More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_0257 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  100 
 
 
296 aa  600  1e-170  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  1.85774e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  56.16 
 
 
293 aa  352  4e-96  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  52.88 
 
 
297 aa  309  3e-83  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  51.68 
 
 
299 aa  307  1e-82  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0038  periplasmic binding protein  44.03 
 
 
292 aa  240  3e-62  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  3.9007e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  33.81 
 
 
315 aa  147  2e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  33.45 
 
 
315 aa  145  8e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  30.33 
 
 
309 aa  138  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  33.09 
 
 
351 aa  137  2e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  31.21 
 
 
354 aa  137  3e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  31.18 
 
 
307 aa  135  8e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  32.74 
 
 
318 aa  134  2e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  31.8 
 
 
318 aa  132  8e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  28.52 
 
 
363 aa  130  2e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  31.2 
 
 
318 aa  127  2e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  1.28267e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  30.6 
 
 
322 aa  124  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  27.24 
 
 
335 aa  122  7e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  31.71 
 
 
318 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  30.77 
 
 
483 aa  118  9e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  28.11 
 
 
322 aa  116  5e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  3.6127e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  30.4 
 
 
328 aa  114  1e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  27.97 
 
 
300 aa  113  4e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  25.72 
 
 
331 aa  112  9e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  29.24 
 
 
303 aa  110  2e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  28.78 
 
 
321 aa  108  9e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  25.99 
 
 
287 aa  107  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  32.06 
 
 
379 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  25 
 
 
296 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  28.98 
 
 
341 aa  105  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  27.95 
 
 
339 aa  103  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  23.26 
 
 
338 aa  103  4e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  3.78985e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  27.46 
 
 
300 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  28.35 
 
 
311 aa  101  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  23.61 
 
 
338 aa  101  2e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  23.61 
 
 
338 aa  101  2e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  22.92 
 
 
337 aa  100  2e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  2.16594e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  25.4 
 
 
312 aa  100  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  25.81 
 
 
293 aa  100  4e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.93 
 
 
313 aa  99.4  7e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  26.71 
 
 
311 aa  98.6  1e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
295 aa  98.2  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  26.09 
 
 
291 aa  98.6  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
295 aa  98.2  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  25 
 
 
318 aa  98.2  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  26.94 
 
 
300 aa  97.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2808  periplasmic binding protein  28.8 
 
 
265 aa  97.4  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  32.89 
 
 
478 aa  97.8  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  6.73824e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  25.68 
 
 
303 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  27.87 
 
 
295 aa  97.1  3e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  28.16 
 
 
339 aa  96.7  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  28.21 
 
 
300 aa  95.9  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  27.41 
 
 
304 aa  95.5  9e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  24.72 
 
 
318 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  27.21 
 
 
310 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  27.61 
 
 
309 aa  94  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.21 
 
 
310 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.21 
 
 
310 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.21 
 
 
310 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.21 
 
 
310 aa  93.6  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  27.21 
 
 
332 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  25.9 
 
 
299 aa  92.8  6e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1218  periplasmic binding protein  27.57 
 
 
358 aa  92.8  7e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0017043  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.21 
 
 
310 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  25.84 
 
 
304 aa  91.7  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  28.11 
 
 
334 aa  91.3  2e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  27.65 
 
 
300 aa  90.9  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1388  iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  26.67 
 
 
291 aa  91.3  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.783574  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0342  periplasmic binding protein  29.91 
 
 
267 aa  90.9  3e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.102535  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  28.31 
 
 
331 aa  90.5  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2656  periplasmic binding protein  26.69 
 
 
269 aa  90.5  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  26.84 
 
 
303 aa  90.9  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.44 
 
 
287 aa  90.5  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  27.21 
 
 
276 aa  90.1  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  25.68 
 
 
305 aa  89.4  6e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  25.09 
 
 
304 aa  89  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0286  periplasmic binding protein  26.45 
 
 
338 aa  89  9e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.234357  normal  0.193996 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  26.16 
 
 
289 aa  89  9e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  24.64 
 
 
300 aa  88.6  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0114  periplasmic binding protein  27.2 
 
 
271 aa  88.6  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1477  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
345 aa  88.2  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.47905  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  26.71 
 
 
363 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  28.79 
 
 
299 aa  88.2  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  25.76 
 
 
305 aa  87.8  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.64 
 
 
304 aa  87.4  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  26.13 
 
 
291 aa  87.8  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  28.25 
 
 
333 aa  87.4  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1830  periplasmic binding protein  24.82 
 
 
360 aa  87  3e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  25.64 
 
 
274 aa  87.4  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  24.01 
 
 
382 aa  86.7  4e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3099  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.28 
 
 
276 aa  87  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  25.56 
 
 
296 aa  87  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1713  periplasmic binding protein  26.97 
 
 
289 aa  86.7  5e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.917384  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  26.48 
 
 
380 aa  86.3  6e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  29 
 
 
293 aa  86.3  6e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2146  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  25.81 
 
 
297 aa  86.3  6e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.543136  normal  0.254057 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  25.47 
 
 
318 aa  86.3  6e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  25.7 
 
 
406 aa  85.9  7e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0231  periplasmic binding protein  27.67 
 
 
723 aa  85.9  7e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.999715  normal  0.640564 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0227  periplasmic binding protein  28.03 
 
 
682 aa  85.9  7e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0299459  normal  0.536447 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  24.82 
 
 
274 aa  85.9  8e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>