More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0006 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_1453  DNA gyrase, B subunit  52.14 
 
 
658 aa  649  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0006  DNA gyrase, B subunit  54.67 
 
 
648 aa  687  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  4.66462e-07  hitchhiker  9.32752e-07 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0006  DNA gyrase, B subunit  63.27 
 
 
686 aa  775  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00629788 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0005  DNA gyrase, B subunit  57.08 
 
 
637 aa  674  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0005  DNA gyrase, B subunit  56.45 
 
 
640 aa  669  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10005  DNA gyrase subunit B  64.93 
 
 
714 aa  904  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0047  DNA gyrase, B subunit  52.71 
 
 
645 aa  653  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.109606 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0006  DNA gyrase, B subunit  54.83 
 
 
635 aa  657  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.98095 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0005  DNA gyrase, B subunit  56.45 
 
 
640 aa  669  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0005  DNA gyrase subunit B  54.81 
 
 
640 aa  676  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0006  DNA gyrase, B subunit  52.83 
 
 
647 aa  682  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00050  DNA gyrase subunit B  55.37 
 
 
648 aa  679  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000300089  hitchhiker  0.00265407 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00060  DNA gyrase subunit B  58.56 
 
 
701 aa  750  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00050  DNA gyrase subunit B  54.17 
 
 
645 aa  692  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0377504  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0005  DNA gyrase, B subunit  54.88 
 
 
633 aa  679  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00100  DNA gyrase subunit B  62.11 
 
 
711 aa  759  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4195  DNA gyrase, B subunit  51.44 
 
 
653 aa  650  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00698411 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0005  DNA gyrase, B subunit  62.59 
 
 
686 aa  857  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.217672  normal  0.192252 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2729  DNA gyrase, B subunit  55.01 
 
 
641 aa  685  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.739794  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0094  DNA gyrase, B subunit  52.68 
 
 
636 aa  676  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  3.63706e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0007  DNA gyrase, B subunit  69.53 
 
 
670 aa  888  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0004  DNA gyrase, B subunit  60.44 
 
 
794 aa  645  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0412  DNA gyrase subunit B  53.46 
 
 
651 aa  664  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.000264952  decreased coverage  0.0001901 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0005  DNA gyrase, B subunit  66.52 
 
 
685 aa  882  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0006  DNA gyrase subunit B  65.97 
 
 
675 aa  865  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.313096 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2717  DNA gyrase, B subunit  55.68 
 
 
649 aa  729  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0014  DNA gyrase subunit B  66.42 
 
 
675 aa  870  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.14054 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0006  DNA gyrase, B subunit  72.1 
 
 
649 aa  921  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0006  DNA gyrase subunit B  61.83 
 
 
711 aa  748  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.685499  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0036  DNA gyrase subunit B  50.86 
 
 
643 aa  653  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2376  DNA gyrase subunit B  55.83 
 
 
641 aa  693  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1407  DNA gyrase, B subunit  54.42 
 
 
656 aa  688  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.68269  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0004  DNA gyrase subunit B  53.26 
 
 
642 aa  665  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2254  DNA gyrase, B subunit  50.69 
 
 
646 aa  651  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0005  DNA gyrase subunit B  56.92 
 
 
640 aa  691  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0006  DNA gyrase subunit B  91.26 
 
 
652 aa  1120  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0008  DNA gyrase, B subunit  70.42 
 
 
719 aa  878  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.107754  hitchhiker  0.00597045 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0822  DNA gyrase subunit B  66.27 
 
 
675 aa  871  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.795596  normal  0.437658 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0006  DNA gyrase, B subunit  56.25 
 
 
638 aa  684  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.014329  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0006  DNA gyrase subunit B  66.42 
 
 
675 aa  870  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0596209 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0005  DNA gyrase subunit B  70.54 
 
 
666 aa  882  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0005  DNA gyrase, B subunit  57.14 
 
 
644 aa  734  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00336478  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11740  DNA gyrase, B subunit  52.41 
 
 
637 aa  685  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00171708  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0995  DNA gyrase, B subunit  55.42 
 
 
645 aa  670  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0004  DNA gyrase, B subunit  60.07 
 
 
796 aa  640  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0006  DNA gyrase, B subunit  53.8 
 
 
650 aa  714  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  2.73734e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0006  DNA gyrase subunit B  63.79 
 
 
685 aa  792  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0005  DNA gyrase subunit B  56.99 
 
 
640 aa  694  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00215329  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00050  DNA gyrase subunit B  61.93 
 
 
720 aa  813  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0016  DNA gyrase, B subunit  51.47 
 
