More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0057 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0057  transketolase  100 
 
 
353 aa  709  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7268  transketolase central region  84.34 
 
 
388 aa  577  1e-163  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.801653  normal  0.16375 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0108  transketolase central region  72.16 
 
 
329 aa  499  1e-140  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.741994  hitchhiker  0.000246371 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0108  transketolase, central region  71.86 
 
 
329 aa  500  1e-140  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6982  Transketolase central region  67.93 
 
 
340 aa  473  1e-132  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8973  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  71.12 
 
 
327 aa  469  1e-131  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0092  Transketolase central region  69.6 
 
 
331 aa  461  1e-129  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0757914 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3331  transketolase central region  71.73 
 
 
324 aa  459  1e-128  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.438418 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38870  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  69.3 
 
 
345 aa  455  1e-127  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.478414 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0032  transketolase, central region  72.01 
 
 
327 aa  457  1e-127  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0329  Transketolase central region  70.77 
 
 
335 aa  452  1e-126  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5310  Transketolase central region  67.87 
 
 
335 aa  450  1e-125  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4857  Transketolase central region  67.78 
 
 
326 aa  449  1e-125  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4508  transketolase, central region  69.3 
 
 
326 aa  445  1e-124  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0181  putative branched-chain alpha keto acid dehydrogenase E1 beta subunit  67.98 
 
 
327 aa  447  1e-124  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5418  Transketolase central region  66.87 
 
 
326 aa  446  1e-124  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02360  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  64.44 
 
 
329 aa  434  1e-121  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6069  Transketolase central region  67.27 
 
 
328 aa  433  1e-120  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3966  Transketolase central region  64.83 
 
 
357 aa  432  1e-120  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.459906 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3222  Transketolase central region  68.09 
 
 
345 aa  429  1e-119  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3381  Transketolase central region  68.2 
 
 
357 aa  422  1e-117  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.410697  hitchhiker  0.00163938 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2467  Transketolase central region  64.83 
 
 
342 aa  422  1e-117  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.773321  normal  0.0305272 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35860  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  58.63 
 
 
393 aa  421  1e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.878641  normal  0.147961 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3854  dehydrogenase E1 component  64.62 
 
 
706 aa  414  1e-114  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.886533  normal  0.152539 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4287  Transketolase central region  65.76 
 
 
327 aa  412  1e-114  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.503845  normal  0.0831123 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1382  transketolase, central region  62.2 
 
 
336 aa  411  1e-113  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.409709  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3817  Transketolase central region  61.7 
 
 
326 aa  411  1e-113  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1400  Transketolase central region  63.03 
 
 
336 aa  410  1e-113  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.79702e-11 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25390  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  62.54 
 
 
330 aa  400  1e-110  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0987322  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4027  transketolase, central region  60.49 
 
 
326 aa  400  1e-110  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3399  Transketolase central region  68.61 
 
 
308 aa  400  1e-110  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00806614 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2098  Transketolase central region  63.38 
 
 
338 aa  392  1e-108  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00420  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  63.41 
 
 
343 aa  392  1e-108  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.189299  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06810  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  62.5 
 
 
355 aa  387  1e-106  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.643583  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4085  transketolase, central region  58.66 
 
 
351 aa  372  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.331436  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2904  Transketolase central region  59.64 
 
 
373 aa  370  1e-101  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3698  transketolase, central region  60.55 
 
 
349 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.453667  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3630  transketolase, central region  60.55 
 
 
349 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3625  transketolase, central region  60.55 
 
 
349 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.295636  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04530  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  57.85 
 
 
344 aa  369  1e-101  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3192  transketolase, central region  57.32 
 
 
370 aa  366  1e-100  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5002  Transketolase central region  59.81 
 
 
325 aa  364  2e-99  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00992852  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3242  Transketolase central region  55.69 
 
 
339 aa  363  2e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0939038  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1596  transketolase central region  57.59 
 
 
325 aa  361  1e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0994447  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12518  pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit pdhB  56.75 
 
 
348 aa  355  9e-97  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.36909e-05  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0026  Transketolase central region  58.1 
 
 
330 aa  352  4e-96  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.334429 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2487  transketolase  57.41 
 
 
329 aa  351  1e-95  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.511484  normal  0.976548 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6170  Transketolase central region  56.66 
 
