153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0333 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0333  Rieske (2Fe-2S) protein  100 
 
 
298 aa  583  1.0000000000000001e-165  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3428  Rieske (2Fe-2S) domain protein  49.48 
 
 
296 aa  277  1e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0232  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  53.05 
 
 
303 aa  261  6.999999999999999e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0895  hypothetical protein  44.25 
 
 
315 aa  238  8e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0773726  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4812  Rieske (2Fe-2S) domain protein  50.54 
 
 
304 aa  232  6e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0513  Ferredoxin subunits of nitrite reductase and ring-hydroxylating dioxygenase-like protein  49.64 
 
 
303 aa  226  4e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4823  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  47.69 
 
 
285 aa  217  1e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4736  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  43.2 
 
 
293 aa  192  8e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0819  Rieske (2Fe-2S) domain protein  42.11 
 
 
294 aa  176  6e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1196  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.56 
 
 
289 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4533  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.67 
 
 
294 aa  157  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.441672  normal  0.86514 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4000  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.07 
 
 
322 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.649548 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1008  hypothetical protein  40 
 
 
189 aa  113  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2871  Rieske (2Fe-2S) region  35.46 
 
 
292 aa  107  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2673  Rieske (2Fe-2S) oxidoreductase  29.13 
 
 
270 aa  94.7  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2739  hypothetical protein  38.2 
 
 
189 aa  92.8  6e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.504849 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1919  hypothetical protein  38.61 
 
 
221 aa  85.5  9e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.90171  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20170  hypothetical protein  37.22 
 
 
176 aa  85.1  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0976183  normal  0.0396109 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0125  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28 
 
 
277 aa  83.6  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.249783 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0260  hypothetical protein  32.54 
 
 
189 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.075822  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0270  hypothetical protein  32.54 
 
 
189 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.156372 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0250  hypothetical protein  32.54 
 
 
189 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.960554 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02690  hypothetical protein  40.88 
 
 
224 aa  79  0.00000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1579  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1112  hypothetical protein  36.25 
 
 
195 aa  75.9  0.0000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.900973  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1038  hypothetical protein  37.18 
 
 
180 aa  73.6  0.000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0490  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  35.92 
 
 
109 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0716  hypothetical protein  35.25 
 
 
185 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.158068  normal  0.475844 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0722  hypothetical protein  35.25 
 
 
185 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0736  hypothetical protein  35.25 
 
 
185 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.141568 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0124  hypothetical protein  34.29 
 
 
171 aa  64.7  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.658752  normal  0.409828 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4955  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.98 
 
 
108 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.519732  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2675  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35 
 
 
506 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148641  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0205  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  33.33 
 
 
109 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0981  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  33.33 
 
 
109 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1380  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, ferredoxin subunit  33.33 
 
 
109 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.186781  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1577  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, ferredoxin subunit  33.33 
 
 
109 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.869936  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2705  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, ferredoxin subunit  33.33 
 
 
109 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2561  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, ferredoxin subunit  33.33 
 
 
109 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0236  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, ferredoxin subunit  33.33 
 
 
109 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3669  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.01 
 
 
108 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.738821 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4586  Rieske (2Fe-2S) region  32.04 
 
 
108 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.312616  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5504  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.01 
 
 
108 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.124598  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3777  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.04 
 
 
108 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.872692  normal  0.412492 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3746  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.04 
 
 
108 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108566  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01479  dioxygenase, ferredoxin reductase component, putative  35.11 
 
 
559 aa  59.3  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3175  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35 
 
 
506 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0759164  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2541  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  34 
 
 
506 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2323  Rieske (2Fe-2S) protein  31.07 
 
 
108 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2693  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  34 
 
 
506 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.563055  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5415  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.79 
 
 
521 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.792379  normal  0.597511 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5941  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  36.63 
 
 
526 aa  57.4  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0914  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  33.01 
 
 
518 aa  57  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0653376  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3478  hypothetical protein  29.73 
 
 
175 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2226  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.58 
 
