More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_0214 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 
359 aa  728  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  64.07 
 
 
359 aa  483  1e-135  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  57.94 
 
 
373 aa  447  1e-124  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  50.58 
 
 
367 aa  366  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  2.41058e-09 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  45.63 
 
 
368 aa  329  4e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3886  DNA replication and repair protein RecF  45.13 
 
 
365 aa  324  1e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127784  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  41.78 
 
 
360 aa  294  2e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  40.67 
 
 
370 aa  290  3e-77  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  40.88 
 
 
364 aa  281  1e-74  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  41.18 
 
 
377 aa  280  3e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  33.72 
 
 
370 aa  198  2e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.54 
 
 
360 aa  195  9e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.87 
 
 
363 aa  193  4e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  32.09 
 
 
375 aa  187  4e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  29.08 
 
 
371 aa  184  1e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.62 
 
 
365 aa  184  2e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.16 
 
 
386 aa  181  1e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.29 
 
 
370 aa  181  2e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  28.42 
 
 
370 aa  180  3e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  28.42 
 
 
370 aa  180  3e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  32.76 
 
 
362 aa  180  3e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  31.55 
 
 
375 aa  178  1e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.22 
 
 
372 aa  177  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  31.65 
 
 
375 aa  177  3e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.04808e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  31.65 
 
 
375 aa  177  3e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  31.65 
 
 
375 aa  177  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  31.65 
 
 
375 aa  177  3e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  31.65 
 
 
375 aa  177  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  29.58 
 
 
387 aa  176  4e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  30.71 
 
 
365 aa  176  5e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  31.65 
 
 
375 aa  176  5e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  31.65 
 
 
375 aa  176  5e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  31.65 
 
 
375 aa  176  5e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  31.1 
 
 
369 aa  176  6e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  31.02 
 
 
375 aa  173  4e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  31.37 
 
 
373 aa  172  6e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  32.75 
 
 
366 aa  172  6e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  31.89 
 
 
361 aa  172  1e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  29.75 
 
 
364 aa  172  1e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  31.89 
 
 
361 aa  172  1e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.14 
 
 
364 aa  168  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.71 
 
 
369 aa  167  2e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  30.26 
 
 
364 aa  167  3e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  30.35 
 
 
365 aa  167  3e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0003  RecF protein  30.14 
 
 
364 aa  166  6e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.056932  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  27.51 
 
 
371 aa  166  6e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  31.34 
 
 
374 aa  166  7e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  4.14234e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  30.37 
 
 
359 aa  164  3e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  31.55 
 
 
372 aa  164  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.43 
 
 
363 aa  163  4e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.93 
 
 
382 aa  163  4e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  30.79 
 
 
369 aa  163  5e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  31.34 
 
 
369 aa  162  7e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  30.79 
 
 
371 aa  162  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.56 
 
 
373 aa  162  1e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  29.05 
 
 
374 aa  161  1e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  29.55 
 
 
374 aa  160  3e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  29.57 
 
 
368 aa  160  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  29.2 
 
 
370 aa  158  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.69508e-07  hitchhiker  1.45417e-07 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  28.08 
 
 
371 aa  155  1e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  29.91 
 
 
374 aa  155  1e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  30.29 
 
 
365 aa  154  3e-36  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.7 
 
 
376 aa  152  9e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  30.72 
 
 
359 aa  149  7e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  27.65 
 
 
377 aa  147  3e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  30.53 
 
 
380 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  30.53 
 
 
380 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.52 
 
 
359 aa  146  7e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.61 
 
 
365 aa  145  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.16 
 
 
371 aa  143  4e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0003  recombination protein F  28.08 
 
 
357 aa  142  7e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  7.48335e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.01 
 
 
380 aa  142  8e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.46 
 
 
377 aa  142  1e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  26.98 
 
 
357 aa  141  2e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4121  recombination protein F  26.98 
 
 
357 aa  141  2e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.976477  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  25.89 
 
 
361 aa  141  2e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  26.98 
 
 
357 aa  141  2e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  27.22 
 
 
357 aa  140  2e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  28.25 
 
 
376 aa  141  2e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4170  recombination protein F  26.98 
 
 
357 aa  141  2e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  normal  0.357156 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.37 
 
 
362 aa  141  2e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  1.15018e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  25.89 
 
 
361 aa  140  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  27.22 
 
 
357 aa  140  4e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  27.22 
 
 
357 aa  140  4e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  27.22 
 
 
357 aa  140  4e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  27.22 
 
 
357 aa  140  4e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  27.22 
 
 
357 aa  140  4e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  27.22 
 
 
357 aa  140  4e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  27.22 
 
 
357 aa  140  4e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.37842e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.22 
 
 
357 aa  140  4e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.84 
 
 
360 aa  140  5e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0940  DNA replication and repair protein RecF  31.23 
 
 
355 aa  140  5e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  25.89 
 
 
361 aa  139  5e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  27.87 
 
 
357 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  25.89 
 
 
361 aa  139  9e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  25.89 
 
 
361 aa  139  9e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  27.46 
 
 
360 aa  139  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  5.23089e-05 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  27.73 
 
 
390 aa  138  1e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  28.45 
 
 
360 aa  137  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  24.36 
 
 
377 aa  138  2e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>