More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_0053 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_0053  shikimate kinase  100 
 
 		 172 aa  355  1.9999999999999998e-97  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.541651  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1534  Shikimate kinase  44.97 
 
 		 170 aa  162  3e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00900  hypothetical protein  48.75 
 
 		 165 aa  159  2e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.554703  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6268  Shikimate kinase  36.63 
 
 		 170 aa  112  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00441949  normal  0.76442 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3659  Shikimate kinase  38.26 
 
 		 169 aa  106  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  36.78 
 
 		 192 aa  104  7e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0696  shikimate kinase  37.8 
 
 		 163 aa  102  2e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  36.69 
 
 		 181 aa  102  3e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1199  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  39.16 
 
 		 495 aa  102  4e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.539853  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  34.5 
 
 		 171 aa  99.4  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  36.69 
 
 		 190 aa  99.8  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  35.5 
 
 		 166 aa  98.6  4e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  35.71 
 
 		 172 aa  97.4  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0776  shikimate kinase  37.65 
 
 		 173 aa  97.1  1e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  33.14 
 
 		 181 aa  95.9  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  33.14 
 
 		 193 aa  95.9  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  35.15 
 
 		 168 aa  94  9e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1187  shikimate kinase  37.36 
 
 		 174 aa  93.2  2e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0436  shikimate kinase  36.84 
 
 		 165 aa  92.8  2e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  30.36 
 
 		 171 aa  92.8  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3226  shikimate kinase  35.14 
 
 		 172 aa  92.8  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  31.95 
 
 		 180 aa  93.2  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0410  shikimate kinase  36.84 
 
 		 165 aa  92.4  3e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  34.94 
 
 		 172 aa  92.4  3e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  35.12 
 
 		 176 aa  92  3e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  33.73 
 
 		 178 aa  92  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  33.33 
 
 		 170 aa  91.7  5e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  33.77 
 
 		 216 aa  91.3  5e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1460  shikimate kinase  33.14 
 
 		 168 aa  91.7  5e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00429425  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1571  shikimate kinase  37.21 
 
 		 165 aa  91.7  5e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  32.74 
 
 		 169 aa  91.3  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  35.5 
 
 		 202 aa  90.9  8e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  34.32 
 
 		 219 aa  90.9  8e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  31.36 
 
 		 173 aa  90.5  9e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_002950  PG1593  shikimate kinase  33.96 
 
 		 186 aa  90.1  1e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  31.36 
 
 		 207 aa  90.5  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  33.33 
 
 		 170 aa  90.5  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  35.5 
 
 		 196 aa  90.5  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2022  shikimate kinase  34.91 
 
 		 192 aa  90.5  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  33.53 
 
 		 205 aa  89.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  31.95 
 
 		 206 aa  89.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  33.53 
 
 		 173 aa  89.4  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  33.73 
 
 		 185 aa  89  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  37.33 
 
 		 195 aa  88.6  4e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0781  shikimate kinase  32.14 
 
 		 170 aa  87.8  7e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.275347  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  33.54 
 
 		 175 aa  87.4  8e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  35.12 
 
 		 172 aa  86.7  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  36.09 
 
 		 190 aa  86.7  1e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  35.2 
 
 		 188 aa  87  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1721  Shikimate kinase  33.54 
 
 		 189 aa  86.7  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.547803  normal  0.0497898 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0220  Shikimate kinase  32.67 
 
 		 167 aa  87  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000013813  normal  0.0131612 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1754  Shikimate kinase  38.07 
 
 		 184 aa  86.3  2e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  29.82 
 
 		 168 aa  85.9  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  36.03 
 
 		 188 aa  86.3  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  31.36 
 
 		 203 aa  86.7  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  34.5 
 
 		 177 aa  85.5  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  36.09 
 
 		 190 aa  85.9  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  33.53 
 
 		 458 aa  85.1  4e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  35.09 
 
 		 180 aa  85.1  4e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  35.98 
 
 		 190 aa  84.7  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  32.37 
 
 		 200 aa  84.7  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  36.69 
 
 		 264 aa  84.3  7e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  33.33 
 
 		 204 aa  84.3  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2488  shikimate kinase  32.52 
 
 		 168 aa  84.3  7e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.995704 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  33.91 
 
 		 203 aa  84.3  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  33.53 
 
 		 191 aa  84  9e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  35.48 
 
 		 217 aa  83.6  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  35.48 
 
 		 200 aa  84  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  34.91 
 
 		 200 aa  83.6  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  33.14 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1731  shikimate kinase  40 
 
 		 180 aa  83.6  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  35.09 
 
 		 180 aa  84  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0153  shikimate kinase  32.54 
 
 		 166 aa  83.6  0.000000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  34.48 
 
 		 593 aa  82.8  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  31.95 
 
 		 173 aa  83.2  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  31.74 
 
 		 206 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  33.33 
 
 		 237 aa  83.2  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  34.91 
 
 		 201 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 462 aa  83.2  0.000000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  32.19 
 
 		 197 aa  82.8  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0535  shikimate kinase  35.33 
 
 		 165 aa  82.4  0.000000000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  29.94 
 
 		 178 aa  82  0.000000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  37.01 
 
 		 208 aa  81.6  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  40.17 
 
 		 182 aa  82  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  34.52 
 
 		 165 aa  81.6  0.000000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1340  shikimate kinase  35.06 
 
 		 177 aa  81.6  0.000000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  36.42 
 
 		 199 aa  81.3  0.000000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  34.1 
 
 		 172 aa  80.9  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  39.52 
 
 		 594 aa  80.1  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  35.54 
 
 		 178 aa  80.5  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0768  Shikimate kinase  33.88 
 
 		 177 aa  79.3  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.694283 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  33.53 
 
 		 172 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  37.1 
 
 		 182 aa  79.7  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  31.76 
 
 		 184 aa  79.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  34.1 
 
 		 172 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  37.79 
 
 		 169 aa  79.7  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  29.24 
 
 		 189 aa  79  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  32.74 
 
 		 171 aa  79  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  31.74 
 
 		 165 aa  79  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  33.87 
 
 		 189 aa  79  0.00000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>