More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_3079 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  37.31 
 
 		 1428 aa  707    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0647  RHS Repeat family protein  95.92 
 
 		 1616 aa  2853    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  38.13 
 
 		 1422 aa  720    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  37.18 
 
 		 1475 aa  724    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  36.82 
 
 		 1447 aa  706    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0585  YD repeat-containing protein  95.56 
 
 		 1600 aa  2853    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  37.17 
 
 		 1437 aa  711    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  38.15 
 
 		 1457 aa  736    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1505 aa  3111    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  37.63 
 
 		 1423 aa  728    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0645  Rhs core protein  89.97 
 
 		 444 aa  590  1e-167  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.746843 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2568  YD repeat protein  38.51 
 
 		 931 aa  525  1e-147  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  29.88 
 
 		 1494 aa  391  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  29.88 
 
 		 1494 aa  391  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  28.55 
 
 		 1495 aa  381  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  30.3 
 
 		 1485 aa  373  1e-101  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  29.63 
 
 		 1553 aa  367  1e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  29.06 
 
 		 1487 aa  362  3e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  28.58 
 
 		 1197 aa  360  9.999999999999999e-98  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  27.98 
 
 		 1541 aa  355  4e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  27.98 
 
 		 1541 aa  355  4e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  27.98 
 
 		 1541 aa  355  4e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  28.28 
 
 		 1541 aa  353  1e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  27.98 
 
 		 1381 aa  353  1e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  27.98 
 
 		 1541 aa  352  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  29.5 
 
 		 1259 aa  353  2e-95  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  28.13 
 
 		 1541 aa  353  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  27.35 
 
 		 1527 aa  352  4e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  30.16 
 
 		 1518 aa  351  5e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  30.36 
 
 		 1509 aa  348  3e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  30.8 
 
 		 1488 aa  348  5e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  30.17 
 
 		 1673 aa  346  2e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  30.14 
 
 		 1679 aa  344  5.999999999999999e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  27.54 
 
 		 1517 aa  343  1e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  29.57 
 
 		 1528 aa  342  2.9999999999999998e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  27.43 
 
 		 1699 aa  336  2e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  30.07 
 
 		 1495 aa  335  4e-90  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  29.38 
 
 		 1639 aa  331  7e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  27.97 
 
 		 1189 aa  325  3e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  26.59 
 
 		 1411 aa  322  3e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  28.52 
 
 		 1508 aa  321  7e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  26.49 
 
 		 1409 aa  320  2e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  26.37 
 
 		 1386 aa  316  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  28.12 
 
 		 1528 aa  314  7.999999999999999e-84  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  26.64 
 
 		 1400 aa  313  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  27.77 
 
 		 1489 aa  304  8.000000000000001e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  26.53 
 
 		 1385 aa  303  2e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  26.19 
 
 		 1359 aa  299  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  28.69 
 
 		 2144 aa  281  8e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  25.34 
 
 		 1531 aa  268  7e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  25.81 
 
 		 1419 aa  265  6.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  26.32 
 
 		 1379 aa  264  8e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  28.53 
 
 		 1614 aa  257  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  26.24 
 
 		 1568 aa  250  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  25.49 
 
 		 1421 aa  248  6.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  26.34 
 
 		 1446 aa  247  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.28 
 
 		 1492 aa  245  3.9999999999999997e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  26.82 
 
 		 1576 aa  244  6e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  26.09 
 
 		 1547 aa  244  9e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  25.24 
 
 		 1410 aa  244  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  25.2 
 
 		 1466 aa  242  5e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  25.21 
 
 		 1229 aa  239  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  25.04 
 
 		 1418 aa  237  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  26.24 
 
 		 1520 aa  236  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  24.82 
 
 		 1140 aa  234  7.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  24.94 
 
 		 1390 aa  232  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  25.28 
 
 		 1402 aa  231  9e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  26.06 
 
 		 1550 aa  229  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  25.95 
 
 		 1572 aa  226  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  26.28 
 
 		 1586 aa  223  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  27.96 
 
 		 924 aa  221  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  25.64 
 
 		 1527 aa  221  7e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  26.19 
 
 		 1595 aa  221  8.999999999999998e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  27.97 
 
 		 1362 aa  221  8.999999999999998e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  26.5 
 
 		 1609 aa  221  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  25.38 
 
 		 1434 aa  218  8e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  26.31 
 
 		 1560 aa  216  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.79 
 
 		 1552 aa  213  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  25.67 
 
 		 1551 aa  213  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  24.79 
 
 		 1543 aa  213  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  25.51 
 
 		 1573 aa  211  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  26.43 
 
 		 1611 aa  207  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  24.84 
 
 		 1583 aa  207  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  24.04 
 
 		 1530 aa  205  5e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  25.55 
 
 		 1586 aa  203  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  25.06 
 
 		 867 aa  201  9e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  26.72 
 
 		 866 aa  199  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  26.49 
 
 		 855 aa  199  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  25.87 
 
 		 1554 aa  194  8e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  24.74 
 
 		 1348 aa  193  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  24.23 
 
 		 1539 aa  189  5e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  22.14 
 
 		 2035 aa  186  3e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6418  YD repeat-containing protein  23.1 
 
 		 1368 aa  184  8.000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0100911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  22.8 
 
 		 2096 aa  184  1e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0145  YD repeat protein  38.36 
 
 		 361 aa  180  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  24.54 
 
 		 1429 aa  179  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  25.32 
 
 		 1579 aa  176  3.9999999999999995e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  25.32 
 
 		 1428 aa  176  3.9999999999999995e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  24.66 
 
 		 1593 aa  170  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  24.46 
 
 		 1602 aa  170  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>