More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0282 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0282  Mur ligase  100 
 
 		 416 aa  830    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6531  hypothetical protein  85.13 
 
 		 417 aa  682    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.830465  normal  0.333233 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0648  domain of unknown function DUF1727  44.8 
 
 		 412 aa  313  2.9999999999999996e-84  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2714  putative ligase  44.42 
 
 		 418 aa  293  3e-78  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4298  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  44.2 
 
 		 411 aa  288  2e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4348  domain of unknown function DUF1727  43.87 
 
 		 418 aa  287  2e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0229746  normal  0.964565 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1706  hypothetical protein  47.58 
 
 		 421 aa  286  4e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0418667  hitchhiker  0.00728652 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0468  hypothetical protein  43.61 
 
 		 424 aa  281  1e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.748006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0913  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  41.88 
 
 		 429 aa  281  2e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.323703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2661  hypothetical protein  44.75 
 
 		 410 aa  277  2e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.857902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3222  hypothetical protein  43.28 
 
 		 415 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0406463 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1034  domain of unknown function DUF1727  46.35 
 
 		 394 aa  274  3e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3448  hypothetical protein  43.1 
 
 		 420 aa  272  9e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00766091 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4990  hypothetical protein  43.54 
 
 		 408 aa  271  2e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4901  hypothetical protein  43.54 
 
 		 408 aa  271  2e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5269  hypothetical protein  43.04 
 
 		 408 aa  269  8e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235064  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4002  domain of unknown function DUF1727  44.39 
 
 		 412 aa  266  5.999999999999999e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0442  domain of unknown function DUF1727  42.45 
 
 		 425 aa  256  6e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.624005  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5520  hypothetical protein  42.68 
 
 		 425 aa  254  3e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1291  hypothetical protein  43.78 
 
 		 406 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13744  ligase  42.82 
 
 		 413 aa  248  1e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00431951  normal  0.370504 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1442  domain of unknown function DUF1727  37.63 
 
 		 408 aa  195  1e-48  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1627  domain of unknown function DUF1727  33.78 
 
 		 462 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2945  domain of unknown function DUF1727  35.01 
 
 		 474 aa  177  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.833945  hitchhiker  0.00605856 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3614  hypothetical protein  34.28 
 
 		 463 aa  172  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.529006  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3270  domain of unknown function DUF1727  34.92 
 
 		 458 aa  171  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.704416  normal  0.0775739 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0514  hypothetical protein  31.88 
 
 		 445 aa  163  5.0000000000000005e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.265585  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4285  hypothetical protein  32.38 
 
 		 447 aa  160  3e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1785  domain of unknown function DUF1727  31.93 
 
 		 446 aa  159  6e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0144804  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3001  domain of unknown function DUF1727  34.64 
 
 		 744 aa  158  2e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.954679 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1345  domain of unknown function DUF1727  30.38 
 
 		 476 aa  157  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000649333  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0500  hypothetical protein  33.47 
 
 		 491 aa  157  4e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.496593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0985  domain of unknown function DUF1727  28.1 
 
 		 443 aa  156  6e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000265712  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1430  Mur ligase family protein  30.08 
 
 		 437 aa  154  2e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.67526  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1980  hypothetical protein  30 
 
 		 437 aa  153  5e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.270286  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1946  hypothetical protein  30 
 
 		 437 aa  153  5e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.102068  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2069  domain of unknown function DUF1727  27.49 
 
 		 467 aa  153  5.9999999999999996e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0981076  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1208  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  28.4 
 
 		 449 aa  152  1e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.970096  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1599  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  31.09 
 
 		 445 aa  152  2e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.709076  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0443  domain of unknown function DUF1727  34.76 
 
 		 463 aa  150  5e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0450  hypothetical protein  30.79 
 
 		 445 aa  150  5e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0588  hypothetical protein  35.27 
 
 		 469 aa  149  1.0000000000000001e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.414158  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0008  hypothetical protein  26.73 
 
 		 446 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0013  domain of unknown function DUF1727  29.72 
 
 		 444 aa  145  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1250  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  29.26 
 
 		 455 aa  145  2e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000012325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1233  Mur ligase family protein  28.9 
 
 		 441 aa  145  2e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.198792  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2009  hypothetical protein  32.04 
 
 		 466 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000964515  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3012  domain of unknown function DUF1727  29.75 
 
