More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_1965 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
459 aa  956    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.56 
 
 
456 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.67 
 
 
456 aa  426  1e-118  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.76 
 
 
449 aa  355  1e-96  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  36.3 
 
 
457 aa  279  7e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.57 
 
 
453 aa  266  5e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.15 
 
 
442 aa  213  3.9999999999999995e-54  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.57 
 
 
470 aa  195  1e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.18 
 
 
463 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.92 
 
 
453 aa  189  5.999999999999999e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.88 
 
 
565 aa  187  3e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  31.3 
 
 
530 aa  186  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.72 
 
 
180 aa  184  3e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.66 
 
 
462 aa  182  1e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.93 
 
 
481 aa  177  3e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.58 
 
 
466 aa  174  3.9999999999999995e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5151  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.21 
 
 
174 aa  173  5.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.822  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.18 
 
 
502 aa  172  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.48 
 
 
476 aa  169  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.62 
 
 
715 aa  166  8e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.7 
 
 
392 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.18 
 
 
530 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.29 
 
 
378 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.96 
 
 
395 aa  163  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  34.05 
 
 
379 aa  162  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.59 
 
 
383 aa  160  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.47 
 
 
375 aa  159  8e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.03 
 
 
375 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.03 
 
 
375 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.03 
 
 
375 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.79 
 
 
375 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.14 
 
 
398 aa  156  9e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2940  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  33.82 
 
 
381 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000147558  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3040  DNA polymerase/helicase  33.33 
 
 
381 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476773  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3006  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
381 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00547496  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.07 
 
 
482 aa  152  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  31.34 
 
 
566 aa  151  2e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.69 
 
 
595 aa  150  6e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  35.34 
 
 
560 aa  149  7e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  34.01 
 
 
630 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.76 
 
 
595 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  34.28 
 
 
590 aa  147  4.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  33.67 
 
 
630 aa  146  6e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  33.67 
 
 
630 aa  146  6e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  32.09 
 
 
645 aa  146  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  44.72 
 
 
720 aa  146  9e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.31 
 
 
584 aa  145  2e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  32.76 
 
 
617 aa  144  3e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  32.3 
 
 
578 aa  144  4e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.73 
 
 
769 aa  143  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  32.88 
 
 
601 aa  143  7e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  32.29 
 
 
584 aa  139  8.999999999999999e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  30.95 
 
 
570 aa  139  1e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.3 
 
 
610 aa  138  2e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1467  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.56 
 
 
475 aa  134  3e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230111  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  31.96 
 
 
613 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.49 
 
 
631 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.83 
 
 
605 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  32.55 
 
 
574 aa  130  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  31.65 
 
 
601 aa  130  6e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3970  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.35 
 
 
406 aa  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.126437  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  40.72 
 
 
921 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  31.47 
 
 
574 aa  127  5e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  30.88 
 
 
578 aa  126  6e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  30.45 
 
 
616 aa  125  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  38.25 
 
 
934 aa  124  5e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  38.25 
 
 
934 aa  124  5e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  38.25 
 
 
934 aa  124  5e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  40.85 
 
 
954 aa  123  6e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  38.25 
 
 
934 aa  123  7e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  38.25 
 
 
934 aa  123  7e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  38.25 
 
 
934 aa  123  7e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  38.25 
 
 
934 aa  123  8e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.18 
 
 
609 aa  122  9e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  37.7 
 
 
929 aa  123  9e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  37.7 
 
 
934 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  37.7 
 
 
934 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  30.74 
 
 
585 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  39.62 
 
 
1433 aa  118  3e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  30.14 
 
 
584 aa  118  3e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  29.27 
 
 
603 aa  117  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  36.61 
 
 
934 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  38.18 
 
 
1421 aa  117  5e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  36.36 
 
 
797 aa  117  5e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  38.04 
 
 
909 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  35.11 
 
 
1465 aa  115  2.0000000000000002e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  29.12 
 
 
551 aa  114  3e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1099  Rad3-related DNA helicase  36.65 
 
 
489 aa  111  2.0000000000000002e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.829267  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  32.12 
 
 
1447 aa  111  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0524  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  40.62 
 
 
835 aa  109  9.000000000000001e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00517102  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1025  DNA polymerase III, epsilon subunit/ATP-dependent helicase DinG  35.03 
 
 
902 aa  108  2e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  36.2 
 
 
1440 aa  108  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  32.34 
 
 
970 aa  108  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  32.34 
 
 
1433 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  32.34 
 
 
1433 aa  108  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  32.34 
 
 
1433 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  32.34 
 
 
1433 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  32.34 
 
 
1433 aa  108  3e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  32.34 
 
 
1433 aa  107  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  32.34 
 
 
1433 aa  107  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>