More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0014 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0014  peptide deformylase  100 
 
 
230 aa  464  1e-130  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1726  peptide deformylase  61.11 
 
 
221 aa  264  8e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5021  peptide deformylase  61 
 
 
225 aa  251  5e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106509  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1964  peptide deformylase  58.2 
 
 
219 aa  224  1e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  4.18525e-08  hitchhiker  5.52794e-07 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5192  peptide deformylase  62.01 
 
 
213 aa  220  2e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0341702  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0358  peptide deformylase  55.45 
 
 
227 aa  205  4e-52  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3885  peptide deformylase  56.21 
 
 
173 aa  179  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0724077  normal  0.763087 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34550  peptide deformylase  57.14 
 
 
183 aa  178  6e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4914  peptide deformylase  51.18 
 
 
190 aa  175  6e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5601  Peptide deformylase  53.45 
 
 
182 aa  173  2e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.131759  normal  0.546444 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0402  peptide deformylase  52.1 
 
 
200 aa  160  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0978833  normal  0.0252019 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0427  peptide deformylase  51.5 
 
 
195 aa  157  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.62292  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0562  peptide deformylase  52.49 
 
 
185 aa  156  3e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2602  peptide deformylase  47.7 
 
 
199 aa  152  3e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.280121  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0583  peptide deformylase  53.57 
 
 
178 aa  152  4e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2508  peptide deformylase  51.2 
 
 
168 aa  148  7e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0280865  normal  0.0311982 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26070  peptide deformylase  48 
 
 
192 aa  146  2e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2357  peptide deformylase  49.4 
 
 
167 aa  145  4e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.408741  normal  0.109738 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0732  peptide deformylase  48 
 
 
197 aa  139  3e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.635565  normal  0.587652 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1279  peptide deformylase  47.31 
 
 
180 aa  137  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00526616  normal  0.0870351 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0175  peptide deformylase  48.57 
 
 
197 aa  137  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.94792 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1718  peptide deformylase  43.39 
 
 
183 aa  135  6e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0107997  hitchhiker  0.00219347 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1868  peptide deformylase  44.24 
 
 
186 aa  135  8e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.647129  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1664  peptide deformylase  45.76 
 
 
204 aa  134  1e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.23293e-14 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1861  peptide deformylase  43.11 
 
 
186 aa  133  2e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.239464  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7321  Peptide deformylase  46.11 
 
 
162 aa  133  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5225  peptide deformylase  41.34 
 
 
181 aa  131  7e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.240861  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0660  peptide deformylase  48.5 
 
 
200 aa  131  1e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10434  peptide deformylase  45.71 
 
 
197 aa  130  2e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0367345  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2574  peptide deformylase  41.34 
 
 
183 aa  129  4e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.48366  normal  0.0804397 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1592  peptide deformylase  45.24 
 
 
161 aa  128  6e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0439056  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3731  peptide deformylase  43.43 
 
 
198 aa  128  7e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.535737  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0402  N-formylmethionyl-tRNA deformylase  45.83 
 
 
162 aa  127  1e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00108273  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1799  peptide deformylase  44.05 
 
 
162 aa  126  3e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.341074  hitchhiker  0.00908048 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2436  peptide deformylase  43.53 
 
 
190 aa  125  4e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.108704  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0569  peptide deformylase  46.02 
 
 
197 aa  125  8e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0559  peptide deformylase  46.02 
 
 
197 aa  125  8e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.489462 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0581  peptide deformylase  46.02 
 
 
197 aa  125  8e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28634  hitchhiker  0.00744017 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2158  peptide deformylase  43.45 
 
 
162 aa  124  9e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2143  peptide deformylase  42.86 
 
 
164 aa  124  1e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3001  peptide deformylase  39.66 
 
 
181 aa  123  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00230291  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0295  peptide deformylase  41.82 
 
 
184 aa  123  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.819909 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3098  peptide deformylase  40.61 
 
 
188 aa  123  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0811  peptide deformylase  42.42 
 
 
162 aa  123  3e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0854  peptide deformylase  43.86 
 
 
215 aa  123  3e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  7.49472e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1468  peptide deformylase  45.62 
 
 
164 aa  122  4e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0116921  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14050  peptide deformylase  43.11 
 
 
162 aa  122  4e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.455853  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2186  peptide deformylase  44.44 
 
 
190 aa  122  4e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.19506e-06 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09550  peptide deformylase  41.57 
 
