182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1290 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 190 aa  388  1e-107  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1157  2'-5' RNA ligase  58.51 
 
 		 189 aa  251  3e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  52.91 
 
 		 187 aa  221  4.9999999999999996e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  53.48 
 
 		 187 aa  220  8e-57  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0080  2'-5' RNA ligase  37.77 
 
 		 202 aa  158  4e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.91428  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  34.46 
 
 		 184 aa  99.8  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  33.15 
 
 		 184 aa  94.4  9e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  29.44 
 
 		 193 aa  92  5e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  30.05 
 
 		 194 aa  90.5  1e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 		 179 aa  90.5  1e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  30.11 
 
 		 184 aa  88.2  7e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  28.72 
 
 		 195 aa  88.2  7e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  29.03 
 
 		 186 aa  85.9  3e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  28.98 
 
 		 186 aa  84.7  6e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  28.27 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  27.78 
 
 		 184 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  28.04 
 
 		 180 aa  83.2  0.000000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  30.27 
 
 		 187 aa  82.8  0.000000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  27.13 
 
 		 192 aa  82  0.000000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  34.07 
 
 		 194 aa  82  0.000000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  30.86 
 
 		 181 aa  81.6  0.000000000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  28.11 
 
 		 193 aa  80.5  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  31.94 
 
 		 183 aa  79.7  0.00000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  28.65 
 
 		 189 aa  79.7  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  29.05 
 
 		 189 aa  78.6  0.00000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  30.51 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 186 aa  76.3  0.0000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  26.2 
 
 		 193 aa  75.5  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1580  2'-5' RNA ligase  29.67 
 
 		 181 aa  74.7  0.0000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  28.65 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1707  2'-5' RNA ligase  27.68 
 
 		 183 aa  73.2  0.000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.553995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  26.67 
 
 		 179 aa  72.4  0.000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0184  2',5' RNA ligase  29.76 
 
 		 185 aa  72.4  0.000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 171 aa  72.4  0.000000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  26.11 
 
 		 193 aa  72  0.000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  27.62 
 
 		 199 aa  72  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  29.12 
 
 		 195 aa  71.2  0.000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  30.43 
 
 		 177 aa  70.5  0.00000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  28.36 
 
 		 185 aa  70.1  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  28.25 
 
 		 183 aa  69.7  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1741  2'-5' RNA ligase  27.42 
 
 		 187 aa  69.7  0.00000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000285675 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  30.49 
 
 		 181 aa  69.7  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  30.61 
 
 		 183 aa  69.7  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  29.17 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  25.27 
 
 		 184 aa  67.8  0.00000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  30.88 
 
 		 183 aa  67.4  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  31.03 
 
 		 180 aa  67  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  25.4 
 
 		 200 aa  67.4  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  24.86 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  29.51 
 
 		 176 aa  67.4  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  26.97 
 
 		 194 aa  67.8  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  26.86 
 
 		 179 aa  66.6  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  26.2 
 
 		 186 aa  66.6  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  25 
 
 		 190 aa  65.5  0.0000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 		 174 aa  65.5  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  26.92 
 
 		 174 aa  63.9  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  23.98 
 
 		 201 aa  64.3  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  25.71 
 
 		 196 aa  63.2  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  26.98 
 
 		 184 aa  63.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  25.65 
 
 		 183 aa  63.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  32.57 
 
 		 180 aa  63.5  0.000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  27.27 
 
 		 194 aa  62.8  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  26.98 
 
 		 184 aa  62.8  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  25.3 
 
 		 179 aa  62.4  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  23.81 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  27.72 
 
 		 174 aa  62.4  0.000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  24.02 
 
 		 189 aa  61.6  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  27.81 
 
 		 188 aa  61.2  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0857  2'-5' RNA ligase  26.03 
 
 		 172 aa  61.2  0.000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.358243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  28.82 
 
 		 179 aa  61.2  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  24.18 
 
 		 182 aa  61.2  0.000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1659  2'-5' RNA ligase  23.37 
 
 		 192 aa  60.5  0.00000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000321406  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  31.54 
 
 		 178 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  28.26 
 
 		 188 aa  60.8  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  25.39 
 
 		 190 aa  61.2  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  30.32 
 
 		 171 aa  60.8  0.00000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  26.78 
 
 		 174 aa  60.8  0.00000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  24.86 
 
 		 189 aa  59.7  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  29.63 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  23.56 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  27.74 
 
 		 179 aa  59.3  0.00000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  30.37 
 
 		 173 aa  58.5  0.00000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  27.78 
 
 		 178 aa  58.5  0.00000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  24.16 
 
 		 179 aa  58.2  0.00000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  26.67 
 
 		 178 aa  58.2  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  26.4 
 
 		 189 aa  58.2  0.00000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0273  2'-5' RNA ligase  24.46 
 
 		 188 aa  57.4  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  26.97 
 
 		 182 aa  57.8  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  28.06 
 
 		 179 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  24.86 
 
 		 178 aa  57  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1238  2'-5' RNA ligase  26.67 
 
 		 186 aa  56.2  0.0000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2137  2',5' RNA ligase  24.21 
 
 		 220 aa  57  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  24.18 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  28.48 
 
 		 170 aa  55.8  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  24.2 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  24.2 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  23.46 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  23.38 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1166  2'-5' RNA ligase  24.86 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0869  2'-5' RNA ligase  24.86 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>