 
334 aa  347  1e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0762568  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2565  transketolase, central region  51.2 
 
 
354 aa  337  2e-91  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.430096  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17800  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  54.06 
 
 
349 aa  327  2e-88  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2239  transketolase central region  53.82 
 
 
334 aa  321  1e-86  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0788664  normal  0.171519 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  51.96 
 
 
324 aa  320  2e-86  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  51.96 
 
 
324 aa  320  2e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  51.36 
 
 
324 aa  318  6e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2098  transketolase, central region  53.66 
 
 
334 aa  317  3e-85  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0340316  normal  0.234627 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1188  transketolase, central region  49.54 
 
 
322 aa  315  6e-85  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.489911  normal  0.0419885 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  51.67 
 
 
342 aa  315  6e-85  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1667  Transketolase central region  51.2 
 
 
336 aa  315  1e-84  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0903  Transketolase central region  52.76 
 
 
325 aa  312  6e-84  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.700297  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  51.06 
 
 
324 aa  310  2e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  47.11 
 
 
320 aa  310  2e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4133  putative puryvate dehydrogenase E1 component subunit beta  50.76 
 
 
326 aa  308  9e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0398811  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0824  Transketolase central region  52.16 
 
 
326 aa  308  1e-82  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.862556  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  46.97 
 
 
325 aa  307  2e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1434  transketolase  49.55 
 
 
326 aa  305  6e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1966  Transketolase central region  49.85 
 
 
326 aa  305  1e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.390541  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2647  transketolase, central region  48.64 
 
 
326 aa  303  3e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0140  Transketolase central region  50 
 
 
328 aa  303  3e-81  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1851  Transketolase central region  49.85 
 
 
335 aa  302  5e-81  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.60983  normal  0.722452 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1516  Transketolase central region  49.7 
 
 
332 aa  300  3e-80  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.349052 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2192  Transketolase central region  50.15 
 
 
323 aa  300  3e-80  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.975669  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3895  Transketolase central region  48.02 
 
 
346 aa  300  4e-80  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327711  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4977  transketolase, central region:transketolase, C-terminal  48.49 
 
 
325 aa  300  4e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2144  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  48.06 
 
 
341 aa  298  7e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.869205 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2303  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  47.56 
 
 
347 aa  298  7e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.405637  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1321  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  47.85 
 
 
347 aa  298  8e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2012  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  47.85 
 
 
347 aa  298  8e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1135  Transketolase central region  49.85 
 
 
324 aa  298  8e-80  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.323286  normal  0.423895 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3066  2-oxoisovalerate dehydrogenase E1 component, beta subunit  47.85 
 
 
347 aa  298  8e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1035  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  47.85 
 
 
347 aa  298  8e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2301  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  47.85 
 
 
347 aa  298  8e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3192  2-oxoisovalerate dehydrogenase E1 component, beta subunit  47.85 
 
 
347 aa  298  9e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.55833  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4361  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  48.55 
 
 
346 aa  298  9e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2510  transketolase-like  49.09 
 
 
320 aa  298  1e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.703307 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1217  transketolase central region  47.97 
 
 
346 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1244  transketolase, central region  47.97 
 
 
346 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.974507  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0763  transketolase, central region  47.97 
 
 
346 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0675  Transketolase central region  51.23 
 
 
327 aa  296  3e-79  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.045738  normal  0.242923 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2777  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  48.26 
 
 
337 aa  295  6e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.222973  normal  0.60889 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01955  2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase (E1) component, eukaryotic type, beta subunit  46.08 
 
 
325 aa  295  7e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3747  Transketolase central region  47.81 
 
 
355 aa  295  9e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1410  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  47.95 
 
 
334 aa  294  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6076  transketolase central region  47.43 
 
 
326 aa  294  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.507877  normal  0.0309873 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2321  Transketolase central region  51.06 
 
 
324 aa  294  2e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0460  Transketolase central region  49.4 
 
 
320 aa  293  4e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0456  Transketolase central region  48.02 
 
 
326 aa  291  9e-78  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4074  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  47.45 
 
 
325 aa  291  1e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4020  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  47.45 
 
 
325 aa  291  2e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3730  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  47.45 
 
 
325 aa  291  2e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4090  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  47.45 
 
 
325 aa  291  2e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  7.84297e-09  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>