 
649 aa  654  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00028541  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00060  DNA gyrase, B subunit  58.01 
 
 
642 aa  704  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0006  DNA gyrase, B subunit  55.12 
 
 
642 aa  685  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.965796  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0005  DNA gyrase subunit B  54.66 
 
 
640 aa  678  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5315  DNA gyrase subunit B  55.43 
 
 
640 aa  684  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.021698  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3685  DNA gyrase, B subunit  52.94 
 
 
636 aa  664  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.50658  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0005  DNA gyrase subunit B  55.12 
 
 
640 aa  680  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.204678  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1048  DNA gyrase, B subunit  50.52 
 
 
665 aa  654  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.903378  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1547  DNA gyrase, B subunit  54.7 
 
 
635 aa  690  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00189026  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0005  DNA gyrase subunit B  54.66 
 
 
640 aa  678  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00230725  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0006  DNA gyrase subunit B  63.28 
 
 
695 aa  830  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  6.1906e-14 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0015  DNA gyrase, B subunit  53.42 
 
 
644 aa  688  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  unclonable  1.55334e-06 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0015  DNA gyrase, B subunit  52.78 
 
 
644 aa  686  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000401037  normal  0.862842 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1109  hypothetical protein  51.71 
 
 
651 aa  652  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.432981 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0005  DNA gyrase, B subunit  55.5 
 
 
635 aa  682  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0009  DNA gyrase subunit B  58.01 
 
 
633 aa  730  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  6.95632e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0005  DNA gyrase subunit B  54.66 
 
 
640 aa  674  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0006  DNA gyrase subunit B  66.97 
 
 
661 aa  865  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.925878  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0403  DNA gyrase, B subunit  50.31 
 
 
659 aa  643  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0005  DNA gyrase, B subunit  54.77 
 
 
642 aa  649  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0132  DNA gyrase, B subunit  54.64 
 
 
637 aa  689  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.312038  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0007  DNA gyrase, B subunit  70.72 
 
 
648 aa  881  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  6.47413e-07 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0005  DNA gyrase, B subunit  56.19 
 
 
647 aa  668  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0006  DNA gyrase, B subunit  69.09 
 
 
657 aa  904  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0640432  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1432  DNA gyrase subunit B  58.41 
 
 
696 aa  761  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0004  DNA gyrase, B subunit  59.14 
 
 
802 aa  642  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0015  DNA gyrase, B subunit  52.01 
 
 
643 aa  660  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00473367  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0007  DNA gyrase subunit B  54.99 
 
 
640 aa  734  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.630363  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0004  DNA gyrase, B subunit  60.15 
 
 
796 aa  643  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.783567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4986  DNA gyrase, B subunit  52.21 
 
 
651 aa  668  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639656  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0862  DNA gyrase, B subunit  54.42 
 
 
652 aa  682  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00557988 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0094  DNA gyrase, B subunit  52.53 
 
 
636 aa  671  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000129942  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00060  DNA gyrase subunit B  72.06 
 
 
654 aa  924  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0159442  normal  0.243862 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1393  DNA gyrase, B subunit  57.48 
 
 
628 aa  750  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0006  DNA gyrase subunit B  73.66 
 
 
647 aa  931  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.195447  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0006  DNA gyrase subunit B  56.07 
 
 
638 aa  679  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0306  DNA gyrase, B subunit  53.21 
 
 
643 aa  676  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.337431  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0006  DNA gyrase subunit B  55.92 
 
 
638 aa  678  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0005  DNA gyrase subunit B  54.66 
 
 
640 aa  678  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0041  DNA gyrase, B subunit  50.62 
 
 
634 aa  651  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0005  DNA gyrase subunit B  54.66 
 
 
640 aa  678  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0007  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  73.66 
 
 
647 aa  933  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_4  DNA gyrase, B subunit  53.26 
 
 
642 aa  660  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0006  DNA gyrase, B subunit  72.24 
 
 
645 aa  897  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0161215 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0006  DNA gyrase, B subunit  62.79 
 
 
681 aa  826  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0005  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  53.27 
 
 
633 aa  707  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1413  DNA gyrase subunit B  51.55 
 
 
652 aa  660  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.805897  normal  0.136461 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl006  DNA gyrase subunit B  51.4 
 
 
635 aa  648  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0010  DNA gyrase, B subunit  68.69 
 
 
680 aa  880  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0009  DNA gyrase, B subunit  65.25 
 
 
688 aa  840  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2271  DNA gyrase, B subunit  54.35 
 
 
644 aa  687  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>