More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0064 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_7259  aminotransferase AlaT  84.62 
 
 
404 aa  697  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.106863 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0064  aminotransferase AlaT  100 
 
 
415 aa  843  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1565  aminotransferase class I and II  67.25 
 
 
404 aa  569  1e-161  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.114117  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2522  aminotransferase AlaT  67 
 
 
403 aa  562  1e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0098496  normal  0.421504 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3601  aminotransferase AlaT  66.92 
 
 
405 aa  561  1e-159  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.217038  normal  0.16413 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3615  aminotransferase AlaT  67.49 
 
 
403 aa  562  1e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.222479 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1447  aminotransferase AlaT  67 
 
 
403 aa  562  1e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0541953  normal  0.418968 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2327  aminotransferase AlaT  67.74 
 
 
403 aa  561  1e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.218058  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1481  aminotransferase AlaT  67 
 
 
403 aa  562  1e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1872  aminotransferase AlaT  67 
 
 
403 aa  561  1e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.866522  normal  0.490058 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27500  aminotransferase AlaT  67.99 
 
 
403 aa  562  1e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223  normal  0.0677346 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1779  aminotransferase, classes I and II  67.49 
 
 
403 aa  562  1e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3843  aminotransferase AlaT  67 
 
 
403 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0237926  normal  0.409513 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3983  aminotransferase AlaT  67.74 
 
 
403 aa  558  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15420  aminotransferase AlaT  67.25 
 
 
403 aa  560  1e-158  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.169298  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0618  aminotransferase AlaT  64.76 
 
 
426 aa  555  1e-157  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.647931  normal  0.109803 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0279  aminotransferase AlaT  65.51 
 
 
422 aa  552  1e-156  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.306917  normal  0.798305 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3310  aminotransferase AlaT  63.41 
 
 
404 aa  548  1e-155  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  4.24805e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2559  aminotransferase AlaT  62.41 
 
 
404 aa  538  1e-152  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00595709  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2516  aminotransferase AlaT  62.41 
 
 
404 aa  538  1e-152  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0408382  normal  0.443228 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10342  aminotransferase AlaT  63.93 
 
 
429 aa  538  1e-152  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.535364  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2571  aminotransferase AlaT  62.41 
 
 
404 aa  538  1e-152  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2471  aminotransferase AlaT  62.41 
 
 
404 aa  538  1e-152  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00191502  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1097  aminotransferase AlaT  62.31 
 
 
404 aa  539  1e-152  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.832418  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02175  hypothetical protein  61.15 
 
 
405 aa  533  1e-150  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1563  aminotransferase AlaT  60.55 
 
 
404 aa  533  1e-150  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1558  aminotransferase AlaT  61.15 
 
 
404 aa  532  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.302938  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2445  aminotransferase AlaT  61.15 
 
 
405 aa  533  1e-150  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1362  aminotransferase AlaT  61.15 
 
 
405 aa  533  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.594502 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0461  aminotransferase class I and II  63.93 
 
 
418 aa  532  1e-150  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1819  aminotransferase AlaT  60.9 
 
 
404 aa  532  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2583  aminotransferase AlaT  61.15 
 
 
405 aa  533  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.45985  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02215  aspartate aminotransferase  61.15 
 
 
405 aa  533  1e-150  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1366  aminotransferase class I and II  61.15 
 
 
405 aa  533  1e-150  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.465492  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2439  aminotransferase AlaT  61.15 
 
 
405 aa  533  1e-150  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2666  aminotransferase AlaT  61.15 
 
 
405 aa  533  1e-150  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.180875  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01427  aminotransferase AlaT  60.8 
 
 
404 aa  532  1e-150  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1450  aminotransferase AlaT  61.15 
 
 
404 aa  532  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3429  aminotransferase AlaT  60.9 
 
 
405 aa  530  1e-149  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.412347  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2834  aminotransferase AlaT  61.15 
 
 
405 aa  529  1e-149  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0052694  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2774  aminotransferase AlaT  61.65 
 
 
404 aa  525  1e-148  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363004  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1391  aminotransferase AlaT  61.65 
 
 
404 aa  528  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0476582  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2553  aminotransferase AlaT  61.9 
 
 
404 aa  527  1e-148  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0428  aminotransferase AlaT  64.93 
 
 
428 aa  522  1e-147  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.249561  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1490  aminotransferase AlaT  61.4 
 
 
404 aa  524  1e-147  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0451  aminotransferase AlaT  64.93 
 
 
428 aa  522  1e-147  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.343085  normal  0.024281 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0441  aminotransferase AlaT  64.93 
 
 
428 aa  522  1e-147  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.283674  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0619  aminotransferase AlaT  61.1 
 
 
404 aa  521  1e-146  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0842  aminotransferase AlaT  60.66 
 
 
426 aa  520  1e-146  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.387526  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1540  aminotransferase AlaT  60.6 
 
 
409 aa  518  1e-145  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1348  aminotransferase AlaT  62.19 
 
 
410 aa  515  1e-145  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.613177  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1475  aminotransferase AlaT  57.64 
 
