More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0081 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_7229  citrate synthase 2  95.58 
 
 
364 aa  652  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0081  citrate synthase 2  100 
 
 
369 aa  736  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0511  citrate synthase 2  80.4 
 
 
368 aa  583  1e-165  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.043222  hitchhiker  0.0026302 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0423  citrate synthase 2  80.97 
 
 
368 aa  564  1e-160  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.523327 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1016  Citrate (Si)-synthase  79.83 
 
 
366 aa  565  1e-160  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.525155  hitchhiker  0.00235766 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0830  Citrate (Si)-synthase  77.21 
 
 
374 aa  549  1e-155  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.801427  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0520  citrate (Si)-synthase  75.97 
 
 
368 aa  543  1e-153  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.341938  normal  0.0162418 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1005  Citrate (Si)-synthase  74.86 
 
 
368 aa  544  1e-153  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8787  citrate synthase 2  77.75 
 
 
378 aa  534  1e-150  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.901315 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0247  citrate synthase 2  74.51 
 
 
368 aa  523  1e-147  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.32184  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1262  Citrate (Si)-synthase  70.95 
 
 
375 aa  521  1e-147  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0733  citrate synthase 2  70.11 
 
 
368 aa  520  1e-146  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5025  citrate synthase 2  70.67 
 
 
371 aa  518  1e-146  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.761314 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10908  citrate synthase 2  71.59 
 
 
373 aa  515  1e-145  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0834  Citrate (Si)-synthase  70.66 
 
 
377 aa  507  1e-142  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0509  citrate synthase 2  72.68 
 
 
371 aa  507  1e-142  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5814  Citrate (Si)-synthase  74.58 
 
 
361 aa  506  1e-142  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00482398 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33820  citrate synthase 2  71.11 
 
 
389 aa  507  1e-142  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.655288  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0115  citrate synthase 2  72.22 
 
 
368 aa  497  1e-139  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4841  citrate synthase 2  71.02 
 
 
376 aa  490  1e-137  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.169021 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1726  citrate synthase 2  71.1 
 
 
373 aa  491  1e-137  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4546  citrate synthase 2  70.74 
 
 
376 aa  488  1e-137  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591553  normal  0.862054 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4459  citrate synthase 2  70.74 
 
 
376 aa  488  1e-137  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0848  Citrate (Si)-synthase  66.02 
 
 
368 aa  466  1e-130  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4708  citrate synthase 2  63.11 
 
 
370 aa  429  1e-119  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0881  citrate synthase 2  54.02 
 
 
351 aa  268  2e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.154658  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3748  Citrate (Si)-synthase  40.94 
 
 
388 aa  236  3e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6150  Citrate (Si)-synthase  37.3 
 
 
391 aa  210  3e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.153659 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3093  Citrate (Si)-synthase  36.29 
 
 
378 aa  209  8e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.832749 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3561  Citrate (Si)-synthase  36.68 
 
 
387 aa  207  2e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.141515  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2027  citrate synthase 2  39.29 
 
 
362 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1189  Citrate (Si)-synthase  36.22 
 
 
395 aa  207  3e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2557  citrate synthase  39.04 
 
 
391 aa  204  2e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4948  citrate synthase 2  38.5 
 
 
364 aa  204  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.257238  normal  0.409706 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1830  citrate synthase 2  39.84 
 
 
362 aa  202  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.011311 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7568  citrate synthase 2  38.96 
 
 
362 aa  198  1e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.708852 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2103  citrate synthase 2  39.34 
 
 
364 aa  197  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2276  citrate synthase  34.56 
 
 
380 aa  195  9e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1467  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  35.66 
 
 
385 aa  189  5e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0316751  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2420  Citrate synthase  34.77 
 
 
481 aa  187  2e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0723  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  35.01 
 
 
382 aa  187  3e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.517524  normal  0.584309 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0837  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  34.75 
 
 
378 aa  185  1e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.531649  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2423  Citrate (Si)-synthase  35.14 
 
 
377 aa  185  1e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2221  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  33.25 
 
 
377 aa  185  1e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.57744  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0404  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  33.78 
 
 
378 aa  184  2e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2713  citrate synthase  33.68 
 
 
378 aa  184  3e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.656469 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0663  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  34.62 
 
