204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0408 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0408  major facilitator transporter  100 
 
 
443 aa  846    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6301  major facilitator transporter  49.45 
 
 
519 aa  286  7e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777883  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0923  major facilitator superfamily MFS_1  34.47 
 
 
385 aa  171  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.174621  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1853  putative transporter  36.82 
 
 
417 aa  170  5e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.117056  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1047  major facilitator superfamily MFS_1  37.75 
 
 
387 aa  168  1e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0461  major facilitator superfamily MFS_1  36.27 
 
 
381 aa  160  6e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1165  major facilitator superfamily MFS_1  32.36 
 
 
387 aa  159  8e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.104586 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2151  major facilitator superfamily MFS_1  30.59 
 
 
388 aa  157  5.0000000000000005e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000894415  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5400  major facilitator superfamily permease  35.71 
 
 
395 aa  154  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0542867  normal  0.864795 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2285  major facilitator transporter  28.84 
 
 
386 aa  154  2.9999999999999998e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1552  major facilitator superfamily MFS_1  30.67 
 
 
386 aa  152  1e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1715  putative transporter  31.15 
 
 
397 aa  150  3e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1792  major facilitator superfamily protein  37.59 
 
 
403 aa  150  5e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36380  sugar phosphate permease  31.3 
 
 
447 aa  147  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5020  major facilitator superfamily MFS_1  29.01 
 
 
390 aa  145  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.850855  normal  0.118195 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4432  major facilitator transporter  34.91 
 
 
388 aa  144  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00669065 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3074  major facilitator superfamily protein  32.23 
 
 
413 aa  143  7e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1121  major facilitator transporter  30.37 
 
 
397 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3134  major facilitator transporter  31.91 
 
 
396 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7621  major facilitator superfamily permease  33.09 
 
 
398 aa  140  3.9999999999999997e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.262333 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8112  major facilitator transporter  32.59 
 
 
396 aa  139  8.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.743041 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1167  major facilitator transporter  27.78 
 
 
405 aa  138  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5723  major facilitator superfamily MFS_1  31.79 
 
 
378 aa  138  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4331  MFS permease  31.05 
 
 
384 aa  137  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.611947  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3086  major facilitator superfamily MFS_1  37.57 
 
 
391 aa  137  4e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.269541 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1162  major facilitator transporter  31.9 
 
 
384 aa  136  7.000000000000001e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.019331  normal  0.470763 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15630  hypothetical protein  33.16 
 
 
432 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0399318  hitchhiker  3.8947399999999994e-20 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3213  major facilitator superfamily MFS_1  37.94 
 
 
390 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00200336  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3400  major facilitator transporter  30.61 
 
 
400 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8644  major facilitator superfamily MFS_1  30.22 
 
 
407 aa  133  7.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.700499 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3832  major facilitator superfamily MFS_1  33.07 
 
 
397 aa  133  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5362  major facilitator superfamily MFS_1  30.31 
 
 
403 aa  129  7.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2464  major facilitator superfamily MFS_1  28.61 
 
 
387 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.163506  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0490  major facilitator superfamily MFS_1  31.06 
 
 
383 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.300495 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0114  major facilitator transporter  30.75 
 
 
403 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1769  major facilitator transporter  30.4 
 
 
388 aa  126  6e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.632189  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3084  major facilitator superfamily MFS_1  29.93 
 
 
415 aa  126  7e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.11728  normal  0.436987 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3423  major facilitator superfamily MFS_1  30.24 
 
 
402 aa  126  9e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4261  major facilitator superfamily MFS_1  28.97 
 
 
427 aa  125  1e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.426527  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5733  major facilitator superfamily MFS_1  30.37 
 
 
394 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.594753  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2159  major facilitator superfamily MFS_1  30.23 
 
 
391 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0853792  normal  0.5938 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4160  major facilitator superfamily MFS_1  32.98 
 
 
396 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2868  major facilitator transporter  31.96 
 
 
399 aa  125  2e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1100  major facilitator transporter  33.51 
 
 
386 aa  125  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2912  major facilitator superfamily transporter  31.96 
 
 
399 aa  125  2e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.452412  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0909  major facilitator superfamily MFS_1  33.08 
 
 
377 aa  125  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2898  major facilitator transporter  31.96 
 
 
399 aa  125  2e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.681989 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2808  major facilitator superfamily MFS_1  31.16 
 
