More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_1017 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  66.39 
 
 		 735 aa  1000    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  50.78 
 
 		 702 aa  678    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  61.78 
 
 		 742 aa  913    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  53.16 
 
 		 709 aa  757    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1017  ribonuclease R  100 
 
 		 726 aa  1489    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  48.55 
 
 		 795 aa  642    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  45.58 
 
 		 825 aa  648    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  48.7 
 
 		 750 aa  685    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  43.99 
 
 		 718 aa  574  1.0000000000000001e-162  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  44.53 
 
 		 705 aa  558  1e-157  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  42.6 
 
 		 751 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  37.31 
 
 		 762 aa  481  1e-134  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  36.81 
 
 		 792 aa  473  1e-132  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  36.36 
 
 		 808 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  36.59 
 
 		 804 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  36.59 
 
 		 808 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  36.59 
 
 		 810 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  36.36 
 
 		 808 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  36.22 
 
 		 806 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  36.59 
 
 		 812 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  36.59 
 
 		 806 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  36.5 
 
 		 814 aa  472  1.0000000000000001e-131  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  36.31 
 
 		 806 aa  469  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  36.95 
 
 		 758 aa  465  1e-129  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  37.27 
 
 		 788 aa  458  1e-127  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  36.36 
 
 		 706 aa  452  1e-125  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  38 
 
 		 792 aa  446  1.0000000000000001e-124  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  39.55 
 
 		 757 aa  448  1.0000000000000001e-124  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  36.39 
 
 		 903 aa  448  1.0000000000000001e-124  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  35.43 
 
 		 715 aa  444  1e-123  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  38.92 
 
 		 762 aa  440  9.999999999999999e-123  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  37.5 
 
 		 790 aa  441  9.999999999999999e-123  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  36.49 
 
 		 751 aa  440  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  37.5 
 
 		 790 aa  441  9.999999999999999e-123  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  36.64 
 
 		 716 aa  442  9.999999999999999e-123  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  38.15 
 
 		 794 aa  437  1e-121  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  36.62 
 
 		 791 aa  436  1e-121  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  36.49 
 
 		 751 aa  437  1e-121  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  35.66 
 
 		 709 aa  437  1e-121  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  38.17 
 
 		 770 aa  426  1e-118  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  34.55 
 
 		 706 aa  425  1e-117  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  35.38 
 
 		 716 aa  424  1e-117  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  36.9 
 
 		 722 aa  422  1e-116  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  35.7 
 
 		 770 aa  421  1e-116  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  37.15 
 
 		 791 aa  417  9.999999999999999e-116  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  38.88 
 
 		 795 aa  414  1e-114  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  37.76 
 
 		 795 aa  415  1e-114  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  34.99 
 
 		 810 aa  410  1e-113  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  33.29 
 
 		 763 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  35.47 
 
 		 710 aa  404  1e-111  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  35.47 
 
 		 710 aa  404  1e-111  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  32.11 
 
 		 758 aa  402  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  33.97 
 
 		 752 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  33.8 
 
 		 766 aa  399  9.999999999999999e-111  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  34.95 
 
 		 763 aa  397  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  32.6 
 
 		 863 aa  397  1e-109  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  34.22 
 
 		 813 aa  394  1e-108  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  33.33 
 
 		 705 aa  394  1e-108  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  35.23 
 
 		 759 aa  390  1e-107  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  34.31 
 
 		 704 aa  391  1e-107  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  33.85 
 
 		 708 aa  388  1e-106  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  35.06 
 
 		 817 aa  386  1e-106  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  33.01 
 
 		 801 aa  384  1e-105  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  31.73 
 
 		 720 aa  380  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  33.56 
 
 		 737 aa  381  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  33.7 
 
 		 737 aa  380  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  33.93 
 
 		 737 aa  379  1e-104  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  32.87 
 
 		 801 aa  377  1e-103  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  30.69 
 
 		 818 aa  377  1e-103  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2449  ribonuclease R  31.25 
 
 		 808 aa  378  1e-103  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.162395  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  32.02 
 
 		 803 aa  373  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  30.8 
 
 		 1055 aa  374  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  34.56 
 
 		 1182 aa  370  1e-101  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  31.84 
 
 		 726 aa  368  1e-100  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  31.48 
 
 		 726 aa  367  1e-100  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  31.57 
 
 		 805 aa  366  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  33.33 
 
 		 735 aa  365  2e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  31.86 
 
 		 840 aa  365  2e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  34.34 
 
 		 777 aa  364  3e-99  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  30.1 
 
 		 755 aa  363  6e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4951  ribonuclease R  31.63 
 
 		 865 aa  363  9e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408138 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  32.39 
 
 		 876 aa  362  1e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  31.18 
 
 		 819 aa  361  3e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  31.28 
 
 		 871 aa  358  1.9999999999999998e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  32.22 
 
 		 758 aa  357  3.9999999999999996e-97  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  32.19 
 
 		 733 aa  357  5e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1240  ribonuclease R  30.4 
 
 		 764 aa  356  8.999999999999999e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  32.07 
 
 		 810 aa  356  1e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1938  ribonuclease R  31.98 
 
 		 829 aa  355  2e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.751615  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  32.37 
 
 		 857 aa  355  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  32.37 
 
 		 857 aa  355  2e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  31.2 
 
 		 828 aa  355  2e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2568  ribonuclease R  30.4 
 
 		 764 aa  355  2e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0166651 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  31.27 
 
 		 907 aa  354  2e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  30.31 
 
 		 870 aa  354  2.9999999999999997e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  30.18 
 
 		 804 aa  354  2.9999999999999997e-96  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  32.23 
 
 		 857 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2700  ribonuclease R  30.79 
 
 		 796 aa  353  5.9999999999999994e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.749256  normal  0.419976 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2988  ribonuclease R  31.08 
 
 		 771 aa  353  7e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.216479 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  30.99 
 
 		 906 aa  353  7e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>