19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0074 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0074  hypothetical protein  100 
 
 
358 aa  690  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7234  hypothetical protein  51.75 
 
 
460 aa  176  6e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.273739  normal  0.522383 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1719  TM helix repeat-containing protein  33.91 
 
 
335 aa  128  2e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.082128  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1740  TM helix protein  33.91 
 
 
335 aa  126  6e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1787  TM helix repeat-containing protein  33.91 
 
 
335 aa  126  6e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16810  hypothetical protein  34.78 
 
 
257 aa  125  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.403378 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0517  hypothetical protein  36.14 
 
 
275 aa  121  2e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.328951  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5533  TM helix repeat-containing protein  36.32 
 
 
272 aa  107  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.774759  normal  0.837846 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5911  TM helix repeat-containing protein  32.17 
 
 
279 aa  104  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1329  TM helix repeat-containing protein  36.53 
 
 
297 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00100917  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1737  TM helix repeat-containing protein  37.39 
 
 
287 aa  98.2  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.5984  decreased coverage  0.000938993 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1751  TM helix repeat-containing protein  36.77 
 
 
287 aa  95.9  9e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.232886 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3828  Conserved TM helix repeat-containing protein  32.08 
 
 
265 aa  90.5  4e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.222399 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1663  hypothetical protein  27.33 
 
 
2449 aa  52  2e-05  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1493  LPXTG-motif cell wall anchor domain protein  40.62 
 
 
633 aa  47.8  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1632  large adhesin  28.99 
 
 
2914 aa  46.6  0.0007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1406  TM helix protein  23.08 
 
 
223 aa  45.4  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0345535  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1981  TM helix repeat-containing protein  22.78 
 
 
246 aa  43.1  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0913829  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0285  endo-beta-N-acetylglucosaminidase  37.5 
 
 
1135 aa  42.7  0.01  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>