263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_0543 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009718  Fnod_0543  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  100 
 
 
526 aa  1066  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  1.16233e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0544  amine oxidase  47.34 
 
 
525 aa  492  1e-138  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00189501  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4081  amine oxidase  20.71 
 
 
571 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.39239 
 
 
-
 
NC_002936  DET0811  phytoene dehydrogenase  22.63 
 
 
523 aa  90.1  1e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0324739  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_715  FAD dependent oxidoreductase  23.44 
 
 
500 aa  85.5  2e-15  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  22.49 
 
 
494 aa  83.2  1e-14  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0731  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  23.33 
 
 
500 aa  83.2  1e-14  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.444322  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0939  amine oxidase  24.68 
 
 
496 aa  81.3  4e-14  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  21.81 
 
 
502 aa  78.2  4e-13  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  21.81 
 
 
502 aa  78.2  4e-13  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  21.06 
 
 
531 aa  77.8  5e-13  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2032  FAD dependent oxidoreductase  22.49 
 
 
520 aa  77  8e-13  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.756687 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3726  phytoene dehydrogenase and related proteins-like  21.21 
 
 
586 aa  77  9e-13  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2330  carotene isomerase  19.29 
 
 
508 aa  76.6  9e-13  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  24.03 
 
 
493 aa  72.8  1e-11  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03711  phytoene dehydrogenase  22.36 
 
 
509 aa  72.4  2e-11  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1763  FAD dependent oxidoreductase  22.99 
 
 
498 aa  70.5  8e-11  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2512  FAD dependent oxidoreductase  22.1 
 
 
497 aa  69.7  1e-10  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.224928  normal  0.507466 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3650  FAD dependent oxidoreductase  21.39 
 
 
547 aa  69.7  1e-10  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2065  FAD dependent oxidoreductase  22.12 
 
 
484 aa  69.7  1e-10  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  21.45 
 
 
519 aa  68.6  3e-10  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2408  FAD dependent oxidoreductase  22.32 
 
 
563 aa  67.8  4e-10  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.410244  normal  0.0736984 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  20.83 
 
 
492 aa  66.2  1e-09  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3602  FAD dependent oxidoreductase  21.74 
 
 
497 aa  66.2  1e-09  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2816  FAD dependent oxidoreductase  25.97 
 
 
530 aa  65.5  2e-09  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03701  phytoene dehydrogenase  22.38 
 
 
509 aa  65.1  3e-09  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0640229  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3112  FAD dependent oxidoreductase  20.15 
 
 
506 aa  63.2  1e-08  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.270711  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3632  FAD dependent oxidoreductase  23.2 
 
 
506 aa  62.4  2e-08  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13830  phytoene desaturase  25.09 
 
 
552 aa  62.8  2e-08  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000359632  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0345  phytoene dehydrogenase  20.94 
 
 
509 aa  62.4  2e-08  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1174  All-trans-retinol 13,14-reductase  20.34 
 
 
522 aa  61.6  3e-08  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1736  FAD dependent oxidoreductase  20.62 
 
 
556 aa  62  3e-08  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00685325  normal  0.215441 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  21.07 
 
 
509 aa  61.2  4e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  21.96 
 
 
536 aa  61.2  4e-08  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0735  FAD dependent oxidoreductase  21.68 
 
 
563 aa  60.5  7e-08  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  19.44 
 
 
493 aa  59.7  1e-07  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  5.76965e-06 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6289  FAD dependent oxidoreductase  23.21 
 
 
510 aa  59.7  1e-07  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00968377  normal  0.473682 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  21.03 
 
 
497 aa  59.7  1e-07  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5970  FAD dependent oxidoreductase  20.97 
 
 
534 aa  60.1  1e-07  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1246  carotene isomerase  20.04 
 
 
504 aa  59.3  2e-07  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  1.76287e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1077  all-trans-retinol 13,14-reductase  22.51 
 
 
505 aa  59.3  2e-07  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0760  FAD dependent oxidoreductase  20.8 
 
 
503 aa  58.9  2e-07  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.522072 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  21.65 
 
 
499 aa  58.2  3e-07  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  21.98 
 
 
488 aa  58.5  3e-07  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3278  FAD dependent oxidoreductase  20.33 
 
 
502 aa  58.2  4e-07  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.312837 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0319  amine oxidase  21.9 
 
 
489 aa  57.8  5e-07  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.354274 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26410  UDP-galactopyranose mutase  23.03 
 
 
507 aa  57.8  5e-07  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0318  FAD dependent oxidoreductase  21.95 
 
 
547 aa  57.8  5e-07  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1606  phytoene desaturase  24.42 
 
