More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0083 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007512  Plut_0336  citrate synthase I  68.87 
 
 
447 aa  634  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000388875  normal  0.187011 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1870  citrate synthase I  69.1 
 
 
448 aa  636  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.859731 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2068  citrate synthase I  69.41 
 
 
450 aa  644  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.355535  normal  0.380729 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2042  citrate synthase I  67.67 
 
 
447 aa  638  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0083  citrate synthase  100 
 
 
455 aa  942  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1088  citrate synthase I  67.91 
 
 
443 aa  642  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.864155  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7227  citrate synthase I  92.75 
 
 
455 aa  859  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0317  citrate synthase I  67.52 
 
 
447 aa  630  1e-179  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2083  citrate synthase  66.2 
 
 
447 aa  627  1e-178  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.48822  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2417  citrate synthase I  68 
 
 
447 aa  627  1e-178  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2007  citrate synthase I  67.06 
 
 
427 aa  617  1e-175  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2617  citrate synthase I  64.14 
 
 
436 aa  615  1e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.819839 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1676  citrate synthase  66.35 
 
 
445 aa  610  1e-173  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0308594  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0888  citrate synthase  64.39 
 
 
447 aa  598  1e-170  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.631219  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3738  citrate synthase I  65.41 
 
 
428 aa  590  1e-167  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.680995  normal  0.033422 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3488  citrate synthase I  65.18 
 
 
428 aa  587  1e-166  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0581  citrate synthase I  65.18 
 
 
428 aa  582  1e-165  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.178688 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1835  citrate synthase I  64.94 
 
 
422 aa  574  1e-162  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2752  citrate synthase  58.16 
 
 
432 aa  504  1e-141  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.816634  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2450  type II citrate synthase  55.71 
 
 
434 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2813  type II citrate synthase  54.73 
 
 
434 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3253  type II citrate synthase  54.04 
 
 
434 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2843  type II citrate synthase  54.04 
 
 
434 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.433784  normal  0.36225 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4502  type II citrate synthase  53.81 
 
 
434 aa  487  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.705578 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0995  citrate synthase I  52.55 
 
 
434 aa  486  1e-136  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.655069 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0897  citrate synthase  54.78 
 
 
433 aa  482  1e-135  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0898483  normal  0.676877 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2251  citrate synthase I  53.95 
 
 
434 aa  479  1e-134  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1681  citrate synthase I  54.92 
 
 
429 aa  479  1e-134  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.592991 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1731  citrate synthase I  54.46 
 
 
439 aa  481  1e-134  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02359  type II citrate synthase  56.41 
 
 
442 aa  479  1e-134  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1409  citrate synthase I  53.69 
 
 
429 aa  480  1e-134  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.423182 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1301  Citrate (Si)-synthase  52.57 
 
 
431 aa  479  1e-134  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.115082  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1106  type II citrate synthase  52.64 
 
 
435 aa  475  1e-133  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1845  type II citrate synthase  52.53 
 
 
433 aa  476  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.273477  normal  0.198527 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1708  type II citrate synthase  54.04 
 
 
433 aa  476  1e-133  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.693797  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2563  type II citrate synthase  52.3 
 
 
429 aa  474  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.102281  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2042  type II citrate synthase  52.64 
 
 
430 aa  474  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0529149  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2136  citrate synthase I  56.52 
 
 
427 aa  474  1e-132  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.873392  normal  0.0485985 
 
 
-
 
NC_004310  BR1148  type II citrate synthase  52.64 
 
 
430 aa  474  1e-132  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2284  citrate synthase I  53.94 
 
 
427 aa  474  1e-132  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.193692  normal  0.0343529 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3212  citrate synthase  55.74 
 
 
427 aa  474  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.215147  normal  0.134727 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2023  citrate synthase I  53.15 
 
 
429 aa  474  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1646  type II citrate synthase  53.05 
 
 
429 aa  473  1e-132  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0982845  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2787  citrate synthase I  53.74 
 
 
426 aa  473  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.420339  normal  0.059507 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2032  citrate synthase  54.27 
 
 
428 aa  472  1e-132  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.808291  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3716  citrate synthase I  54.18 
 
 
430 aa  469  1e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.364105  normal  0.0570227 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1964  citrate synthase I  57.03 
 
 
427 aa  468  1e-131  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0148224  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4703  citrate synthase I  55.56 
 
 
463 aa  469  1e-131  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1600  citrate synthase  51.84 
 
 
433 aa  471  1e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0646  citrate synthase I  53.23 
 
 
430 aa  469  1e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.615558 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1596  type II citrate synthase  52.07 
 
