More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1031 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 308 aa  620  1e-177  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  54.13 
 
 		 309 aa  333  2e-90  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  54.79 
 
 		 309 aa  332  5e-90  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  53.62 
 
 		 304 aa  305  8.000000000000001e-82  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1692  tRNA pseudouridine synthase B  49.67 
 
 		 305 aa  286  2e-76  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  38.85 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  41.61 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  36.57 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  44.12 
 
 		 294 aa  192  6e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  39.64 
 
 		 295 aa  192  7e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  44.12 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  39.29 
 
 		 295 aa  189  4e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  36.81 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  43.29 
 
 		 298 aa  187  3e-46  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  39.37 
 
 		 283 aa  185  8e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  41.35 
 
 		 307 aa  185  8e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  40.16 
 
 		 314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  39.51 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  44.23 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  38.38 
 
 		 305 aa  183  2.0000000000000003e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  39.85 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  41.32 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 		 318 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 314 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 314 aa  182  7e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 314 aa  182  7e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 314 aa  182  7e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 314 aa  182  7e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 314 aa  182  7e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  41.53 
 
 		 314 aa  182  7e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  37.01 
 
 		 292 aa  182  9.000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  41.92 
 
 		 318 aa  181  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  35.42 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  40 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  41.71 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  37.01 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  35.07 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  35.07 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  35.07 
 
 		 321 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  35.07 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  35.07 
 
 		 321 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  35.07 
 
 		 311 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  33.22 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  37.37 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  35.07 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  43.27 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  42.21 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  34.38 
 
 		 294 aa  176  5e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 314 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  39.41 
 
 		 314 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  36.43 
 
 		 300 aa  175  7e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  38.1 
 
 		 371 aa  174  9.999999999999999e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  38.98 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  38.06 
 
 		 308 aa  175  9.999999999999999e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  39.41 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  34.83 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  38.36 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3165  tRNA pseudouridine synthase B  38 
 
 		 309 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.498601  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1807  tRNA pseudouridine synthase B  45.02 
 
 		 340 aa  173  2.9999999999999996e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098308  normal  0.268652 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  36.27 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  41.43 
 
 		 244 aa  172  5e-42  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  35.34 
 
 		 311 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  36.86 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1054  tRNA pseudouridine synthase B  47.12 
 
 		 290 aa  170  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156302  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  38.6 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  35.34 
 
 		 318 aa  170  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  36.04 
 
 		 311 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  38.17 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  41.43 
 
 		 299 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  38.17 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 241 aa  169  6e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  35.86 
 
 		 307 aa  169  7e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  38.6 
 
 		 304 aa  169  8e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  41.35 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  39.5 
 
 		 303 aa  167  1e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  41.98 
 
 		 283 aa  167  2e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  35.52 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  39.91 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  37.2 
 
 		 305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  34.98 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  35.54 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  34.95 
 
 		 309 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  37.02 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  34.52 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 314 aa  166  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  39.19 
 
 		 327 aa  166  5e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  34.52 
 
 		 310 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  44.08 
 
 		 291 aa  165  6.9999999999999995e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  38.68 
 
 		 319 aa  165  8e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 299 aa  165  8e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  38.79 
 
 		 348 aa  165  9e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>