 
213 aa  122  7e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.255264  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2532  peptide deformylase  43.48 
 
 
162 aa  121  1e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1670  peptide deformylase  43.18 
 
 
197 aa  120  2e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.140138  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1520  peptide deformylase  41.82 
 
 
162 aa  119  5e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.420459  normal  0.0828575 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2441  peptide deformylase  41.92 
 
 
181 aa  119  5e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0409247  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2433  peptide deformylase  41.62 
 
 
185 aa  117  2e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2824  Peptide deformylase  41.92 
 
 
182 aa  115  4e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.397492  normal  0.11831 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  40.48 
 
 
168 aa  115  4e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  1.33405e-06 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0830  peptide deformylase  38.51 
 
 
187 aa  115  5e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.139175  normal  0.098116 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10790  peptide deformylase  47.71 
 
 
191 aa  115  7e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00525841  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  41.07 
 
 
168 aa  115  7e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  4.47721e-15 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  39.76 
 
 
167 aa  114  9e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  41.07 
 
 
168 aa  114  9e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  41.07 
 
 
168 aa  114  9e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  4.0176e-07 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1367  peptide deformylase  41.92 
 
 
182 aa  114  9e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.561221  normal  0.0670098 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0356  peptide deformylase  40.76 
 
 
169 aa  114  1e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.25208  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3146  peptide deformylase  38.79 
 
 
171 aa  112  4e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.107781  normal  0.346577 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  40.49 
 
 
177 aa  112  4e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2568  peptide deformylase  40 
 
 
180 aa  112  5e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.126543  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1952  peptide deformylase  42.48 
 
 
157 aa  112  5e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2985  peptide deformylase  42.51 
 
 
181 aa  112  5e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0031  peptide deformylase  37.82 
 
 
199 aa  111  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0035  peptide deformylase  42.57 
 
 
168 aa  111  1e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.96537e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0027  peptide deformylase  42.57 
 
 
168 aa  111  1e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0851581 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09360  peptide deformylase  43.6 
 
 
188 aa  111  1e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0029  peptide deformylase  42.57 
 
 
168 aa  111  1e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.948652  hitchhiker  0.00406786 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0032  peptide deformylase  41.45 
 
 
168 aa  111  1e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27860  peptide deformylase  38.86 
 
 
166 aa  111  1e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0522307 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2518  hypothetical protein  40.12 
 
 
170 aa  110  2e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2533  peptide deformylase  39.07 
 
 
188 aa  110  2e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0031  peptide deformylase  42.57 
 
 
170 aa  110  2e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.64435e-06 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2648  hypothetical protein  40.12 
 
 
170 aa  110  2e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0027  peptide deformylase  42.57 
 
 
170 aa  110  2e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0032  peptide deformylase  42.57 
 
 
170 aa  110  2e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0031  peptide deformylase  42.57 
 
 
170 aa  110  2e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000922598 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4051  peptide deformylase  39.18 
 
 
170 aa  109  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.586324  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0760  peptide deformylase  37.79 
 
 
167 aa  110  3e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0435683  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3396  peptide deformylase  39.18 
 
 
170 aa  109  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.64649  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2486  peptide deformylase  42.29 
 
 
178 aa  109  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.176168  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2660  peptide deformylase  40.2 
 
 
230 aa  109  3e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.729564  normal  0.0430884 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0768  peptide deformylase  38.04 
 
 
185 aa  109  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0336972  normal  0.920717 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2519  peptide deformylase  41.18 
 
 
158 aa  109  4e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000745148  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1340  peptide deformylase  40.27 
 
 
192 aa  109  4e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.457747  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0043  peptide deformylase  42 
 
 
167 aa  109  4e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.598782  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_666  peptide deformylase  38.37 
 
 
167 aa  109  4e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0240694  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0201  peptide deformylase  36.02 
 
 
175 aa  108  5e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0184  peptide deformylase  36.02 
 
 
175 aa  108  5e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.55747  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2867  peptide deformylase  42.96 
 
 
170 aa  108  6e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3671  peptide deformylase  37.06 
 
 
169 aa  108  6e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.703673  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0316  peptide deformylase  37.65 
 
 
170 aa  108  7e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0439  peptide deformylase  38.22 
 
 
170 aa  108  7e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.401937  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3882  peptide deformylase  37.65 
 
 
170 aa  108  7e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000140056  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>