149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0193 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  100 
 
 		 416 aa  853    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  35.43 
 
 		 437 aa  272  6e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  33.11 
 
 		 438 aa  188  1e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  28.41 
 
 		 446 aa  171  2e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  26.06 
 
 		 422 aa  166  5.9999999999999996e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  29.44 
 
 		 436 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  29.78 
 
 		 477 aa  161  2e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  30.65 
 
 		 474 aa  159  6e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  29.24 
 
 		 453 aa  154  4e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  30.02 
 
 		 464 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.28 
 
 		 427 aa  139  7e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  26.54 
 
 		 461 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  28.51 
 
 		 429 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  32.13 
 
 		 458 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 418 aa  133  5e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  26.11 
 
 		 456 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.32 
 
 		 442 aa  128  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.44 
 
 		 445 aa  124  3e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  28.05 
 
 		 425 aa  122  8e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27 
 
 		 428 aa  122  9e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  27.82 
 
 		 444 aa  122  9e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.02 
 
 		 453 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.62 
 
 		 462 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  29.24 
 
 		 439 aa  119  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  26.79 
 
 		 458 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  25.23 
 
 		 432 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  26.77 
 
 		 461 aa  117  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  27.89 
 
 		 431 aa  116  7.999999999999999e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  27.11 
 
 		 451 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 		 457 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.53 
 
 		 456 aa  113  5e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  25.64 
 
 		 435 aa  113  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  30.03 
 
 		 448 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  26.97 
 
 		 457 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  26.18 
 
 		 460 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  26.93 
 
 		 422 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.96 
 
 		 424 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  23.95 
 
 		 425 aa  104  3e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  25.84 
 
 		 463 aa  103  6e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  31.37 
 
 		 400 aa  102  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  24.89 
 
 		 415 aa  102  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  26.28 
 
 		 456 aa  102  2e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  27.86 
 
 		 407 aa  102  2e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  25.53 
 
 		 474 aa  100  4e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.73 
 
 		 532 aa  100  6e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  27.4 
 
 		 354 aa  99.8  8e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.29 
 
 		 443 aa  98.2  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.6 
 
 		 473 aa  97.1  5e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  30.69 
 
 		 462 aa  96.7  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  23.96 
 
 		 413 aa  96.3  9e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  31.22 
 
 		 448 aa  96.3  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  21.76 
 
 		 441 aa  93.2  8e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  32.28 
 
 		 616 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.88 
 
 		 441 aa  90.1  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  36.13 
 
 		 439 aa  89.7  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  22.37 
 
 		 429 aa  89.4  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  31.08 
 
 		 457 aa  88.6  2e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  33.33 
 
 		 846 aa  88.6  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  32.54 
 
 		 397 aa  87.4  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.45 
 
 		 620 aa  86.3  9e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  29.94 
 
 		 420 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  29.67 
 
 		 395 aa  85.5  0.000000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  26.88 
 
 		 432 aa  84.3  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  26.09 
 
 		 402 aa  82.8  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.06 
 
 		 477 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  26.46 
 
 		 462 aa  80.5  0.00000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  26.18 
 
 		 419 aa  79.7  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  24.83 
 
 		 285 aa  79  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  34.06 
 
 		 562 aa  78.2  0.0000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  24.82 
 
 		 438 aa  78.6  0.0000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  20.4 
 
 		 447 aa  75.5  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  24.59 
 
 		 418 aa  73.9  0.000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  28 
 
 		 557 aa  71.6  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  29.03 
 
 		 487 aa  71.6  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  26.05 
 
 		 412 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  24.84 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  24.84 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  23.53 
 
 		 417 aa  70.5  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  20.96 
 
 		 429 aa  69.7  0.00000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  29.17 
 
 		 387 aa  68.6  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  21.56 
 
 		 400 aa  68.2  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  23.22 
 
 		 429 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  30.39 
 
 		 393 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  21.05 
 
 		 420 aa  67  0.0000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  27.34 
 
 		 388 aa  67  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  25.14 
 
 		 428 aa  64.3  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  23.62 
 
 		 476 aa  63.9  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.21 
 
 		 520 aa  63.9  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03180  hypothetical protein  29.01 
 
 		 159 aa  62.4  0.00000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000950219 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  26.37 
 
 		 407 aa  62.4  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  27.62 
 
 		 409 aa  62.4  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.57 
 
 		 419 aa  62.4  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  27.62 
 
 		 426 aa  62.4  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  21 
 
 		 442 aa  60.5  0.00000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  27.53 
 
 		 393 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  20.93 
 
 		 390 aa  58.9  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  21.84 
 
 		 425 aa  57.8  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  25.99 
 
 		 611 aa  58.2  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  22.38 
 
 		 425 aa  57.8  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  23.36 
 
 		 427 aa  57.8  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>