 		 448 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3108  domain of unknown function DUF1727  29.75 
 
 		 448 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1255  hypothetical protein  33.19 
 
 		 507 aa  142  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1206  Mur ligase family protein  27.98 
 
 		 451 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0554717  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1788  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  29 
 
 		 452 aa  137  4e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1392  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthetase MurC-like protein  27.75 
 
 		 451 aa  136  7.000000000000001e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0524526  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1559  domain of unknown function DUF1727  28.25 
 
 		 445 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.181708 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0884  mur ligase family protein  28.42 
 
 		 447 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0966  hypothetical protein  30.28 
 
 		 464 aa  134  3.9999999999999996e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3016  hypothetical protein  34.78 
 
 		 436 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1153  domain of unknown function DUF1727  30.75 
 
 		 474 aa  131  3e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0440  hypothetical protein  29.27 
 
 		 467 aa  126  7e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1027  domain of unknown function DUF1727  33.33 
 
 		 456 aa  117  5e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.964533  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0076  Mur ligase middle domain protein  29.04 
 
 		 472 aa  111  3e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000585492 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0996  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  31.36 
 
 		 455 aa  109  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00110541  normal  0.028804 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17860  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  28.15 
 
 		 445 aa  101  3e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.934196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2036  domain of unknown function DUF1727  32.34 
 
 		 430 aa  99.4  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000388378 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1231  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  37.65 
 
 		 490 aa  82  0.00000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.661721  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2306  hypothetical protein  30.98 
 
 		 429 aa  81.3  0.00000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0105732  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14121  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  23.49 
 
 		 457 aa  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0237832 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2613  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  28.05 
 
 		 473 aa  62.8  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00649562  unclonable  0.00000000000596507 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1327  Mur ligase middle domain protein  23.92 
 
 		 470 aa  62  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000399076  decreased coverage  0.000242236 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05211  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  27.03 
 
 		 460 aa  61.2  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2047  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  28.86 
 
 		 477 aa  60.5  0.00000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00131729  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1635  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6- diamin opimelate/D-alanyl-D-alanylligase  27.84 
 
 		 455 aa  60.1  0.00000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3144  UDP-N-acetylmuramate  28.92 
 
 		 479 aa  59.7  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0686  UDP-N-acetylmuramate  28.51 
 
 		 461 aa  58.9  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0451  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  29.75 
 
 		 491 aa  58.5  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.367175  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3452  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  29.37 
 
 		 484 aa  58.5  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000273756 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1968  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  28.52 
 
 		 477 aa  57  0.0000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0316215  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3810  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  29.48 
 
 		 489 aa  56.6  0.0000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.144086  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0849  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  28.63 
 
 		 474 aa  56.2  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2456  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  26.19 
 
 		 465 aa  55.8  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4532  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  26.89 
 
 		 489 aa  55.5  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.323357  hitchhiker  0.00231848 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2451  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  28.05 
 
 		 481 aa  54.7  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0779  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  29.03 
 
 		 465 aa  54.3  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230521  normal  0.687569 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2872  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  31.2 
 
 		 468 aa  54.7  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.647989 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3912  UDP-N-acetylmuramate  26.72 
 
 		 487 aa  54.3  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2103  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  29.03 
 
 		 465 aa  54.3  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.188407  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3062  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  37.58 
 
 		 446 aa  53.9  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0727112  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0359  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  27.76 
 
 		 476 aa  53.9  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0690  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  29.31 
 
 		 465 aa  53.9  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.451277 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4047  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  26.97 
 
 		 467 aa  53.5  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.417926  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1435  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  27.23 
 
 		 455 aa  53.5  0.000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3432  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  30.08 
 
 		 498 aa  53.1  0.000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.466595  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4464  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  27.42 
 
 		 503 aa  52.4  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.504699  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09480  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  26.88 
 
 		 471 aa  53.1  0.00001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0452016  normal  0.0351394 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0929  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  23.81 
 
 		 469 aa  52.4  0.00001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.418814  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0053  UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase  27.91 
 
 		 464 aa  52.8  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1996  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  26.97 
 
 		 468 aa  52.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3820  UDP-N-acetylmuramate  26.42 
 
 		 461 aa  52.8  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0923  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  26.42 
 
 		 480 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0583  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  21.95 
 
 		 464 aa  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000310292  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>