104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0023 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0023  CRISPR-associated Cas1 family protein  100 
 
 
330 aa  667  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.408897  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17300  CRISPR-associated protein, Cas1 family  62.73 
 
 
342 aa  429  1e-119  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2578  CRISPR-associated Cas1 family protein  49.84 
 
 
322 aa  280  3e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0729404 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3049  CRISPR-associated protein Cas1  49.83 
 
 
318 aa  277  2e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  8.91408e-05  hitchhiker  0.000905677 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0765  CRISPR-associated endonuclease Cas1, ECOLI subtype  45.64 
 
 
313 aa  270  2e-71  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0747275 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1530  CRISPR-associated protein Cas1  43.79 
 
 
327 aa  255  9e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00231307  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0983  CRISPR-associated protein Cas1  46.73 
 
 
314 aa  251  1e-65  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3904  CRISPR-associated protein Cas1  42.77 
 
 
323 aa  243  3e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.242948  normal  0.0868629 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0645  CRISPR-associated Cas1 family protein  41.67 
 
 
315 aa  242  7e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.354682  normal  0.348803 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1236  CRISPR-associated protein Cas1  41.31 
 
 
337 aa  238  9e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00257289  normal  0.15537 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1286  CRISPR-associated protein Cas1  45.82 
 
 
327 aa  237  2e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2636  CRISPR-associated Cas1 family protein  42.3 
 
 
316 aa  237  3e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.34834  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2685  CRISPR-associated protein Cas1  40.73 
 
 
315 aa  236  4e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000995939  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3013  CRISPR-associated protein Cas1  40.98 
 
 
320 aa  233  3e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00425226  decreased coverage  0.00852288 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4088  CRISPR-associated protein Cas1  38.28 
 
 
303 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0463414  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2444  CRISPR-associated protein Cas1  38.16 
 
 
303 aa  228  1e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.68429 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1901  CRISPR-associated protein Cas1  44.81 
 
 
324 aa  223  4e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0946  CRISPR-associated protein Cas1  44.44 
 
 
324 aa  213  3e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.291315  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0169  CRISPR-associated Cas1 family protein  43.12 
 
 
313 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1392  CRISPR-associated Cas1 family protein  43.28 
 
 
306 aa  204  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2989  CRISPR-associated Cas1 family protein  43.17 
 
 
309 aa  202  5e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.786147  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0835  CRISPR-associated Cas1 family protein  42.86 
 
 
307 aa  202  5e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.855521  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0964  CRISPR-associated Cas1 family protein  43.56 
 
 
306 aa  202  7e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2474  CRISPR-associated protein Cas1  42.75 
 
 
307 aa  201  1e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2337  CRISPR-associated Cas1 family protein  42.75 
 
 
307 aa  200  2e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00747033  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1602  CRISPR-associated protein Cas1  40.82 
 
 
303 aa  197  2e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.19087  normal  0.843574 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1413  CRISPR-associated protein Cas1  39.33 
 
 
291 aa  197  2e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0233391  normal  0.0713718 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3755  CRISPR-associated Cas1 family protein  42.05 
 
 
304 aa  197  2e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.44675 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2164  CRISPR-associated protein Cas1  39.33 
 
 
291 aa  197  3e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0192086  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17190  CRISPR-associated protein, Cas1 family  38.98 
 
 
328 aa  195  7e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.866435  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2894  CRISPR-associated Cas1 family protein  41.88 
 
 
305 aa  196  7e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0933  CRISPR-associated protein Cas1  42.24 
 
 
305 aa  196  7e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0957  CRISPR-associated Cas1 family protein  41.88 
 
 
305 aa  195  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0599  CRISPR-associated Cas1 family protein  40.91 
 
 
303 aa  194  2e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  7.73136e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2830  CRISPR-associated Cas1 family protein  40.29 
 
 
306 aa  194  2e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0232  CRISPR-associated Cas1 family protein  43.07 
 
 
306 aa  191  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3092  crispr-associated protein Cas1  41.58 
 
 
305 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79761  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3148  CRISPR-associated protein Cas1  40.94 
 
 
305 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3541  CRISPR-associated Cas1 family protein  39.25 
 
 
307 aa  189  7e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.608984  normal  0.0531608 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3585  CRISPR-associated protein Cas1  40.3 
 
 
307 aa  188  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2883  CRISPR-associated Cas1 family protein  40.53 
 
 
307 aa  188  1e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.921772  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1977  CRISPR-associated Cas1 family protein  40.52 
 
 
320 aa  187  2e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.147845  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0403  CRISPR-associated protein Cas1  39.64 
 
 
305 aa  186  4e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0402524  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1592  CRISPR-associated Cas1 family protein  38.4 
 
 
305 aa  186  5e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.328898 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3057  CRISPR-associated Cas1 family protein  39.77 
 
 
306 aa  186  5e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.82457  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2676  CRISPR-associated protein Cas1  36.8 
 
 
291 aa  185  9e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5409  CRISPR-associated protein Cas1  42.59 
 
 
314 aa  185  1e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.031752  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4008  CRISPR-associated protein Cas1  40.15 
 
 
307 aa  185  1e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3132  CRISPR-associated protein Cas1  39.77 
 
 
306 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0906  CRISPR-associated protein Cas1  37.55 
 
