71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0072 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0072  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  100 
 
 
392 aa  768  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7236  putative LpqP (hydrolase/esterase)  55.62 
 
 
405 aa  358  9e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0397136  normal  0.31443 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5085  polyhydroxybutyrate depolymerase  33.46 
 
 
313 aa  123  7e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0474117  normal  0.355318 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0373  polyhydroxybutyrate depolymerase  40.46 
 
 
357 aa  120  4e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0880654  hitchhiker  0.00622899 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1493  phospholipase/Carboxylesterase  37.22 
 
 
317 aa  119  1e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.030471  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1590  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  38.27 
 
 
353 aa  115  1e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255211  normal  0.12664 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3854  putative lipoprotein  38.69 
 
 
336 aa  113  7e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.496382  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10685  lipoprotein lpqP  31.05 
 
 
280 aa  107  3e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.132448  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3106  putative lipoprotein  35.48 
 
 
341 aa  96.3  8e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1290  hypothetical protein  37.85 
 
 
305 aa  94.4  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1651  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  35.06 
 
 
323 aa  94  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0627752  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1573  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  35.71 
 
 
326 aa  94  4e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13327  esterase lipoprotein lpqC  35.1 
 
 
304 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.67103e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1969  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  33.16 
 
 
363 aa  91.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0935555 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0297  lpqC, putative  36.19 
 
 
306 aa  92  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.433259  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4460  polyhydroxybutyrate depolymerase  28.29 
 
 
322 aa  91.3  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.403398  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2408  carbohydrate esterase family 1 protein  33.33 
 
 
316 aa  86.3  9e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.211104  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3127  phospholipase/Carboxylesterase  36.71 
 
 
314 aa  83.6  6e-15  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0967  putative esterase  32.95 
 
 
244 aa  82.8  9e-15  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.127871 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1953  putative hydrolase  32.62 
 
 
308 aa  79.7  7e-14  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0001445  hitchhiker  0.00199711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3217  hypothetical protein  33.16 
 
 
282 aa  79  2e-13  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07050  hypothetical protein  36.36 
 
 
322 aa  78.6  2e-13  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3966  phospholipase/carboxylesterase  31.72 
 
 
795 aa  77.4  4e-13  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2261  putative esterase/lipase/thioesterase  33.7 
 
 
361 aa  76.3  8e-13  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.556081  normal  0.0820217 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0646  hypothetical protein  38.98 
 
 
322 aa  74.7  3e-12  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.399454  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0713  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  28.14 
 
 
287 aa  73.6  6e-12  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1240  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  34.18 
 
 
370 aa  73.2  7e-12  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.194401 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1400  phospholipase/Carboxylesterase  29.44 
 
 
325 aa  73.2  8e-12  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1204  phospholipase/carboxylesterase  36.92 
 
 
335 aa  70.5  5e-11  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.299935  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3566  phospholipase/carboxylesterase  28.32 
 
 
331 aa  68.2  2e-10  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2040  esterase-like protein  28.83 
 
 
1002 aa  67.8  3e-10  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.400928  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4595  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  32.08 
 
 
344 aa  66.6  7e-10  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0579  esterase, putative  28.75 
 
 
324 aa  65.9  1e-09  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2752  phospholipase/carboxylesterase  30.34 
 
 
309 aa  62.4  1e-08  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3891  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  29.92 
 
 
298 aa  61.6  2e-08  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.947481  normal  0.780646 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2301  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  42.25 
 
 
232 aa  60.5  4e-08  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5398  hypothetical protein  29.13 
 
 
302 aa  56.6  7e-07  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.330044  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1385  putative Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  27.11 
 
 
464 aa  54.7  2e-06  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.516849  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3303  glycoside hydrolase family 62  25.34 
 
 
436 aa  54.7  3e-06  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000382833  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3576  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  28.28 
 
 
451 aa  54.3  3e-06  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.875939  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_92192  predicted protein  24.34 
 
 
486 aa  53.5  6e-06  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.865019  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0080  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  29.66 
 
 
286 aa  53.1  7e-06  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1167  hypothetical protein  28.67 
 
 
471 aa  51.2  3e-05  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.428408  normal  0.287821 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_26429  predicted protein  29.17 
 
 
363 aa  50.4  6e-05  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000229905  normal  0.222049 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4905  Ricin B lectin  25.13 
 
 
461 aa  48.9  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.151016  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5113  esterase, PHB depolymerase  29.46 
 
 
370 aa  48.9  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2576  esterase, PHB depolymerase  30.47 
 
 
396 aa  47.8  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.225739  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3485  hypothetical protein  33.58 
 
 
269 aa  47.4  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2066  phospholipase/carboxylesterase  32.38 
 
 
238 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565731  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05267  feruloyl esterase (Eurofung)  28.21 
 
 
270 aa  47.4  0.0005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9052  polyhydroxybutyrate depolymerase  31.25 
 
 
366 aa  47  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0284  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  29.75 
 
 
215 aa  46.6  0.0007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0371  esterase, PHB depolymerase  29.48 
 
 
394 aa  46.6  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0137  esterase, PHB depolymerase  27.56 
 
 
392 aa  46.6  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0048  esterase, PHB depolymerase family  30.4 
 
 
417 aa  46.6  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00616843 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0242  cellulose-binding family II  25.67 
 
 
447 aa  45.1  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0568  esterase, PHB depolymerase family  27.34 
 
 
395 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1052  phospholipase/carboxylesterase  27.7 
 
 
365 aa  45.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4027  PHB depolymerase family esterase  30.89 
 
 
387 aa  44.7  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.391886 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0364  putative polyhydroxybutyrate depolymerase  31.87 
 
 
265 aa  44.7  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.81916  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2650  hypothetical protein  32.06 
 
 
355 aa  43.9  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.376354  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3198  putative polyhydroxybutyrate depolymerase  26.73 
 
 
279 aa  43.9  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.396095  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3665  PHB depolymerase family esterase  29.37 
 
 
365 aa  43.1  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.131134  normal  0.75521 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4883  PHB depolymerase family esterase  29.37 
 
 
369 aa  43.5  0.007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103512  hitchhiker  0.0011428 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4502  esterase, PHB depolymerase  29.37 
 
 
365 aa  43.1  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42248  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3862  PHB depolymerase family esterase  29.37 
 
 
365 aa  43.1  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0810078  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1463  esterase, PHB depolymerase family  29.37 
 
 
363 aa  43.1  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0308241  normal  0.241375 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4230  phospholipase/Carboxylesterase  25.64 
 
 
268 aa  43.1  0.009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.58568  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2846  esterase, PHB depolymerase  27.21 
 
 
398 aa  42.7  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222858  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0726  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  34.83 
 
 
462 aa  42.7  0.01  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.401494  normal  0.100919 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4602  esterase, PHB depolymerase  28.68 
 
 
317 aa  42.7  0.01  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.462256  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>