 
429 aa  469  1e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.218131  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1789  type II citrate synthase  51.38 
 
 
429 aa  467  1e-130  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.069091  hitchhiker  0.00547545 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0874  type II citrate synthase  56.48 
 
 
429 aa  467  1e-130  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0015368  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1132  citrate synthase  53.57 
 
 
431 aa  466  1e-130  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0787  type II citrate synthase  56.48 
 
 
429 aa  465  1e-130  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2890  type II citrate synthase  53.12 
 
 
433 aa  467  1e-130  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2481  type II citrate synthase  53.18 
 
 
433 aa  466  1e-130  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.523496  normal  0.0627534 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1144  type II citrate synthase  52.07 
 
 
429 aa  466  1e-130  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.300068  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2320  type II citrate synthase  52.42 
 
 
433 aa  466  1e-130  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3181  citrate synthase I  54.29 
 
 
438 aa  466  1e-130  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.270593  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5205  type II citrate synthase  54.46 
 
 
433 aa  465  1e-130  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.237518  normal  0.311757 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0999  citrate synthase I  55.31 
 
 
438 aa  467  1e-130  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6851  type II citrate synthase  53.12 
 
 
433 aa  467  1e-130  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.622921 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6352  type II citrate synthase  53.41 
 
 
433 aa  465  1e-130  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0645718  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1524  citrate synthase I  53 
 
 
430 aa  466  1e-130  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.802094  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1395  citrate synthase  52.35 
 
 
434 aa  462  1e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.322092  normal  0.0167868 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1140  citrate synthase I  53.99 
 
 
441 aa  462  1e-129  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.615799  normal  0.0294382 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1834  type II citrate synthase  52.89 
 
 
433 aa  464  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0219356  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2224  citrate synthase I  53.46 
 
 
425 aa  463  1e-129  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4425  citrate synthase I  52.63 
 
 
436 aa  464  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.224643  normal  0.0272577 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0504  type II citrate synthase  52.89 
 
 
433 aa  464  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.405584  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2467  type II citrate synthase  52.89 
 
 
433 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00536833  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1626  type II citrate synthase  52.89 
 
 
433 aa  464  1e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00616613  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2329  type II citrate synthase  52.89 
 
 
433 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0599  type II citrate synthase  51.61 
 
 
430 aa  463  1e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.281651  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1744  type II citrate synthase  52.89 
 
 
433 aa  464  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.676143  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4643  type II citrate synthase  52.89 
 
 
433 aa  464  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4366  type II citrate synthase  52.42 
 
 
433 aa  462  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0665  type II citrate synthase  52.89 
 
 
433 aa  463  1e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.170997  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5145  citrate synthase I  51.61 
 
 
429 aa  461  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.236177  normal  0.0251581 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0788  type II citrate synthase  52.89 
 
 
433 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0858919  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1134  type II citrate synthase  52.42 
 
 
432 aa  464  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.066915  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2545  citrate synthase I  52.94 
 
 
431 aa  460  1e-128  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5222  citrate synthase I  51.38 
 
 
429 aa  461  1e-128  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.827577  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0528  citrate synthase I  56.27 
 
 
437 aa  461  1e-128  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0708503  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5525  type II citrate synthase  51.96 
 
 
432 aa  461  1e-128  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.615237  normal  0.487627 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2147  type II citrate synthase  52.42 
 
 
433 aa  459  1e-128  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.787035  normal  0.703076 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4680  citrate synthase I  51.61 
 
 
446 aa  461  1e-128  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3832  type II citrate synthase  52.66 
 
 
433 aa  461  1e-128  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.418606 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3589  type II citrate synthase  52.42 
 
 
433 aa  459  1e-128  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0248785  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4428  type II citrate synthase  52.42 
 
 
433 aa  459  1e-128  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3316  type II citrate synthase  52.66 
 
 
433 aa  460  1e-128  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.229262  normal  0.697255 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3939  type II citrate synthase  52.42 
 
 
433 aa  459  1e-128  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0829  citrate synthase I  54.2 
 
 
427 aa  460  1e-128  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.292623  hitchhiker  0.00485559 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2860  citrate synthase  54.14 
 
 
432 aa  456  1e-127  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1729  type II citrate synthase  56.52 
 
 
434 aa  457  1e-127  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.540557 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0058  citrate synthase I  51.61 
 
 
432 aa  457  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00358332  normal  0.0142462 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1822  type II citrate synthase  52.19 
 
 
433 aa  455  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0907648  normal  0.724589 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1270  citrate synthase I  56.01 
 
 
440 aa  456  1e-127  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2146  type II citrate synthase  52.19 
 
 
433 aa  455  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>