53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0034 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_7298  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  92.56 
 
 
696 aa  907  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.910736  normal  0.0433123 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0034  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  100 
 
 
711 aa  1431  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.694512 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0805  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  42.99 
 
 
495 aa  327  4e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00150  hypothetical protein  40.53 
 
 
495 aa  323  5e-87  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06770  hypothetical protein  41.63 
 
 
495 aa  317  6e-85  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8941  hypothetical protein  35.65 
 
 
505 aa  236  9e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.57395  normal  0.334134 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5435  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  34.38 
 
 
515 aa  229  1e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.62909  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06480  type IV secretory pathway VirB4 component-like protein  31.75 
 
 
500 aa  219  2e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.132231  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0444  hypothetical protein  32.58 
 
 
509 aa  214  6e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3322  putative ATP-binding protein  30.15 
 
 
480 aa  182  3e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.540198 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1342  ATP-binding protein  31.5 
 
 
461 aa  181  5e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8298  hypothetical protein  29.25 
 
 
575 aa  179  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.237745 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0687  ATP-binding protein  33.65 
 
 
502 aa  172  2e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1572  ATP-binding protein  31.93 
 
 
496 aa  167  5e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.160192  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4709  hypothetical protein  30.48 
 
 
511 aa  155  3e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0831911  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2243  ATP-binding protein  31.87 
 
 
512 aa  143  9e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5522  hypothetical protein  30.18 
 
 
516 aa  139  3e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.349353  normal  0.675999 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2548  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  28.22 
 
 
629 aa  97.8  7e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0379852  normal 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4943  hypothetical protein  26.89 
 
 
624 aa  96.7  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4277  hypothetical protein  24.34 
 
 
539 aa  92.4  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0368  ATPase  25.77 
 
 
532 aa  90.1  1e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0513969  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4080  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  27.11 
 
 
631 aa  88.6  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.020005  normal  0.0495521 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0205  AAA ATPase  27.46 
 
 
385 aa  87.8  6e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.519462  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2744  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  25.11 
 
 
630 aa  87.4  7e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00908166  normal 
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4215  hypothetical protein  26.67 
 
 
518 aa  86.7  1e-15  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1693  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  25.97 
 
 
629 aa  86.3  2e-15  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000521447  normal  0.17897 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4502  hypothetical protein  26.29 
 
 
528 aa  86.3  2e-15  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.689738  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4559  hypothetical protein  27.15 
 
 
485 aa  84  8e-15  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.168528 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6849  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  27.39 
 
 
608 aa  82  3e-14  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0610151  normal  0.925039 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2528  AAA ATPase  23.42 
 
 
621 aa  79.3  2e-13  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0714  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.32 
 
 
611 aa  74.7  5e-12  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0731  AAA ATPase  27.52 
 
 
569 aa  70.9  8e-11  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0912969  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8579  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  28.35 
 
 
595 aa  67.4  9e-10  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161073  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3629  Type IV secretory pathway VirB4 protein  23.58 
 
 
866 aa  63.9  9e-09  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1815  putative type IV secretory pathway VirB4 protein  21.88 
 
 
747 aa  62.8  2e-08  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0914  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  20.74 
 
 
1043 aa  61.6  4e-08  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6728  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  28.05 
 
 
657 aa  58.2  6e-07  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.726364  normal  0.776114 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3127  hypothetical protein  23.91 
 
 
610 aa  56.6  2e-06  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1395  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  24.55 
 
 
616 aa  53.1  2e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0290868  normal 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0025  hypothetical protein  32.23 
 
 
699 aa  50.8  9e-05  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0132  hypothetical protein  32.23 
 
 
699 aa  50.8  9e-05  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000387943 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0226  hypothetical protein  32.23 
 
 
699 aa  50.8  9e-05  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0371  F-pilin subunit assembly into extended F pili  21.05 
 
 
809 aa  50.8  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221651  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0931  hypothetical protein  21.67 
 
 
616 aa  50.1  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0316  sex pilus assembly protein  20.88 
 
 
815 aa  48.9  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0301  hypothetical protein  28.23 
 
 
818 aa  48.9  0.0003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0733022  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0253  sex pilus assembly protein  21.18 
 
 
815 aa  47.8  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2162  ATPase  22.35 
 
 
847 aa  47  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.532567  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4224  membrane-flanked domain protein  41.18 
 
 
479 aa  47.4  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00512848  normal  0.19877 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5240  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like  23.93 
 
 
779 aa  47  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1481  conjugative transposon protein TraG  22.01 
 
 
841 aa  46.2  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.612602 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1287  Tn5252, Orf26  19.52 
 
 
776 aa  44.7  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2211  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  22.66 
 
 
618 aa  44.3  0.008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.165062 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>