59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0099 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0099  excisionase/Xis, DNA-binding  100 
 
 
68 aa  137  7e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.51311 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7205  DNA binding domain-containing protein  100 
 
 
68 aa  137  7e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0300475  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2751  excisionase/Xis, DNA-binding  88.06 
 
 
67 aa  121  4e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0704152  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4391  DNA binding domain protein, excisionase family  92.06 
 
 
67 aa  120  7e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0294  DNA binding domain protein, excisionase family  86.57 
 
 
67 aa  120  9e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0301  DNA binding domain protein, excisionase family  93.55 
 
 
67 aa  119  1e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3348  excisionase family DNA binding domain-containing protein  85.07 
 
 
67 aa  118  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.401166 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8997  hypothetical protein  88.89 
 
 
67 aa  117  6e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.944138  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2068  DNA binding domain-containing protein  93.22 
 
 
69 aa  112  2e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0161  DNA binding domain-containing protein  83.33 
 
 
69 aa  106  8e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.177228  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0170  DNA binding domain-containing protein  83.33 
 
 
69 aa  106  8e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.996607  hitchhiker  0.0018108 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2905  DNA binding domain protein, excisionase family  74.24 
 
 
71 aa  103  7e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.616527  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5979  DNA binding domain-containing protein, excisionase family  84.48 
 
 
75 aa  101  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.553184 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4385  DNA binding domain-containing protein  85.45 
 
 
83 aa  99  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3086  DNA binding domain protein, excisionase family  80.33 
 
 
69 aa  98.2  3e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34060  DNA-binding protein, excisionase family  77.59 
 
 
76 aa  96.3  1e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.910239  normal  0.267084 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2349  DNA binding domain protein, excisionase family  71.19 
 
 
79 aa  91.7  3e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2159  DNA binding domain protein, excisionase family  77.36 
 
 
72 aa  90.9  5e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5016  DNA binding domain protein, excisionase family  73.21 
 
 
64 aa  87.8  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4511  DNA binding domain-containing protein  80 
 
 
88 aa  85.9  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.812065  hitchhiker  0.00570166 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0819  DNA binding domain-containing protein, excisionase family  74.07 
 
 
65 aa  85.9  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0258  DNA binding domain-containing protein  71.93 
 
 
74 aa  85.1  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.453374  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2699  excisionase/Xis, DNA-binding  75 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0276  excisionase family DNA binding domain-containing protein  73.58 
 
 
73 aa  85.1  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.42155  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0579  hypothetical protein  72.22 
 
 
79 aa  84.7  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4424  DNA binding domain protein, excisionase family  73.58 
 
 
68 aa  84.7  4e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4091  DNA binding domain-containing protein  78 
 
 
90 aa  84.3  5e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.446784 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08990  DNA-binding protein, excisionase family  77.36 
 
 
72 aa  84.3  6e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.269526  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0931  DNA binding domain protein, excisionase family  78 
 
 
68 aa  80.9  5e-15  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6709  DNA binding domain protein, excisionase family  71.15 
 
 
72 aa  79  2e-14  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03000  DNA-binding protein, excisionase family  75 
 
 
69 aa  77.8  5e-14  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.17033  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0693  DNA binding domain protein, excisionase family  64.15 
 
 
79 aa  72.8  2e-12  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0633565  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1042  DNA binding domain protein, excisionase family  61.54 
 
 
82 aa  69.7  1e-11  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1644  regulatory protein MerR  77.5 
 
 
41 aa  67.4  7e-11  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.356829  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2000  DNA binding domain protein, excisionase family  51.67 
 
 
212 aa  63.9  8e-10  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.27976  normal  0.357405 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4676  DNA binding domain protein, excisionase family  58.33 
 
 
80 aa  59.3  2e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.272297  normal 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9401  hypothetical protein  62.75 
 
 
74 aa  58.5  3e-08  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1619  DNA-binding response regulator  50 
 
 
185 aa  51.2  4e-06  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.208637  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4926  merR family DNA-binding response regulator  45.83 
 
 
192 aa  50.8  7e-06  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3943  DNA binding domain protein, excisionase family  43.48 
 
 
203 aa  48.1  4e-05  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000130893  normal  0.0337021 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3893  DNA binding domain protein, excisionase family  43.48 
 
 
203 aa  48.1  4e-05  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3670  DNA binding domain-containing protein  44.44 
 
 
201 aa  46.6  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.635315  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2935  Resolvase domain protein  44 
 
 
206 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1000  Resolvase domain protein  44 
 
 
206 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0589477 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6401  DNA binding domain protein, excisionase family  41.18 
 
 
279 aa  45.4  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.566174  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1219  DNA binding domain protein, excisionase family  42.22 
 
 
201 aa  44.7  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3543  DNA binding domain-containing protein  35.14 
 
 
207 aa  43.9  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000932058  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1220  DNA binding domain protein, excisionase family  40 
 
 
201 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1808  DNA binding domain protein, excisionase family  48 
 
 
219 aa  42.7  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0733  response regulator receiver protein  48.98 
 
 
215 aa  42.7  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1270  Resolvase domain protein  44.74 
 
 
195 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1745  DNA binding domain-containing protein  44.9 
 
 
205 aa  41.6  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3366  DNA binding domain protein, excisionase family  36.17 
 
 
71 aa  41.6  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2771  hypothetical protein  40.82 
 
 
70 aa  41.6  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.604646  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1174  DNA binding domain protein, excisionase family  46 
 
 
219 aa  41.2  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.122691  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0399  DNA binding domain protein  44.23 
 
 
70 aa  41.2  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.687205 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1911  DNA binding domain-containing protein  44 
 
 
216 aa  41.2  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1304  transposon resolvase  39.58 
 
 
209 aa  40.4  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0311544  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1938  excisionase family DNA-binding response regulator  40.91 
 
 
190 aa  40.4  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440271  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>