More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_0032 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_0032  pseudouridine synthase  100 
 
 		 265 aa  523  1e-147  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.604772  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0417  pseudouridine synthase  67.1 
 
 		 243 aa  311  6.999999999999999e-84  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  39.55 
 
 		 251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.99 
 
 		 239 aa  146  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.44 
 
 		 237 aa  142  6e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  36.24 
 
 		 375 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  35.98 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  38.79 
 
 		 264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.91 
 
 		 237 aa  138  7.999999999999999e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.05 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  36.86 
 
 		 680 aa  136  3.0000000000000003e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.47 
 
 		 238 aa  135  5e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  35.47 
 
 		 239 aa  135  5e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.43 
 
 		 255 aa  135  5e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  36.32 
 
 		 236 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  31.36 
 
 		 239 aa  134  9.999999999999999e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  32.87 
 
 		 252 aa  134  9.999999999999999e-31  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  35.14 
 
 		 253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.61 
 
 		 249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  37.19 
 
 		 556 aa  132  6e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  34.53 
 
 		 245 aa  132  6.999999999999999e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  38.74 
 
 		 241 aa  132  6.999999999999999e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  34.89 
 
 		 309 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  34.84 
 
 		 255 aa  131  9e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  35.94 
 
 		 235 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.99 
 
 		 269 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  35.17 
 
 		 242 aa  130  3e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.95 
 
 		 240 aa  129  4.0000000000000003e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  37.44 
 
 		 230 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.23 
 
 		 258 aa  128  7.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.34 
 
 		 328 aa  127  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  31.49 
 
 		 243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  32.45 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.03 
 
 		 240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  36.17 
 
 		 329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  34.67 
 
 		 638 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  34.16 
 
 		 553 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  36.17 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.23 
 
 		 251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  32.81 
 
 		 268 aa  125  5e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.64 
 
 		 245 aa  126  5e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.64 
 
 		 245 aa  126  5e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.76 
 
 		 236 aa  126  5e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1194  RNA-binding S4 domain protein  35.81 
 
 		 381 aa  126  5e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  32.88 
 
 		 274 aa  125  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  32.57 
 
 		 694 aa  125  6e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  33.49 
 
 		 280 aa  125  7e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.74 
 
 		 247 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  37.79 
 
 		 624 aa  125  8.000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  35.65 
 
 		 567 aa  125  8.000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl548  23S rRNA pseudouridine synthase  34.95 
 
 		 251 aa  124  1e-27  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00558647  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.05 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  33.33 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  32.2 
 
 		 242 aa  123  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.2 
 
 		 249 aa  123  2e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  34.07 
 
 		 263 aa  124  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  33.78 
 
 		 426 aa  124  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  34.76 
 
 		 239 aa  123  3e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  34.42 
 
 		 251 aa  123  4e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  32.76 
 
 		 274 aa  122  4e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 243 aa  122  5e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  34.76 
 
 		 239 aa  122  5e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  34.65 
 
 		 562 aa  122  6e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  31.6 
 
 		 271 aa  122  7e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  33.17 
 
 		 238 aa  122  8e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1023  pseudouridine synthase  34.74 
 
 		 233 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0600  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.62 
 
 		 252 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.168278  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 252 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.78 
 
 		 242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  30.04 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 265 aa  120  1.9999999999999998e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.68 
 
 		 236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.78 
 
 		 242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0349  pseudouridine synthase  38.24 
 
 		 220 aa  120  1.9999999999999998e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.710879  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  33.63 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.78 
 
 		 242 aa  120  3e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  31.78 
 
 		 242 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  31.78 
 
 		 242 aa  120  3e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  31.78 
 
 		 242 aa  120  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  32.5 
 
 		 250 aa  120  3e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.78 
 
 		 242 aa  120  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.78 
 
 		 242 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  35.68 
 
 		 236 aa  120  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  32.63 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  34.42 
 
 		 247 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 555 aa  119  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  35.16 
 
 		 243 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  33.49 
 
 		 273 aa  117  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  32.48 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0778  pseudouridine synthase  35.12 
 
 		 234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.132612  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.63 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  32.34 
 
 		 240 aa  116  3e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 239 aa  117  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  35.22 
 
 		 245 aa  117  3e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00765  putative ribosomal large subunit pseudouridine synthase  32.88 
 
 		 259 aa  116  3.9999999999999997e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.385176  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 252 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 252 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  34.43 
 
 		 254 aa  115  6e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  32.72 
 
 		 472 aa  115  7.999999999999999e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>