More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_0099 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_0099  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 245 aa  485  1e-136  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0867  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.9 
 
 		 230 aa  224  9e-58  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  42.36 
 
 		 239 aa  186  2e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  42.36 
 
 		 239 aa  182  3e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 233 aa  170  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  36.84 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 245 aa  166  5e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0744  pseudouridine synthase  40.52 
 
 		 230 aa  164  8e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3219  pseudouridine synthase  40.59 
 
 		 249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  36.97 
 
 		 245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  43.22 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  42.13 
 
 		 243 aa  159  3e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  41.38 
 
 		 233 aa  159  5e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.45 
 
 		 243 aa  158  7e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  40.71 
 
 		 230 aa  158  9e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  40.25 
 
 		 239 aa  156  2e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  40.25 
 
 		 239 aa  156  3e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1696  RNA-binding S4 domain protein  42.37 
 
 		 244 aa  155  6e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  37.72 
 
 		 240 aa  154  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3411  pseudouridine synthase  37.18 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.61 
 
 		 233 aa  153  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 242 aa  152  4e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.23 
 
 		 232 aa  152  7e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.52 
 
 		 232 aa  151  7e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.26 
 
 		 231 aa  151  8e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  35.5 
 
 		 232 aa  151  1e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.22 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2136  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.54 
 
 		 243 aa  150  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0031  pseudouridine synthase, Rsu  39.74 
 
 		 234 aa  150  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000138708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0024  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.74 
 
 		 239 aa  149  5e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0145109  normal  0.0845626 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  35.81 
 
 		 230 aa  149  5e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0860  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 245 aa  148  7e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.29 
 
 		 232 aa  148  8e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  34.6 
 
 		 238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  37.61 
 
 		 234 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  33.91 
 
 		 237 aa  147  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.22 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  37.87 
 
 		 248 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  34.33 
 
 		 231 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  34.33 
 
 		 231 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.33 
 
 		 231 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.33 
 
 		 231 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  34.33 
 
 		 231 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.33 
 
 		 231 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.33 
 
 		 231 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.33 
 
 		 231 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.19 
 
 		 231 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  33.47 
 
 		 239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.65 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.65 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  35.71 
 
 		 240 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.65 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.65 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.65 
 
 		 231 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  37.93 
 
 		 242 aa  143  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2545  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 242 aa  144  2e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  37.18 
 
 		 235 aa  143  3e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  37.07 
 
 		 242 aa  143  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  37.07 
 
 		 242 aa  142  4e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  37.34 
 
 		 242 aa  142  6e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  37.34 
 
 		 242 aa  142  6e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3981  pseudouridine synthase, Rsu  35.34 
 
 		 230 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  33.48 
 
 		 235 aa  142  6e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  39.15 
 
 		 256 aa  142  6e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  36.17 
 
 		 245 aa  142  6e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  37.34 
 
 		 242 aa  142  6e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  37.34 
 
 		 242 aa  141  7e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  37.34 
 
 		 242 aa  142  7e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4032  pseudouridine synthase  34.48 
 
 		 233 aa  141  8e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  36.29 
 
 		 251 aa  141  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0424  pseudouridine synthase  34.48 
 
 		 233 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  37.45 
 
 		 242 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.7 
 
 		 255 aa  140  9.999999999999999e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  36.09 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.82 
 
 		 240 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  33.48 
 
 		 235 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  33.48 
 
 		 235 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  33.48 
 
 		 235 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  35.81 
 
 		 229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.61 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  34.48 
 
 		 233 aa  139  3e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  35.29 
 
 		 274 aa  139  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3909  pseudouridine synthase  33.62 
 
 		 233 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  35.81 
 
 		 230 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.97 
 
 		 233 aa  139  6e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.12 
 
 		 243 aa  139  6e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0036  pseudouridine synthase  37.61 
 
 		 234 aa  138  7.999999999999999e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000127048  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  33.04 
 
 		 227 aa  138  8.999999999999999e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 236 aa  137  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.95 
 
 		 240 aa  138  1e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4790  putative pseudouridylate synthase  34.35 
 
 		 230 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3214  pseudouridine synthase  34.05 
 
 		 239 aa  137  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  36.71 
 
 		 266 aa  137  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35 
 
 		 242 aa  137  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.2 
 
 		 232 aa  137  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1893  pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 238 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  34.35 
 
 		 250 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  34.2 
 
 		 246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>