 
114 aa  56.2  0.0000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000457155  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1110  anthranilate dioxygenase ferredoxin reductase(AndAb)  32.69 
 
 
107 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.662253  normal  0.22099 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1502  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.04 
 
 
105 aa  55.8  0.0000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.165892 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09103  apoptosis-inducing factor (Eurofung)  31.03 
 
 
561 aa  54.7  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0266985  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4349  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  38.75 
 
 
516 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.504096  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0566  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  31 
 
 
523 aa  54.7  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3123  Rieske (2Fe-2S) protein  30.19 
 
 
349 aa  53.9  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00337014  normal  0.164048 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1258  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.68 
 
 
119 aa  53.5  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0240354  hitchhiker  0.0000212185 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4769  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  36.56 
 
 
367 aa  52.4  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.289545  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1970  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.65 
 
 
109 aa  52.4  0.000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.311023 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2708  hypothetical protein  30.07 
 
 
173 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5152  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.37 
 
 
108 aa  52  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1329  putative dioxygenase, ferredoxin reductase component  31.25 
 
 
521 aa  52  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0248077 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1987  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.65 
 
 
108 aa  52.4  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2741  cytochrome P450  32.65 
 
 
599 aa  52.4  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.25917  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00540  hypothetical protein  40.66 
 
 
111 aa  51.2  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2820  membrane protein-like protein  31.39 
 
 
175 aa  51.2  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0893  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.17 
 
 
504 aa  51.2  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.6615 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0205  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.53 
 
 
148 aa  51.2  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3308  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.93 
 
 
513 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.705785 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5661  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  36.36 
 
 
512 aa  50.4  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0469  putative nitrogen-fixing NifU, Rieske (2Fe-2S) region  29.01 
 
 
289 aa  50.4  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.483541  normal  0.014762 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6409  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  36.36 
 
 
512 aa  50.4  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0971185  normal  0.172531 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1119  anthranilate dioxygenase ferredoxin subunit(AndAb)  31.73 
 
 
107 aa  50.4  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0167  Rieske (2Fe-2S) region  32.04 
 
 
119 aa  50.4  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1549  vanillate monooxygenase  43.18 
 
 
359 aa  50.1  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619122  normal  0.0130812 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6022  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  34.74 
 
 
509 aa  50.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0194312 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5285  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  28.57 
 
 
521 aa  50.1  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1662  Rieske (2Fe-2S) protein  31.78 
 
 
125 aa  49.7  0.00006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.282248  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2118  hypothetical protein  31.47 
 
 
173 aa  49.7  0.00006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC03310  conserved hypothetical protein  27.03 
 
 
585 aa  49.7  0.00007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2083  ferredoxin-dependent glutamate synthase  33.72 
 
 
547 aa  49.3  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3246  vanillate monooxygenase  40.7 
 
 
347 aa  49.3  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546586  normal  0.604076 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0181  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  33.33 
 
 
509 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529445  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3120  pyruvate oxidase  32.69 
 
 
656 aa  48.5  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.777401  normal  0.194873 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0662  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  33.33 
 
 
506 aa  48.5  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1397  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  36.36 
 
 
509 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2526  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  31.17 
 
 
350 aa  48.5  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.672374  normal  0.0193911 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6294  hypothetical protein  31.85 
 
 
162 aa  48.9  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.47453  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6432  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  36.36 
 
 
509 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2135  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.93 
 
 
116 aa  48.5  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5421  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  37.66 
 
 
508 aa  48.9  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.123051 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2153  hypothetical protein  29.2 
 
 
153 aa  47.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3205  nitrogen-fixing NifU-like  33.71 
 
 
311 aa  47.8  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2821  Rieske (2Fe-2S) region  26.21 
 
 
102 aa  47.8  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4131  Protein of unknown function DUF2231, transmembrane  28.68 
 
 
165 aa  47.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.159201 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3413  vanillate monooxygenase  36.59 
 
 
345 aa  48.1  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.166087 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>