More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1111 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  100 
 
 
209 aa  430  1e-120  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  4.99385e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0980  30S ribosomal protein S4  78.47 
 
 
209 aa  345  2e-94  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.40186  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  66.51 
 
 
209 aa  314  7e-85  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  3.60982e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  66.51 
 
 
209 aa  314  7e-85  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  60.29 
 
 
206 aa  259  2e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  1.3906e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  58.85 
 
 
208 aa  252  2e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  58.37 
 
 
206 aa  251  8e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  4.69854e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.13 
 
 
211 aa  242  3e-63  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 
208 aa  240  1e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  55.02 
 
 
208 aa  236  3e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.07934e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  56.46 
 
 
208 aa  234  5e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  52.15 
 
 
208 aa  231  4e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2686  30S ribosomal protein S4  56.94 
 
 
206 aa  231  5e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2371  30S ribosomal protein S4  56.46 
 
 
206 aa  231  7e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.210121  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 
208 aa  229  2e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0727  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 
209 aa  229  3e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 
208 aa  229  3e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 
208 aa  229  3e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 
208 aa  228  4e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 
208 aa  228  4e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1254  SSU ribosomal protein S4P  55.24 
 
 
209 aa  228  5e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119667  normal  0.172003 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 
208 aa  227  1e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1156  ribosomal protein S4  50.72 
 
 
208 aa  226  2e-58  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000923588  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 
208 aa  226  2e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  9.46412e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  52.63 
 
 
208 aa  226  2e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0685  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 
208 aa  225  4e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 
208 aa  224  5e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 
208 aa  224  9e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0222  SSU ribosomal protein S4P  52.86 
 
 
209 aa  223  1e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0242  30S ribosomal protein S4  55.98 
 
 
208 aa  223  2e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  53.11 
 
 
208 aa  223  2e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  2.45759e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 
208 aa  223  2e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  6.3481e-06 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 
208 aa  222  3e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  50.48 
 
 
209 aa  221  7e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4480  ribosomal protein S4  54.55 
 
 
208 aa  220  1e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  51.67 
 
 
208 aa  219  2e-56  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  8.15748e-09  decreased coverage  5.63481e-09 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  50.72 
 
 
208 aa  219  3e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  52.63 
 
 
208 aa  219  3e-56  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 
208 aa  218  5e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 
208 aa  218  5e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 
208 aa  218  5e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2232  30S ribosomal protein S4  51.2 
 
 
208 aa  218  7e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0017217  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 
208 aa  217  8e-56  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0523  ribosomal protein S4  52.38 
 
 
208 aa  216  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645379  unclonable  1.98285e-11 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0353  ribosomal protein S4  52.38 
 
 
208 aa  216  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152733  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 
208 aa  216  2e-55  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 
208 aa  216  3e-55  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  6.8654e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 
208 aa  215  4e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0429  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 
209 aa  215  4e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.857828  normal  0.0845292 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 
208 aa  214  5e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 
208 aa  214  6e-55  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0592  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 
208 aa  214  6e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1117  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 
208 aa  214  7e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.614224  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3896  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 
208 aa  214  9e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0094  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 
208 aa  212  3e-54  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0810213  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4287  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 
208 aa  212  3e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000360056 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2750  ribosomal protein S4  47.37 
 
 
208 aa  211  6e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0449  30S ribosomal protein S4  52.38 
 
 
208 aa  211  7e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0010581  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1497  ribosomal protein S4  54.07 
 
 
208 aa  210  2e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1581  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 
208 aa  209  3e-53  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1947  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 
208 aa  209  3e-53  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.134861  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1766  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 
208 aa  208  4e-53  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.534162  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  48.82 
 
 
208 aa  208  5e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  4.06188e-08  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3313  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 
209 aa  207  6e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0252  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.15 
 
 
208 aa  207  8e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  3.65501e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4291  ribosomal protein S4  51.67 
 
 
209 aa  206  2e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  48.57 
 
 
209 aa  206  3e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0963  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 
208 aa  204  8e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.877521  normal  0.697465 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  48.8 
 
 
208 aa  204  8e-52  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0609  30S ribosomal protein S4  50.95 
 
 
209 aa  204  1e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.19344  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0732  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.89 
 
 
208 aa  203  1e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00130119  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1216  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 
208 aa  204  1e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0261994 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0318  ribosomal protein S4  51.18 
 
 
206 aa  201  9e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.665336  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0743  ribosomal protein S4  50.94 
 
 
206 aa  199  2e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.068041  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6023  30S ribosomal protein S4  50 
 
 
209 aa  199  2e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.181485 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3782  30S ribosomal protein S4  50 
 
 
206 aa  199  2e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.034256  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3611  30S ribosomal protein S4  50 
 
 
206 aa  199  2e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00202112  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  50 
 
 
206 aa  199  2e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  5.16884e-11 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 
206 aa  199  2e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  6.24869e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3719  30S ribosomal protein S4  50 
 
 
206 aa  199  2e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0332489  normal  0.162839 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 
206 aa  200  2e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 
206 aa  200  2e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  7.109e-07  unclonable  2.36085e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 
206 aa  200  2e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3684  30S ribosomal protein S4  50 
 
 
206 aa  199  2e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00775419  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0418  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 
206 aa  199  2e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3612  30S ribosomal protein S4  50 
 
 
206 aa  199  2e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0916894  normal  0.743877 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0394  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 
206 aa  199  3e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  49.05 
 
 
203 aa  199  3e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  2.24183e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0344  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 
209 aa  198  5e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.423009  unclonable  4.64518e-08 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03098  hypothetical protein  49.52 
 
 
206 aa  198  5e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3490  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 
206 aa  198  5e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000164824  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3779  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 
206 aa  198  5e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0105305  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0417  ribosomal protein S4  49.52 
 
 
206 aa  198  5e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.74636e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 
206 aa  198  5e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  4.35795e-06  unclonable  1.01717e-05 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4618  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 
206 aa  198  5e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000445858  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0417  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 
206 aa  198  5e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.045567  hitchhiker  3.19693e-07 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3682  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 
206 aa  198  5e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624205  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03147  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 
206 aa  198  5e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3591  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 
206 aa  198  5e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0175638  normal  0.0749349 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2145  ribosomal protein S4  50 
 
 
206 aa  197  7e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.592371 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>