More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0311 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  100 
 
 		 409 aa  816    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  31.92 
 
 		 425 aa  144  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  34.56 
 
 		 393 aa  144  3e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  33.9 
 
 		 393 aa  143  4e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  32.11 
 
 		 409 aa  140  3.9999999999999997e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  35.35 
 
 		 424 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  33.72 
 
 		 431 aa  140  4.999999999999999e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  37.63 
 
 		 400 aa  139  7e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  38.21 
 
 		 406 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  32.46 
 
 		 413 aa  139  8.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  32.94 
 
 		 423 aa  139  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  37.76 
 
 		 406 aa  139  1e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  33.84 
 
 		 393 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  33.84 
 
 		 393 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  33.84 
 
 		 393 aa  137  4e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  30.37 
 
 		 398 aa  135  9.999999999999999e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  35.13 
 
 		 416 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  35.96 
 
 		 418 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  32.42 
 
 		 430 aa  134  3e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  32.61 
 
 		 423 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  32.21 
 
 		 398 aa  133  6e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  33.23 
 
 		 423 aa  132  9e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  34.15 
 
 		 435 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  35.69 
 
 		 375 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  35.37 
 
 		 408 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  33.03 
 
 		 418 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  32.1 
 
 		 434 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  33.73 
 
 		 431 aa  129  1.0000000000000001e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  36.42 
 
 		 403 aa  125  9e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  29.35 
 
 		 384 aa  124  2e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  31.6 
 
 		 426 aa  123  6e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  33.64 
 
 		 406 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  32.15 
 
 		 434 aa  121  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  34.95 
 
 		 435 aa  120  3.9999999999999996e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  30.63 
 
 		 457 aa  117  3e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  32.45 
 
 		 430 aa  117  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  32.52 
 
 		 445 aa  116  6e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  33.89 
 
 		 415 aa  116  8.999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  32.69 
 
 		 419 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  33.12 
 
 		 436 aa  114  5e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  31.07 
 
 		 440 aa  113  6e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  31.38 
 
 		 376 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  31.72 
 
 		 444 aa  109  7.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  30.72 
 
 		 443 aa  109  8.000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  29.56 
 
 		 411 aa  109  9.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  30.91 
 
 		 443 aa  106  6e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0862  geranylgeranyl reductase  31.08 
 
 		 387 aa  106  9e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0808  geranylgeranyl reductase  30.89 
 
 		 406 aa  105  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.967973  hitchhiker  0.000310699 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  32.56 
 
 		 466 aa  105  2e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  25.93 
 
 		 415 aa  103  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  31.29 
 
 		 414 aa  103  8e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  30.89 
 
 		 431 aa  102  1e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  27.91 
 
 		 387 aa  102  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  30.29 
 
 		 424 aa  101  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  31.53 
 
 		 378 aa  100  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0948  geranylgeranyl reductase  33.45 
 
 		 417 aa  100  5e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  30.09 
 
 		 403 aa  99  1e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  28.42 
 
 		 408 aa  99  1e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  31.6 
 
 		 362 aa  98.6  2e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  31.17 
 
 		 379 aa  99  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  30.53 
 
 		 420 aa  97.8  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0327  geranylgeranyl reductase  34.03 
 
 		 373 aa  94.4  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.252383  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  32.33 
 
 		 425 aa  94  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0164  putative electron transfer oxidoreductase  30.65 
 
 		 420 aa  88.6  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.762503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  25.88 
 
 		 368 aa  87  5e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  30.72 
 
 		 429 aa  86.7  6e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  26.5 
 
 		 407 aa  85.1  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  27 
 
 		 384 aa  82.4  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  30.28 
 
 		 401 aa  82  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  25.48 
 
 		 385 aa  81.6  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  26.84 
 
 		 362 aa  82  0.00000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 		 384 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  26.43 
 
 		 382 aa  81.3  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2031  tryptophan halogenase  27.11 
 
 		 413 aa  81.3  0.00000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0818162  normal  0.0655371 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1330  geranylgeranyl reductase  26.91 
 
 		 376 aa  80.9  0.00000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  27.49 
 
 		 379 aa  80.9  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0166  geranylgeranyl reductase  28.49 
 
 		 453 aa  79.7  0.00000000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2189  geranylgeranyl reductase  30.43 
 
 		 383 aa  79.7  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3481  geranylgeranyl reductase  29.23 
 
 		 374 aa  79.7  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0631  geranylgeranyl reductase  23.16 
 
 		 402 aa  79  0.0000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  27.35 
 
 		 341 aa  78.6  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1825  FAD dependent oxidoreductase  23.83 
 
 		 455 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.133963  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  27.78 
 
 		 379 aa  78.6  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4237  putative oxidoreductase  29.09 
 
 		 356 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1852  NAD binding site  25.16 
 
 		 376 aa  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0114  FAD dependent oxidoreductase  26.76 
 
 		 399 aa  77.8  0.0000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00154267  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05771  NAD binding site  26.09 
 
 		 376 aa  77  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.161819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  27.93 
 
 		 406 aa  77  0.0000000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  28.98 
 
 		 380 aa  76.3  0.0000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1664  geranylgeranyl reductase  28.12 
 
 		 407 aa  76.3  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1711  geranylgeranyl reductase  30.65 
 
 		 365 aa  75.9  0.000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  24.8 
 
 		 370 aa  75.1  0.000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1725  monooxygenase, FAD-binding  28.72 
 
 		 442 aa  74.7  0.000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.847315  normal  0.600174 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1347  geranylgeranyl reductase  26.83 
 
 		 453 aa  74.7  0.000000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0129504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08201  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  26.27 
 
 		 446 aa  74.7  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1073  geranylgeranyl reductase  27.46 
 
 		 452 aa  73.9  0.000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  27.3 
 
 		 380 aa  73.9  0.000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3959  monooxygenase FAD-binding  29.17 
 
 		 411 aa  73.9  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.442261  normal  0.0366683 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  27.45 
 
 		 406 aa  73.2  0.000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  24.34 
 
 		 396 aa  72.4  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>