More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0114 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  100 
 
 		 431 aa  881    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5323  integrase family protein  66.5 
 
 		 422 aa  523  1e-147  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0388032 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1144  phage integrase  64.71 
 
 		 422 aa  510  1e-143  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.132159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5395  integrase family protein  64.29 
 
 		 402 aa  483  1e-135  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  38.87 
 
 		 477 aa  260  3e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4274  phage integrase  40.25 
 
 		 407 aa  255  1.0000000000000001e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.173259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0476  integrase family protein  39.9 
 
 		 371 aa  254  3e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  37.89 
 
 		 378 aa  223  4e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  36.29 
 
 		 379 aa  211  1e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  36.13 
 
 		 377 aa  207  3e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  35.52 
 
 		 377 aa  202  8e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2026  integrase family protein  30.54 
 
 		 392 aa  197  3e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  33.51 
 
 		 390 aa  196  6e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  32.26 
 
 		 400 aa  193  6e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  32.74 
 
 		 414 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5534  integrase family protein  33.09 
 
 		 426 aa  183  7e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2923  phage integrase  33.76 
 
 		 379 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2967  phage integrase family protein  33.76 
 
 		 379 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132884  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1179  integrase family protein  32.8 
 
 		 387 aa  179  9e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  30.57 
 
 		 391 aa  179  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  31.18 
 
 		 363 aa  176  5e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  30.55 
 
 		 325 aa  172  1e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0846  phage integrase family protein  32.27 
 
 		 368 aa  171  2e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6303  integrase family protein  32.72 
 
 		 416 aa  171  2e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.66477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0172  integrase family protein  32.99 
 
 		 437 aa  169  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.398776  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1474  phage integrase family site specific recombinase  30.39 
 
 		 386 aa  163  7e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0051357  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  34.82 
 
 		 381 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2267  phage integrase  29.02 
 
 		 392 aa  154  2e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000397895  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0644  integrase family protein  29.85 
 
 		 406 aa  152  8e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1422  phage integrase  26.06 
 
 		 442 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4726  integrase family protein  31.04 
 
 		 404 aa  150  4e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.981437  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1440  phage integrase family protein  26.93 
 
 		 393 aa  150  6e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  25.14 
 
 		 369 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0407  phage integrase  30.26 
 
 		 503 aa  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.995866 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0415  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.29 
 
 		 374 aa  145  9e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0427  prophage lambdaba04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.29 
 
 		 374 aa  145  9e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  24.59 
 
 		 369 aa  145  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1190  integrase family protein  30.3 
 
 		 463 aa  142  9.999999999999999e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0457  integrase family protein  30.43 
 
 		 487 aa  142  1.9999999999999998e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0493  phage integrase family protein  28.25 
 
 		 383 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000132895  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0018  phage integrase family protein  30.75 
 
 		 388 aa  140  3e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  34.66 
 
 		 305 aa  140  4.999999999999999e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  26.67 
 
 		 370 aa  139  7e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0883  phage integrase family site specific recombinase  27.49 
 
 		 435 aa  138  2e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0113166  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  27.79 
 
 		 385 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000119227  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  26.8 
 
 		 389 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1407  integrase family protein  30.71 
 
 		 374 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0609363  normal  0.0878514 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  28.74 
 
 		 370 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  23.48 
 
 		 369 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4536  integrase family protein  31.95 
 
 		 409 aa  131  3e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  30.38 
 
 		 383 aa  126  7e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6718  integrase family protein  31.27 
 
 		 656 aa  124  4e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0820  integrase family protein  26.11 
 
 		 378 aa  124  5e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1568  integrase family protein  27.53 
 
 		 357 aa  123  7e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1351  integrase family protein  29.09 
 
 		 416 aa  120  4.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2786  phage integrase family protein  33.77 
 
 		 471 aa  120  6e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.522283 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3508  integrase family protein  24.81 
 
 		 443 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8572  DNA binding domain protein, excisionase family  27.65 
 
 		 507 aa  119  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0167813  normal  0.0589685 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3747  phage integrase family protein  33.77 
 
 		 471 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.51033  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3836  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  24.92 
 
 		 376 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4134  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  24.92 
 
 		 376 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.62629  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4036  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  25.15 
 
 		 376 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000192232  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  37.29 
 
 		 391 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  28.15 
 
 		 391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0597  integrase family protein  29.28 
 
 		 447 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2627  phage integrase family protein  25.3 
 
 		 376 aa  114  5e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000511904  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  34.32 
 
 		 378 aa  113  6e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1849  integrase family protein  25.47 
 
 		 413 aa  112  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6721  integrase family protein  28.53 
 
 		 494 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.917048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  23.96 
 
 		 373 aa  110  5e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0512  phage integrase  32.51 
 
 		 506 aa  108  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000591844  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1966  phage integrase family protein  27.97 
 
 		 403 aa  108  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00610288  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3691  site-specific integrase  25.33 
 
 		 370 aa  107  4e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7037  hypothetical protein  24.75 
 
 		 387 aa  100  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.87328 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3269  phage integrase family protein  36.72 
 
 		 465 aa  100  7e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2020  LigA  27.96 
 
 		 397 aa  97.1  5e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.389387  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14150  site-specific recombinase XerD  24.03 
 
 		 451 aa  96.7  7e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2505  integrase family protein  35.96 
 
 		 201 aa  95.5  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.355532 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1487  phage integrase  25.58 
 
 		 376 aa  95.1  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.16076  normal  0.536181 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0217  phage integrase family site specific recombinase  24.33 
 
 		 384 aa  94.4  4e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.35128  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2126  integrase family protein  25.99 
 
 		 395 aa  94  4e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.706316 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0301  integrase  24.74 
 
 		 398 aa  93.2  8e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3468  integrase family protein  22.49 
 
 		 381 aa  93.2  8e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0961  phage integrase  24.49 
 
 		 414 aa  92.4  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.531442  unclonable  0.0000381875 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3437  integrase family protein  34.76 
 
 		 458 aa  92.4  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494815  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2897  phage integrase family protein  25.41 
 
 		 386 aa  91.3  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3350  phage integrase  27.25 
 
 		 508 aa  91.3  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292325  normal  0.0949526 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3388  phage integrase  27.25 
 
 		 508 aa  91.3  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.328241 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3794  integrase family protein  37.91 
 
 		 445 aa  90.5  5e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0397442 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3743  integrase family protein  37.91 
 
 		 445 aa  90.5  5e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  33.15 
 
 		 404 aa  90.1  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0709  phage integrase family protein  29.05 
 
 		 386 aa  89.7  9e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2777  integrase family protein  26.72 
 
 		 387 aa  89.4  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.684948  normal  0.708845 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  28.06 
 
 		 365 aa  89.4  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3461  phage integrase  21.89 
 
 		 381 aa  88.6  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2665  integrase family protein  27.84 
 
 		 407 aa  88.6  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000119591  normal  0.757223 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0686  phage integrase family protein  23.8 
 
 		 397 aa  89  2e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0848514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3878  integrase family protein  25.83 
 
 		 380 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0039  integrase family protein  25.67 
 
 		 451 aa  88.6  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0726  phage integrase family protein  31.06 
 
 		 401 aa  87  5e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000125813  decreased coverage  0.0000000856927 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>