249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1165 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009718  Fnod_1165  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
456 aa  929    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1368  radical SAM domain-containing protein  60.22 
 
 
449 aa  553  1e-156  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0043  radical SAM domain-containing protein  56.95 
 
 
447 aa  509  1e-143  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0628937  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0043  radical SAM domain-containing protein  56.73 
 
 
447 aa  507  9.999999999999999e-143  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.970198  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1771  radical SAM domain-containing protein  46.05 
 
 
448 aa  351  1e-95  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2999  radical SAM domain-containing protein  33.7 
 
 
451 aa  251  3e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2471  radical SAM domain-containing protein  32.6 
 
 
479 aa  237  3e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2247  Radical SAM domain protein  30.63 
 
 
465 aa  199  7.999999999999999e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.53118 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  23.8 
 
 
520 aa  95.1  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  23.56 
 
 
618 aa  90.5  6e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  21.79 
 
 
524 aa  87.4  5e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  27.1 
 
 
502 aa  85.9  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  25.51 
 
 
507 aa  82  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  27.54 
 
 
521 aa  80.5  0.00000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.32 
 
 
567 aa  79  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.32 
 
 
565 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.8 
 
 
580 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  26.15 
 
 
555 aa  77.8  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.8 
 
 
569 aa  76.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  23.31 
 
 
451 aa  70.9  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  22.57 
 
 
485 aa  70.5  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  27.36 
 
 
520 aa  70.1  0.00000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1897  radical SAM domain-containing protein  25.54 
 
 
483 aa  69.7  0.00000000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.487619  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  22.25 
 
 
468 aa  69.3  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1436  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 
476 aa  69.3  0.0000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.37868  decreased coverage  0.00181566 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.52 
 
 
558 aa  69.7  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  27.69 
 
 
489 aa  68.9  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  23.55 
 
 
484 aa  67.8  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  22.16 
 
 
459 aa  67  0.0000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1633  radical SAM domain-containing protein  25.34 
 
 
490 aa  67.4  0.0000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00478472  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  27.92 
 
 
471 aa  67  0.0000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  25.76 
 
 
547 aa  67  0.0000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  26.01 
 
 
576 aa  66.6  0.0000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3842  radical SAM domain-containing protein  25.66 
 
 
547 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.18892  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  26.11 
 
 
612 aa  65.1  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  23.46 
 
 
472 aa  65.5  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.11 
 
 
612 aa  65.1  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  21.43 
 
 
472 aa  65.1  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.11 
 
 
600 aa  64.3  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  25.56 
 
 
576 aa  63.9  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  25.56 
 
 
583 aa  64.3  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  22.04 
 
 
631 aa  63.5  0.000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  23.94 
 
 
516 aa  62.8  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  21.54 
 
 
520 aa  62  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  21.2 
 
 
473 aa  62  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  25.47 
 
 
529 aa  62.4  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  23.88 
 
 
501 aa  62  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3339  radical SAM domain-containing protein  27.09 
 
 
555 aa  61.6  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.31 
 
 
535 aa  61.6  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4494  Radical SAM domain protein  25.28 
 
 
547 aa  61.6  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265076  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  24.45 
 
 
487 aa  61.6  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  24.51 
 
 
490 aa  61.6  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1195  radical SAM domain-containing protein  26.75 
 
 
478 aa  61.6  0.00000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  20.16 
 
 
472 aa  60.5  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4381  Radical SAM domain protein  24.91 
 
 
547 aa  60.5  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.401964 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  26.41 
 
 
494 aa  60.5  0.00000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  26.52 
 
 
494 aa  60.5  0.00000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26 
 
 
534 aa  60.1  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4012  radical SAM domain-containing protein  24.91 
 
 
547 aa  60.5  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.809186  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0364  radical SAM domain-containing protein  25.66 
 
 
543 aa  60.1  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.19 
 
 
546 aa  60.1  0.00000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  24.89 
 
 
494 aa  60.1  0.00000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  24.04 
 
 
488 aa  60.1  0.00000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2167  radical SAM domain-containing protein  23.23 
 
 
499 aa  59.3  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.298857  normal  0.0279779 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.83 
 
 
547 aa  59.7  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  25.71 
 
 
488 aa  59.3  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.83 
 
 
546 aa  59.7  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  25.78 
 
 
494 aa  59.7  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  24.42 
 
 
548 aa  58.5  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.46 
 
 
546 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.83 
 
 
546 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  20.99 
 
 
471 aa  58.2  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.37 
 
 
548 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  24.22 
 
 
577 aa  57.8  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  25.12 
 
 
461 aa  57.8  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1163  Radical SAM domain protein  23.16 
 
 
444 aa  57.8  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  23.81 
 
 
487 aa  57.4  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  21.15 
 
 
509 aa  57.4  0.0000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  20.71 
 
 
475 aa  57  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  21.53 
 
 
470 aa  57  0.0000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  22.87 
 
 
502 aa  56.6  0.0000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  20.2 
 
 
475 aa  56.2  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1061  cobalamin B12-binding  25.55 
 
 
529 aa  55.8  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000412719  decreased coverage  0.00000367319 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0304  radical SAM domain-containing protein  27.23 
 
 
483 aa  56.2  0.000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2340  Elongator protein 3/MiaB/NifB  21.88 
 
 
524 aa  56.2  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  21.72 
 
 
489 aa  56.6  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  21.9 
 
 
490 aa  56.2  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.02 
 
 
546 aa  55.8  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  22 
 
 
424 aa  55.5  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  21.66 
 
 
546 aa  55.5  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  20.43 
 
 
518 aa  55.5  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  22.73 
 
 
441 aa  55.8  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  22.01 
 
 
600 aa  54.3  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  23.08 
 
 
441 aa  54.3  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  22.26 
 
 
502 aa  53.9  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4269  Radical SAM domain protein  24.28 
 
 
527 aa  53.9  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  22.25 
 
 
468 aa  53.9  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  23.22 
 
 
450 aa  53.9  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  21.65 
 
 
474 aa  53.9  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  20.29 
 
 
476 aa  53.5  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>