More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0097 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0097  valine dehydrogenase (NAD)  100 
 
 
356 aa  702  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.405788 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7207  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  77.81 
 
 
366 aa  513  1e-144  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0169486  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0168  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  69.65 
 
 
360 aa  471  1e-132  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.854835  hitchhiker  0.000159335 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0296  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  70.14 
 
 
362 aa  469  1e-131  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0159  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  69.08 
 
 
360 aa  465  1e-130  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.346246  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3346  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization domain-containing protein  68.12 
 
 
371 aa  463  1e-129  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.846718  normal  0.704979 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8995  leucine dehydrogenase  67.43 
 
 
367 aa  449  1e-125  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0299  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  62.92 
 
 
362 aa  441  1e-123  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5981  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  63.87 
 
 
360 aa  437  1e-122  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.245391 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28230  valine dehydrogenase (NAD)  64.43 
 
 
355 aa  413  1e-114  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4313  valine dehydrogenase (NAD)  62.32 
 
 
363 aa  406  1e-112  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4753  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  65.03 
 
 
356 aa  392  1e-108  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0262  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  50.58 
 
 
367 aa  349  4e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2308  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  50 
 
 
367 aa  343  3e-93  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1459  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  50.42 
 
 
364 aa  337  2e-91  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00450437  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4387  leucine dehydrogenase  48.55 
 
 
366 aa  333  2e-90  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3917  leucine dehydrogenase  48.55 
 
 
366 aa  334  2e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.258537  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3908  leucine dehydrogenase  48.55 
 
 
366 aa  333  2e-90  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4237  leucine dehydrogenase  48.55 
 
 
366 aa  333  2e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4295  leucine dehydrogenase  48.55 
 
 
366 aa  333  2e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4070  leucine dehydrogenase  48.55 
 
 
366 aa  333  2e-90  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.103154  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4185  leucine dehydrogenase  48.55 
 
 
366 aa  333  2e-90  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.7801e-08 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2859  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  48.55 
 
 
366 aa  333  3e-90  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4006  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  48.27 
 
 
366 aa  333  3e-90  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2953  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  49.28 
 
 
365 aa  333  3e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00102694  normal  0.0444662 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4275  leucine dehydrogenase  48.27 
 
 
366 aa  332  6e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0959  leucine dehydrogenase  48.27 
 
 
366 aa  332  6e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0298672 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12928  leucine dehydrogenase  45.83 
 
 
367 aa  318  9e-86  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.818858  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06750  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  46.97 
 
 
353 aa  317  2e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2349  leucine dehydrogenase  43.11 
 
 
358 aa  312  5e-84  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.752275  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2467  leucine dehydrogenase  48.66 
 
 
369 aa  312  7e-84  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.463847  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0938  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, C terminal  46.22 
 
 
355 aa  309  4e-83  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06730  Leucine dehydrogenase  43.19 
 
 
354 aa  305  1e-81  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01746  leucine dehydrogenase  46.63 
 
 
366 aa  305  1e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2278  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  45.38 
 
 
349 aa  305  1e-81  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238812 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2701  leucine dehydrogenase  43.64 
 
 
362 aa  302  5e-81  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2201  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, C terminal  45.54 
 
 
393 aa  301  1e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0423  hypothetical protein  45.77 
 
 
368 aa  299  4e-80  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2857  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  46.42 
 
 
380 aa  299  5e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1681  leucine dehydrogenase  43.9 
 
 
354 aa  298  7e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  8.40551e-05  normal  0.0280258 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1823  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  45.78 
 
 
348 aa  294  2e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.653099  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2067  leucine dehydrogenase  45.59 
 
 
344 aa  292  7e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.866372  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2265  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  46.69 
 
 
343 aa  291  9e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1868  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  45.48 
 
 
351 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00511879  hitchhiker  3.68215e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2483  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  45.48 
 
 
351 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1598  leucine dehydrogenase  45.62 
 
 
344 aa  287  2e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1742  leucine dehydrogenase  45.62 
 
