More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_0156 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 
266 aa  541  1e-153  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  59.77 
 
 
261 aa  344  1e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  55.77 
 
 
269 aa  319  3e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  54.23 
 
 
261 aa  313  9.999999999999999e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  56.7 
 
 
271 aa  291  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  44.88 
 
 
268 aa  235  5.0000000000000005e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  46.06 
 
 
271 aa  231  9e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  43.14 
 
 
270 aa  222  4e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  42.69 
 
 
265 aa  216  4e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 
269 aa  202  6e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  41.94 
 
 
269 aa  183  3e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 
268 aa  176  5e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.24 
 
 
270 aa  168  1e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 
267 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  35.12 
 
 
271 aa  160  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  34.75 
 
 
272 aa  159  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  35.43 
 
 
270 aa  159  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 
270 aa  157  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  35.5 
 
 
272 aa  156  3e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  33.59 
 
 
272 aa  154  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  33.71 
 
 
267 aa  153  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  37.24 
 
 
269 aa  151  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  34.85 
 
 
275 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  38.17 
 
 
265 aa  146  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  38.96 
 
 
264 aa  133  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  34.72 
 
 
282 aa  105  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 
286 aa  105  7e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 
286 aa  95.5  7e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 
291 aa  92.4  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  30.62 
 
 
293 aa  92  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  24 
 
 
286 aa  90.5  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  29.44 
 
 
290 aa  90.5  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 
293 aa  86.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  24.05 
 
 
286 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  41.38 
 
 
129 aa  82.4  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  26.05 
 
 
282 aa  73.2  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 
282 aa  66.2  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 
279 aa  63.2  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  21.94 
 
 
278 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  34.38 
 
 
265 aa  62.4  0.000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  39.53 
 
 
270 aa  61.6  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  41.25 
 
 
284 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 
278 aa  60.8  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  35.71 
 
 
241 aa  60.5  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  26.63 
 
 
284 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0123  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator (AraC family)  24.62 
 
 
292 aa  59.7  0.00000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.855779  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  38.75 
 
 
351 aa  59.7  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  32.12 
 
 
280 aa  59.3  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 
299 aa  59.3  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  22.76 
 
 
296 aa  58.9  0.00000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  24.75 
 
 
286 aa  58.9  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  22.76 
 
 
296 aa  58.9  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  37.78 
 
 
344 aa  58.9  0.00000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  30.7 
 
 
255 aa  58.9  0.00000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 
279 aa  58.5  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1988  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 
194 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.191818  hitchhiker  0.00402915 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  32.58 
 
 
284 aa  58.5  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0719  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 
281 aa  58.5  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01665  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.85 
 
 
303 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01654  hypothetical protein  30.85 
 
 
303 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  34.09 
 
 
145 aa  57.4  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 
305 aa  57.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 
306 aa  58.2  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1935  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 
303 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0733  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 
275 aa  57.8  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.629568 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1451  transcriptional regulator, AraC family protein  29.9 
 
 
296 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0743909  normal  0.362871 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1817  transcriptional regulator, AraC family protein  29.9 
 
 
296 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.246217  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 
285 aa  57.4  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1467  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 
296 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.145729 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.76 
 
 
318 aa  57  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 
318 aa  57  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 
278 aa  57  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4214  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 
305 aa  57  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.340551  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 
299 aa  57  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 
318 aa  57  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 
318 aa  57  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  31.76 
 
 
318 aa  57  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 
273 aa  57.4  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.859066 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 
318 aa  57  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4320  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 
299 aa  57  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2380  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 
300 aa  56.6  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 
375 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0320  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 
281 aa  56.6  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.996721  hitchhiker  0.0000353353 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  40.7 
 
 
309 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2749  putative transcriptional regulator  30.19 
 
 
271 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3764  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 
304 aa  56.2  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3070  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 
131 aa  56.6  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.362329  normal  0.0397869 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  34.52 
 
 
326 aa  56.2  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 
280 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 
274 aa  55.8  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3420  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 
299 aa  55.8  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 
277 aa  56.2  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  28.35 
 
 
270 aa  55.8  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4383  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 
257 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122442  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0339  transcriptional regulator, AraC family  31.4 
 
 
329 aa  55.8  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4999  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 
279 aa  55.8  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1137  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 
270 aa  55.5  0.0000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  33 
 
 
324 aa  55.5  0.0000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 
285 aa  55.5  0.0000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2811  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 
303 aa  55.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>