248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_0121 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_0121  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 88 aa  177  2.9999999999999997e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000257179  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0395  RNA chaperone Hfq  70.93 
 
 		 90 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000648221  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0411  RNA chaperone Hfq  68.24 
 
 		 90 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.879276  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1760  RNA chaperone Hfq  69.41 
 
 		 86 aa  127  5.0000000000000004e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000103863  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1381  RNA chaperone Hfq  57.69 
 
 		 80 aa  102  2e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.497044  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  51.16 
 
 		 86 aa  98.6  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  54.02 
 
 		 84 aa  97.1  8e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  54.32 
 
 		 82 aa  95.9  2e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  51.81 
 
 		 83 aa  93.2  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  50.6 
 
 		 83 aa  90.5  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1614  RNA chaperone Hfq  50.6 
 
 		 86 aa  89.7  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000077462  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  44.05 
 
 		 84 aa  89.4  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  47.06 
 
 		 85 aa  89  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0774  RNA chaperone Hfq  51.85 
 
 		 82 aa  87.4  6e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000911615  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  57.58 
 
 		 80 aa  86.7  9e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 80 aa  86.3  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1251  RNA chaperone Hfq  56.34 
 
 		 87 aa  85.9  2e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2131  RNA chaperone Hfq  59.09 
 
 		 80 aa  85.9  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.187321  normal  0.0262415 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1497  RNA chaperone Hfq  52.7 
 
 		 92 aa  85.1  3e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00847366  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11580  RNA chaperone Hfq  53.33 
 
 		 76 aa  85.1  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  47.44 
 
 		 79 aa  84.3  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  49.35 
 
 		 77 aa  84.3  6e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  48.05 
 
 		 77 aa  83.2  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  48.05 
 
 		 78 aa  82  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  48.05 
 
 		 78 aa  82  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  48.05 
 
 		 78 aa  82  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  46.75 
 
 		 109 aa  82.8  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  46.75 
 
 		 77 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  46.75 
 
 		 77 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  46.75 
 
 		 80 aa  82.4  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  54.17 
 
 		 80 aa  82.4  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  54.17 
 
 		 80 aa  82.4  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  46.75 
 
 		 77 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  46.75 
 
 		 80 aa  82.4  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2390  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 74 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000174663  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  45.68 
 
 		 82 aa  82  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  46.75 
 
 		 92 aa  81.6  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  46.75 
 
 		 80 aa  82  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3740  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 74 aa  80.9  0.000000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000182671  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3722  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 74 aa  80.9  0.000000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.2599e-36 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3559  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 74 aa  80.9  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3458  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 74 aa  80.9  0.000000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000205772  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3472  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 74 aa  80.9  0.000000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100846  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1490  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 74 aa  80.9  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000177401  normal  0.0133073 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3842  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 74 aa  80.9  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000757377  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  46.15 
 
 		 82 aa  80.9  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3763  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 74 aa  80.9  0.000000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632531  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3812  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 74 aa  80.9  0.000000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000446161  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3478  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 74 aa  80.9  0.000000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000029119  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  45.78 
 
 		 84 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  45.78 
 
 		 84 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  45.78 
 
 		 84 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2103  RNA-binding protein Hfq  55.88 
 
 		 75 aa  80.1  0.000000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  46.99 
 
 		 84 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  46.99 
 
 		 84 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0535  RNA chaperone Hfq  45.57 
 
 		 83 aa  79.7  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1599  RNA chaperone Hfq  46.59 
 
 		 85 aa  79.7  0.00000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000150457  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  47.44 
 
 		 83 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3124  RNA chaperone Hfq  44.44 
 
 		 82 aa  78.6  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344226 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1223  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 74 aa  77.4  0.00000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000846944  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  45.83 
 
 		 84 aa  77.4  0.00000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  50.68 
 
 		 98 aa  77  0.00000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  46.34 
 
 		 83 aa  77  0.00000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  43.37 
 
 		 106 aa  76.6  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  45 
 
 		 82 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3205  host factor Hfq  45.57 
 
 		 89 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148283  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0277  RNA-binding protein Hfq  42.31 
 
 		 85 aa  75.9  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0264829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1884  RNA chaperone Hfq  46.84 
 
 		 88 aa  75.1  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1559  RNA chaperone Hfq  46.84 
 
 		 88 aa  75.1  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.192347  unclonable  0.0000000000337191 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  54.84 
 
 		 193 aa  75.5  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1533  RNA-binding protein Hfq  48.1 
 
 		 80 aa  74.7  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0326548 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  45 
 
 		 82 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  45.57 
 
 		 82 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  45.57 
 
 		 82 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002259  RNA-binding protein Hfq  43.18 
 
 		 87 aa  74.7  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.912109  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  45.57 
 
 		 82 aa  74.7  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  41.77 
 
 		 86 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  51.47 
 
 		 160 aa  74.3  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  44.05 
 
 		 82 aa  73.9  0.0000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  41.77 
 
 		 86 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1449  RNA-binding protein Hfq  47.22 
 
 		 82 aa  73.9  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.083877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  47.22 
 
 		 90 aa  73.9  0.0000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  47.22 
 
 		 82 aa  73.9  0.0000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  41.77 
 
 		 86 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  48.48 
 
 		 175 aa  73.6  0.0000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  48.72 
 
 		 90 aa  73.6  0.0000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2777  RNA-binding protein Hfq  41.86 
 
 		 88 aa  72.8  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.909441  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1086  host factor Hfq  46.84 
 
 		 89 aa  72.8  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.374835  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  41.77 
 
 		 86 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0897  RNA chaperone Hfq  47.3 
 
 		 80 aa  72.4  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.301883  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00094  RNA-binding protein Hfq  40.91 
 
 		 87 aa  72.8  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1448  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 90 aa  72.4  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.581854  hitchhiker  0.000378907 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0070  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 92 aa  72  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0058  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 92 aa  72  0.000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0523  RNA-binding protein Hfq  41.77 
 
 		 86 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0178415  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  39.24 
 
 		 86 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3978  RNA chaperone Hfq  44.87 
 
 		 83 aa  71.6  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1471  RNA-binding protein Hfq  41.38 
 
 		 91 aa  72  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0624  RNA-binding protein Hfq  43.42 
 
 		 79 aa  72  0.000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00135703  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  42.31 
 
 		 82 aa  71.6  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>