 
373 aa  183  5e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.280152  normal  0.110027 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1729  Citrate (Si)-synthase  36.22 
 
 
373 aa  182  6e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.120294  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1198  methylcitrate synthase  31.99 
 
 
376 aa  181  1e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0163  citrate synthase  34.11 
 
 
381 aa  180  4e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.292022  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2628  citrate synthase  34.82 
 
 
387 aa  180  5e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2401  2-methylcitrate synthase  34.27 
 
 
371 aa  179  5e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.612256  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01811  citrate synthase  33.68 
 
 
381 aa  179  6e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01791  citrate synthase  34.11 
 
 
381 aa  179  9e-44  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.209294  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1665  citrate synthase  33.77 
 
 
378 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3065  citrate synthase  31.3 
 
 
386 aa  178  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2672  citrate synthase  31.3 
 
 
386 aa  178  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.530506  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3278  citrate synthase  33.52 
 
 
386 aa  177  3e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.312589  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1252  Citrate (Si)-synthase  33.07 
 
 
373 aa  176  4e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0893652 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0895  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  32.16 
 
 
430 aa  176  5e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3036  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  34.04 
 
 
382 aa  176  5e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1580  citrate synthase  32.37 
 
 
383 aa  176  5e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.172478 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0857  citrate (Si)-synthase  36.78 
 
 
390 aa  176  5e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1202  Citrate (Si)-synthase  30.85 
 
 
375 aa  176  6e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  1.38488e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0072  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  32.88 
 
 
372 aa  174  1e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1258  citrate synthase  32.18 
 
 
373 aa  175  1e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1408  citrate synthase  32.11 
 
 
386 aa  175  1e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1377  citrate synthase  32.11 
 
 
386 aa  175  1e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1035  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  35.19 
 
 
375 aa  174  2e-42  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3295  methylcitrate synthase  32.41 
 
 
378 aa  174  2e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.11596 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0344  methylcitrate synthase  32.47 
 
 
375 aa  174  2e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0781  citrate synthase  35.14 
 
 
372 aa  174  2e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1420  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  30.41 
 
 
374 aa  174  3e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02341  citrate synthase  34.75 
 
 
375 aa  174  3e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1665  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  31.62 
 
 
374 aa  174  3e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01901  citrate synthase  33.42 
 
 
381 aa  173  4e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1528  citrate synthase  34.75 
 
 
375 aa  173  5e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0349986  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3511  methylcitrate synthase  34.2 
 
 
390 aa  172  6e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.106101 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3630  methylcitrate synthase  31.73 
 
 
375 aa  172  7e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2420  2-methylcitrate synthase  32.66 
 
 
375 aa  172  7e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0822163  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1858  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  30.13 
 
 
374 aa  172  7e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1821  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  30.87 
 
 
374 aa  172  8e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0281  citrate synthase  32.65 
 
 
378 aa  172  8e-42  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.160338  normal  0.143922 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01781  citrate synthase  33.6 
 
 
378 aa  172  8e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.176216  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4141  methylcitrate synthase  31.43 
 
 
379 aa  172  9e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2679  citrate synthase  33.96 
 
 
372 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0198833  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2112  2-methylcitrate synthase  30.79 
 
 
374 aa  172  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3826  methylcitrate synthase  31.84 
 
 
375 aa  172  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3645  methylcitrate synthase  31.17 
 
 
375 aa  172  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3946  methylcitrate synthase  30.91 
 
 
375 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2321  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  31.15 
 
 
384 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1936  methylcitrate synthase  30.91 
 
 
375 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.686847  hitchhiker  8.58753e-07 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4022  methylcitrate synthase  30.91 
 
 
375 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0314  methylcitrate synthase  31.73 
 
 
375 aa  172  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4048  methylcitrate synthase  31.17 
 
 
375 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1523  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  32.98 
 
 
379 aa  171  1e-41  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2413  citrate synthase  34.04 
 
 
397 aa  171  2e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0154  citrate synthase  34.58 
 
 
374 aa  171  2e-41  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.649155 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2335  methylcitrate synthase  30.91 
 
 
375 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218689  hitchhiker  3.70874e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3435  methylcitrate synthase  30.91 
 
 
375 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.01089  normal  0.171025 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>