 
291 aa  183  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.16838  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3249  crispr-associated protein Cas1  38.78 
 
 
306 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.222064  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00872  CRISPR-associated protein Cas1  38.87 
 
 
306 aa  181  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3066  CRISPR-associated protein Cas1  38.78 
 
 
306 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1375  CRISPR-associated Cas1 family protein  39.03 
 
 
299 aa  181  2e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00127759  normal  0.582034 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0928  CRISPR-associated protein Cas1  38.87 
 
 
303 aa  179  8e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1587  CRISPR-associated Cas1 family protein  37.11 
 
 
332 aa  178  1e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0375026  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1808  CRISPR-associated Cas1 family protein  39.08 
 
 
320 aa  174  2e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3320  CRISPR-associated Cas1 family protein  39.08 
 
 
320 aa  174  2e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.118981  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0858  CRISPR-associated Cas1 family protein  42.22 
 
 
255 aa  171  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.41465  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0422  CRISPR-associated protein Cas1  40.43 
 
 
319 aa  157  3e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0368078  normal  0.0376622 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4348  CRISPR-associated Cas1 family protein  30.65 
 
 
277 aa  152  9e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0949  CRISPR-associated Cas1 family protein  37.34 
 
 
298 aa  134  2e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0628062  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0930  CRISPR-associated Cas1 family protein  36.14 
 
 
296 aa  125  7e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.264886  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3220  cas1: CRISPR-associated protein Cas1  40.59 
 
 
291 aa  121  1e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0347  CRISPR-associated Cas1 family protein  41.15 
 
 
293 aa  120  4e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0784  CRISPR-associated protein Cas1  36.29 
 
 
294 aa  119  8e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00721188  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0784  CRISPR-associated protein Cas1  35.89 
 
 
294 aa  119  9e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2234  CRISPR-associated protein Cas1  40.2 
 
 
297 aa  118  1e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0486  CRISPR-associated protein Cas1  33.33 
 
 
297 aa  117  2e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0583925  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2751  hypothetical protein  26.55 
 
 
295 aa  76.3  7e-13  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00117385  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2719  hypothetical protein  45.45 
 
 
130 aa  64.3  2e-09  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3377  CRISPR-associated Cas1 family protein  22.96 
 
 
325 aa  62  1e-08  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000538903 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0052  hypothetical protein  23.76 
 
 
322 aa  60.1  5e-08  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.553204  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2837  hypothetical protein  22.96 
 
 
322 aa  60.1  6e-08  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1942  hypothetical cytosolic protein  23.12 
 
 
322 aa  60.1  6e-08  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1819  CRISPR-associated Cas1 family protein  22.33 
 
 
325 aa  59.3  9e-08  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3241  CRISPR-associated Cas1 family protein  23.84 
 
 
325 aa  59.3  9e-08  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33350  hypothetical protein  24.76 
 
 
324 aa  58.5  1e-07  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.142175 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0734  CRISPR-associated protein Cas1  24.84 
 
 
333 aa  55.5  1e-06  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0696  CRISPR-associated protein Cas1  24.18 
 
 
333 aa  53.9  4e-06  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.101778  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1387  CRISPR-associated Cas1 family protein  20.08 
 
 
329 aa  53.1  7e-06  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0310  CRISPR-associated protein Cas1  19.71 
 
 
333 aa  50.8  3e-05  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.753182  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1401  CRISPR-associated Cas1 family protein  22.73 
 
 
325 aa  49.7  7e-05  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612871  normal  0.155418 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3659  CRISPR-associated protein Cas1  22.88 
 
 
326 aa  48.9  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.208917  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1209  CRISPR-associated Cas1 family protein  23.96 
 
 
337 aa  47.8  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1633  CRISPR-associated protein Cas1  24.45 
 
 
346 aa  47.8  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.599733 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1535  CRISPR-associated protein Cas1  23.76 
 
 
326 aa  47.4  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1644  CRISPR-associated Cas1 family protein  23.76 
 
 
326 aa  47.4  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0746674  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0151  CRISPR-associated protein Cas1  26.92 
 
 
336 aa  47.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.855005 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2447  CRISPR-associated protein Cas1  26.09 
 
 
325 aa  47  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.43322  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1728  hypothetical protein  23.76 
 
 
326 aa  47  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00792911  hitchhiker  0.000413169 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0489  CRISPR-associated Cas1 family protein  23.38 
 
 
334 aa  45.8  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.121384 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2462  CRISPR-associated protein Cas1  20.7 
 
 
325 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.634765 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0606  CRISPR-associated Cas1 family protein  20.87 
 
 
338 aa  45.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.506127  normal  0.66678 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1460  CRISPR-associated Cas1 family protein  23.79 
 
 
329 aa  45.1  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2386  CRISPR-associated Cas1 family protein  22.43 
 
 
333 aa  44.3  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1188  CRISPR-associated protein Cas1  27.91 
 
 
333 aa  43.9  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0480  hypothetical protein  21.34 
 
 
342 aa  43.9  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.843474  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2676  CRISPR-associated Cas1 family protein  25.41 
 
 
332 aa  43.9  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15210  CRISPR-associated protein Cas1  21.4 
 
 
325 aa  43.5  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>