.67 
 
 		 375 aa  121  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  31.89 
 
 		 409 aa  118  3e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  28.07 
 
 		 415 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  27.85 
 
 		 382 aa  112  9e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  31.86 
 
 		 414 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  33.24 
 
 		 409 aa  112  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  32.4 
 
 		 379 aa  110  6e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  33.44 
 
 		 403 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0508  geranylgeranyl reductase  31.83 
 
 		 376 aa  105  1e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  26.53 
 
 		 376 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  34.11 
 
 		 384 aa  104  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  29.27 
 
 		 389 aa  105  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  27.2 
 
 		 387 aa  103  7e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  32.8 
 
 		 429 aa  102  1e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0808  geranylgeranyl reductase  33.13 
 
 		 406 aa  101  3e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.967973  hitchhiker  0.000310699 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  28.93 
 
 		 408 aa  100  4e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  28.35 
 
 		 370 aa  100  5e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  29.13 
 
 		 385 aa  98.2  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  27.15 
 
 		 395 aa  96.7  7e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  32.59 
 
 		 378 aa  96.3  9e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  33.54 
 
 		 384 aa  94  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  29.83 
 
 		 406 aa  94  5e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  30.42 
 
 		 406 aa  93.2  8e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  30.3 
 
 		 403 aa  92  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  26.24 
 
 		 390 aa  92  2e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  27.6 
 
 		 391 aa  92  2e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  26.75 
 
 		 398 aa  91.7  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1347  geranylgeranyl reductase  28.46 
 
 		 453 aa  91.3  3e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0129504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3185  monooxygenase FAD-binding protein  24.71 
 
 		 375 aa  90.9  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.388588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3806  FAD dependent oxidoreductase  22.42 
 
 		 375 aa  90.5  5e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749975  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  26.74 
 
 		 396 aa  90.1  7e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2333  FAD binding domain-containing protein  24.94 
 
 		 480 aa  88.6  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0862  geranylgeranyl reductase  32.73 
 
 		 387 aa  87.8  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  27.3 
 
 		 390 aa  87.8  3e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0129  FAD dependent oxidoreductase  29.38 
 
 		 436 aa  87.8  4e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  30.62 
 
 		 400 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1073  geranylgeranyl reductase  28.47 
 
 		 452 aa  85.9  0.000000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2189  geranylgeranyl reductase  32.74 
 
 		 383 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  25.91 
 
 		 390 aa  84.7  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  26.21 
 
 		 387 aa  84.3  0.000000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  29.62 
 
 		 362 aa  84.3  0.000000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  30.53 
 
 		 401 aa  84  0.000000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1355  geranylgeranyl reductase  29.9 
 
 		 358 aa  83.2  0.000000000000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0520333 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1825  FAD dependent oxidoreductase  22.97 
 
 		 455 aa  83.2  0.000000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.133963  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  31.63 
 
 		 368 aa  83.2  0.000000000000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  29.2 
 
 		 407 aa  82.8  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  26.46 
 
 		 390 aa  82.8  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0327  geranylgeranyl reductase  32.89 
 
 		 373 aa  82  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.252383  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2724  tryptophan halogenase  28.32 
 
 		 506 aa  82.4  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.656683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  26.12 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0631  geranylgeranyl reductase  25.07 
 
 		 402 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  26.11 
 
 		 367 aa  81.3  0.00000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>