148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_R0038 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.495611  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0009  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0955  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0134122  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0031  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0048271  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0036  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.269516  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0011  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0031  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.745897  normal  0.775503 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0065  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0025488  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0021  tRNA-Gly  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000904393  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_R0045  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.249789 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0001  tRNA-Arg  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000193558  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0021  tRNA-Gly  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000020571  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0023  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.731836  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06510  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000338303  normal  0.349036 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0039  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0477837  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0030  tRNA-Lys  87.69 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.480252  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0016  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000514764  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4297  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.801361  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0040  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0016  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.448611  normal  0.584402 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0004  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0054  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13110  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0488167  normal  0.646736 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33730  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0040  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.913474  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0047  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.500835  normal  0.0267795 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0055  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0012  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0006  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0483173  normal  0.730879 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0007  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0847038  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0028    84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.197769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0028  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00528012  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0032  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.163942  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0057  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00400024  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0042  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.15622 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna45  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0071  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.641081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0055  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00911957  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4575  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0011  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0037  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000022611  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1397  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06840  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA46  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.198158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_R0001  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0023  tRNA-Leu  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000369375 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>