 
398 aa  125  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.794185  normal  0.146653 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1615  hypothetical protein  32.71 
 
 
383 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0503  major facilitator superfamily MFS_1  30.89 
 
 
369 aa  124  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.114936 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1953  major facilitator superfamily MFS_1  32.43 
 
 
411 aa  123  6e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0177432  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18660  hypothetical protein  32.71 
 
 
383 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.166024 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2244  major facilitator transporter  32.72 
 
 
400 aa  120  4.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.802988 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5300  major facilitator superfamily MFS_1  30.61 
 
 
394 aa  119  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30800  fucose permease  33.02 
 
 
414 aa  119  9.999999999999999e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3360  major facilitator transporter  31.08 
 
 
383 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0738289  normal  0.406179 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4953  major facilitator superfamily MFS_1  29.97 
 
 
465 aa  118  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1180  major facilitator transporter  33.42 
 
 
393 aa  117  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.260259  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0289  major facilitator superfamily MFS_1  27.36 
 
 
408 aa  116  6.9999999999999995e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.580244  normal  0.107939 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0940  inner membrane protein YbjJ  27.47 
 
 
403 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1499  major facilitator superfamily MFS_1  30.79 
 
 
379 aa  115  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.276684  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3382  major facilitator transporter  29.95 
 
 
409 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0972  inner membrane protein YbjJ  27.47 
 
 
403 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.929819  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8490  major facilitator superfamily permease  29.82 
 
 
396 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.249724  normal  0.30566 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3589  transporter, putative  30.53 
 
 
383 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1509  major facilitator superfamily MFS_1  25.64 
 
 
387 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1336  major facilitator transporter  27.12 
 
 
404 aa  113  6e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.160012 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1001  hypothetical protein  27.71 
 
 
403 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.705543  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1792  major facilitator superfamily MFS_1  30.15 
 
 
386 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0904  inner membrane protein YbjJ  27.71 
 
 
403 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00812  predicted transporter  26.83 
 
 
402 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.490752  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2797  major facilitator superfamily MFS_1  26.83 
 
 
402 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.354207  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00829  hypothetical protein  26.83 
 
 
402 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.48628  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3157  amino acid ABC transporter, permease protein, putative  30.41 
 
 
451 aa  111  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0434  major facilitator transporter  29.74 
 
 
441 aa  111  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0998  transporter, major facilitator family  26.83 
 
 
402 aa  111  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.207413 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1020  inner membrane protein YbjJ  27.71 
 
 
403 aa  111  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241467  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0907  major facilitator transporter  26.83 
 
 
402 aa  110  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.379242  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0917  major facilitator transporter  26.83 
 
 
402 aa  110  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0872  major facilitator transporter  26.59 
 
 
402 aa  110  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1567  major facilitator transporter  33.9 
 
 
392 aa  110  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.251372 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2952  major facilitator superfamily MFS_1  32.29 
 
 
379 aa  109  9.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.105005 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0585  putative transport transmembrane protein  31.4 
 
 
408 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1885  putative integral membrane protein  32.11 
 
 
403 aa  108  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3238  major facilitator transporter  30.83 
 
 
373 aa  109  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2500  transporter, major facilitator family  26.59 
 
 
402 aa  109  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3917  major facilitator superfamily MFS_1  29.84 
 
 
397 aa  109  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2920  major facilitator transporter  29.66 
 
 
382 aa  108  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.146582 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0193  major facilitator transporter  30.18 
 
 
404 aa  108  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.553342  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0206  major facilitator transporter  30.18 
 
 
404 aa  108  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0602  major facilitator superfamily MFS_1  30.16 
 
 
413 aa  108  3e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.101866  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0261  major facilitator transporter  29.95 
 
 
405 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.989591 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6269  major facilitator superfamily MFS_1  30.75 
 
 
394 aa  107  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.280386  normal  0.421192 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0367  putative transporter  31.44 
 
 
462 aa  107  5e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4139  major facilitator transporter  28.94 
 
 
400 aa  107  6e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.896136  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0279  major facilitator transporter  29.7 
 
 
405 aa  106  6e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.928738  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1070  putative transporter  30.87 
 
 
378 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.44302  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3330  major facilitator transporter  30.69 
 
 
391 aa  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3174  major facilitator superfamily transporter  30.17 
 
 
396 aa  106  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.273368  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0062  putative transporter  30.87 
 
 
378 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>