 
511 aa  57.4  6e-07  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000200105  unclonable  6.43078e-23 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5057  FAD dependent oxidoreductase  22.05 
 
 
564 aa  57.4  7e-07  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  22.69 
 
 
499 aa  57.4  7e-07  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1336  carotene isomerase  22.46 
 
 
512 aa  56.2  1e-06  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0735245  hitchhiker  0.00100943 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  21.63 
 
 
537 aa  56.6  1e-06  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1995  All-trans-retinol 13,14-reductase  22.19 
 
 
499 aa  56.2  1e-06  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1888  carotenoid isomerase, putative  25.17 
 
 
505 aa  56.6  1e-06  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0845  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  20.18 
 
 
740 aa  56.6  1e-06  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0436  All-trans-retinol 13,14-reductase  21.1 
 
 
511 aa  56.6  1e-06  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.601478 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  21.78 
 
 
509 aa  55.5  2e-06  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0636  putative carotenoid isomerase  23.86 
 
 
520 aa  55.8  2e-06  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0425  All-trans-retinol 13,14-reductase  21.1 
 
 
511 aa  55.8  2e-06  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1308  carotene isomerase  22.46 
 
 
512 aa  56.2  2e-06  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  20.22 
 
 
501 aa  55.5  3e-06  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  19.78 
 
 
504 aa  55.1  3e-06  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  21.52 
 
 
512 aa  54.3  5e-06  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1063  FAD dependent oxidoreductase  19.59 
 
 
545 aa  54.3  5e-06  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164132  normal  0.870572 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  27.56 
 
 
490 aa  54.3  5e-06  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2105  FAD dependent oxidoreductase  20.49 
 
 
554 aa  54.3  5e-06  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1137  UDP-galactopyranose mutase  35.87 
 
 
505 aa  54.3  6e-06  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2192  FAD dependent oxidoreductase  20.52 
 
 
532 aa  53.9  6e-06  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.285502 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3374  C-3',4' desaturase CrtD  37.66 
 
 
499 aa  54.3  6e-06  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2254  carotene isomerase  19.07 
 
 
506 aa  54.3  6e-06  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000347702 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2737  C-3',4' desaturase CrtD  37.66 
 
 
499 aa  53.9  6e-06  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  9.28862e-06  unclonable  4.08673e-09 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  23.83 
 
 
492 aa  54.3  6e-06  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14681  putative carotenoid isomerase  20.91 
 
 
520 aa  54.3  6e-06  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.314761  normal  0.880307 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20111  phytoene dehydrogenase and related proteins  35.87 
 
 
505 aa  54.3  6e-06  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.428487  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  21.14 
 
 
500 aa  53.5  8e-06  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0893  amine oxidase  23.73 
 
 
431 aa  53.9  8e-06  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  3.73233e-05 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0057  phytoene dehydrogenase-related protein  21.46 
 
 
488 aa  53.5  8e-06  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  20.88 
 
 
512 aa  53.1  1e-05  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0346  amine oxidase  21.4 
 
 
494 aa  52.8  1e-05  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05841  putative carotenoid isomerase  20.73 
 
 
516 aa  53.1  1e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515676  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  20.36 
 
 
506 aa  53.5  1e-05  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0484  phytoene desaturase  23.18 
 
 
493 aa  53.1  1e-05  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2151  amine oxidase  20.53 
 
 
508 aa  53.1  1e-05  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  20.74 
 
 
492 aa  52.8  2e-05  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0416  FAD dependent oxidoreductase  22.26 
 
 
561 aa  52.8  2e-05  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.839972 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  21.46 
 
 
511 aa  52.8  2e-05  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1896  FAD dependent oxidoreductase  42.59 
 
 
73 aa  52.4  2e-05  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1581  FAD dependent oxidoreductase  22.73 
 
 
565 aa  52.4  2e-05  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.135472  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1658  UDP-galactopyranose mutase  46.15 
 
 
501 aa  52  3e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  20.52 
 
 
552 aa  52  3e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16851  phytoene dehydrogenase and related protein  45.28 
 
 
503 aa  52  3e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0874  amine oxidase  27.41 
 
 
503 aa  51.6  3e-05  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5557  glutamate synthase subunit beta  59.09 
 
 
491 aa  51.2  5e-05  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.536283  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03731  hypothetical protein  24 
 
 
938 aa  51.2  5e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.968761 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1027  C-3',4' desaturase CrtD  33.33 
 
 
504 aa  50.8  6e-05  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  24.52 
 
 
506 aa  50.8  6e-05  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04430  phytoene desaturase  23.35 
 
 
548 aa  50.4  7e-05  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0418  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  53.49 
 
 
653 aa  49.7  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17731  phytoene dehydrogenase  42.31 
 
 
501 aa  49.7  0.0001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>