 
404 aa  512  1e-144  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.714124 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1697  aminotransferase AlaT  60.65 
 
 
404 aa  511  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00135773  normal  0.0103936 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2387  aminotransferase AlaT  57.64 
 
 
414 aa  514  1e-144  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2553  aminotransferase AlaT  59.7 
 
 
406 aa  511  1e-143  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.52326e-07 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1830  aminotransferase AlaT  58.77 
 
 
409 aa  509  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.841388  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2026  aminotransferase AlaT  59.65 
 
 
409 aa  508  1e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2838  aminotransferase AlaT  59.7 
 
 
406 aa  508  1e-143  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00546919  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1907  aminotransferase AlaT  59.15 
 
 
404 aa  507  1e-142  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0371562  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1993  aminotransferase AlaT  58.65 
 
 
404 aa  504  1e-142  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  3.40923e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0903  aminotransferase AlaT  59.7 
 
 
429 aa  505  1e-142  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4338  aminotransferase class I and II  61.94 
 
 
440 aa  506  1e-142  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2145  aminotransferase AlaT  59.4 
 
 
404 aa  506  1e-142  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0123768  normal  0.013049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5220  aminotransferase AlaT  58.4 
 
 
411 aa  506  1e-142  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0739506  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2197  aminotransferase AlaT  58.31 
 
 
412 aa  506  1e-142  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  1.41545e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2040  aminotransferase AlaT  59.15 
 
 
404 aa  506  1e-142  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00341686  hitchhiker  0.00762729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1935  aminotransferase AlaT  58.9 
 
 
404 aa  505  1e-142  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00236574  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1047  aminotransferase AlaT  59.7 
 
 
429 aa  505  1e-142  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1326  aminotransferase AlaT  58.65 
 
 
413 aa  504  1e-142  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0763036  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1552  aminotransferase AlaT  61.4 
 
 
409 aa  506  1e-142  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07490  aspartate/tyrosine/aromatic aminotransferase  61.04 
 
 
403 aa  508  1e-142  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2483  aminotransferase AlaT  58.9 
 
 
404 aa  504  1e-141  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0437  aminotransferase AlaT  57.74 
 
 
418 aa  503  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1772  aminotransferase AlaT  58.1 
 
 
404 aa  504  1e-141  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1872  aminotransferase AlaT  58.4 
 
 
404 aa  498  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1262  aminotransferase AlaT  58.4 
 
 
429 aa  498  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.30879  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2232  aminotransferase AlaT  58 
 
 
407 aa  500  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0248058  hitchhiker  2.26565e-06 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004034  aspartate/tyrosine/aromatic aminotransferase  59.68 
 
 
377 aa  498  1e-140  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2267  aminotransferase AlaT  59.15 
 
 
403 aa  501  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0850565  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2048  aminotransferase AlaT  57.89 
 
 
404 aa  498  1e-140  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000163504  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2579  aminotransferase AlaT  60.15 
 
 
435 aa  498  1e-140  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0691  aminotransferase class I and II  59.75 
 
 
410 aa  499  1e-140  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0228341  hitchhiker  5.62842e-08 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1911  aminotransferase AlaT  56.64 
 
 
426 aa  496  1e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1914  aminotransferase AlaT  58.9 
 
 
404 aa  496  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  2.33272e-05  unclonable  2.66484e-06 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1805  aminotransferase AlaT  59.41 
 
 
416 aa  494  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.605572  hitchhiker  0.00221354 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1201  aminotransferase AlaT  58.15 
 
 
413 aa  498  1e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.895209  normal  0.0291272 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2340  aminotransferase AlaT  58.15 
 
 
404 aa  497  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.599264  hitchhiker  2.84015e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2136  aminotransferase AlaT  57.39 
 
 
404 aa  494  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  3.299e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0717  bifunctional HTH-domain containing protein/aminotransferase  55.5 
 
 
546 aa  498  1e-139  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.890628  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2662  aminotransferase AlaT  58.15 
 
 
409 aa  497  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0692  bifunctional HTH-domain containing protein/aminotransferase  55.22 
 
 
545 aa  496  1e-139  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2382  aminotransferase AlaT  59.65 
 
 
416 aa  498  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.378637  normal  0.475117 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2186  aminotransferase AlaT  57.39 
 
 
404 aa  494  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0116007  hitchhiker  7.96171e-05 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1164  aminotransferase AlaT  57.29 
 
 
423 aa  498  1e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  1.36093e-05 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4521  aminotransferase AlaT  57.39 
 
 
404 aa  494  1e-138  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2248  aminotransferase AlaT  57.39 
 
 
404 aa  494  1e-138  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.3752e-05  hitchhiker  7.52949e-09 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2235  aminotransferase AlaT  57.39 
 
 
404 aa  494  1e-138  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  6.54312e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0815  bifunctional HTH-domain containing protein/aminotransferase  55.47 
 
 
543 aa  492  1e-138  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.01796e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3207  aminotransferase AlaT  57.14 
 
 
410 aa  489  1e-137  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1994  aminotransferase AlaT  56.64 
 
 
427 aa  488  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>