 
344 aa  286  3e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1673  leucine dehydrogenase  45.92 
 
 
344 aa  287  3e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0226874 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1555  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  44.71 
 
 
343 aa  286  3e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.331273  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2596  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  45.18 
 
 
344 aa  286  5e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0231387 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2476  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  45.18 
 
 
344 aa  286  5e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.65947  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2238  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  44.88 
 
 
344 aa  285  6e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4303  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  46.84 
 
 
350 aa  285  8e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.734088 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2638  leucine dehydrogenase  45.92 
 
 
344 aa  284  1e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2995  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  41.76 
 
 
371 aa  280  3e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0400404  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2710  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  44.11 
 
 
343 aa  279  5e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0334094 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2878  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  45.59 
 
 
365 aa  278  8e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00467332  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1877  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  43.81 
 
 
344 aa  276  3e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.34447e-07 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1400  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  42.07 
 
 
362 aa  276  3e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0105063 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2543  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  44.41 
 
 
343 aa  276  5e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2904  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  42.73 
 
 
345 aa  275  1e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.411111  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3241  leucine dehydrogenase  46.73 
 
 
370 aa  274  2e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.710635  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2994  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  46.09 
 
 
352 aa  272  5e-72  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.972727  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19870  leucine dehydrogenase  48.04 
 
 
341 aa  270  3e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.020664  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2875  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  47.28 
 
 
352 aa  268  8e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.734525 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1708  leucine dehydrogenase  47.13 
 
 
341 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02824  leucine dehydrogenase  42.86 
 
 
352 aa  261  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0223445  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1037  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  46.51 
 
 
349 aa  257  3e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3248  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  45.95 
 
 
340 aa  256  5e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4617  leucine dehydrogenase  43.71 
 
 
339 aa  255  1e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4477  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  43.71 
 
 
339 aa  254  2e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.116706  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4601  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  44.01 
 
 
339 aa  252  6e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5816  leucine dehydrogenase  46.48 
 
 
365 aa  249  5e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.523942  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10760  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  47.73 
 
 
339 aa  248  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.189921  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0915  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerization region  44.41 
 
 
339 aa  243  3e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810154  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2779  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  44.81 
 
 
356 aa  241  1e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.60322  normal  0.877021 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0963  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  40.12 
 
 
357 aa  241  2e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.922055 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1436  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  44.27 
 
 
375 aa  240  2e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4625  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  43.16 
 
 
355 aa  240  3e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.466466  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1040  leucine dehydrogenase  48.15 
 
 
366 aa  236  3e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.336829  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1973  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  45.65 
 
 
350 aa  235  1e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.278913  normal  0.5183 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3328  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  42.94 
 
 
353 aa  232  6e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.369761  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2247  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  43.53 
 
 
359 aa  227  3e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.789808 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0755  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  38.53 
 
 
364 aa  226  5e-58  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0652  leucine dehydrogenase  38.53 
 
 
382 aa  226  5e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.941841  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1521  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  42.94 
 
 
349 aa  221  2e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.448998  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3986  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation region  46.43 
 
 
349 aa  218  9e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0821  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  43.24 
 
 
339 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2202  hypothetical protein  37.73 
 
 
357 aa  216  4e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2230  hypothetical protein  38.04 
 
 
357 aa  216  4e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1545  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  44.48 
 
 
349 aa  215  1e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.503343  normal  0.451377 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3953  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  41.06 
 
 
356 aa  213  3e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.731419 
 
 
-
 
NC_002620  TC0154  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase family protein  37.91 
 
 
346 aa  211  1e-53  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5610  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  44.38 
 
 
363 aa  209  4e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0831921  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6219  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, C terminal:Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerization region  40 
 
 
359 aa  207  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.277223  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4113  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  42.12 
 
 
351 aa  204  1e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4404  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  43.12 
 
 
357 aa  194  2e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4087  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerisation region  41.16 
 
 
360 aa  193  4e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.733748 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0203  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  36.71 
 
 
344 aa  185  1e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4384  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase dimerization region  41.36 
 
 
354 aa  172  1e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>