46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_2643 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00957  ribosome modulation factor  100 
 
 
55 aa  114  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  1.13718e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2690  ribosome modulation factor  100 
 
 
55 aa  114  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  2.17455e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00964  hypothetical protein  100 
 
 
55 aa  114  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  2.64477e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2643  ribosome modulation factor  100 
 
 
55 aa  114  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  2.92691e-09  hitchhiker  2.7638e-07 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1062  ribosome modulation factor  98.18 
 
 
55 aa  112  2e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.36212e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1465  ribosome modulation factor  90.91 
 
 
55 aa  106  9e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  6.68291e-07  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1654  ribosome modulation factor  78.18 
 
 
55 aa  94.7  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1796  ribosome modulation factor  78.18 
 
 
55 aa  94  6e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0211467  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2069  ribosome modulation factor  78.18 
 
 
55 aa  94  6e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1685  ribosome modulation factor  76.36 
 
 
55 aa  93.6  8e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1748  ribosome modulation factor  73.21 
 
 
56 aa  85.9  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00186299  decreased coverage  3.05308e-07 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2008  ribosome modulation factor  67.92 
 
 
57 aa  84.7  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.218024  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1604  ribosome modulation factor  67.92 
 
 
58 aa  84.3  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  4.82252e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1950  ribosome modulation factor  69.23 
 
 
58 aa  84  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  7.83446e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1605  ribosome modulation factor  71.15 
 
 
58 aa  84  7e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.36899e-07  normal  0.0847809 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1855  ribosome modulation factor  71.15 
 
 
58 aa  84  7e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1611  ribosome modulation factor  71.15 
 
 
58 aa  84  7e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00565405  normal  0.16751 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1544  ribosome modulation factor  71.15 
 
 
58 aa  84  7e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  7.65642e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1778  ribosome modulation factor  69.23 
 
 
58 aa  83.2  1e-15  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  8.18878e-07  hitchhiker  6.41108e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2606  ribosome modulation factor  69.23 
 
 
58 aa  83.2  1e-15  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  6.53525e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2681  ribosome modulation factor  69.23 
 
 
58 aa  83.2  1e-15  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.00606e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1636  ribosome modulation factor  69.23 
 
 
58 aa  83.2  1e-15  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00207807  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2566  ribosome modulation factor  69.23 
 
 
58 aa  83.2  1e-15  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  6.31319e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4822  ribosome modulation factor  64.15 
 
 
57 aa  82.4  2e-15  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.961543  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2469  ribosome modulation factor  66.04 
 
 
58 aa  82.4  2e-15  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  3.39973e-09  hitchhiker  0.00877007 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3275  ribosome modulation factor  74.51 
 
 
57 aa  80.9  5e-15  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.607309  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2466  ribosome modulation factor  64.15 
 
 
58 aa  80.9  6e-15  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  2.62791e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2147  ribosome modulation factor  65.38 
 
 
58 aa  80.1  8e-15  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  6.70883e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2657  ribosome modulation factor  65.38 
 
 
58 aa  80.1  9e-15  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00832364  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1816  ribosome modulation factor  65.38 
 
 
58 aa  79.7  1e-14  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  8.8163e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1555  ribosome modulation factor  70.59 
 
 
57 aa  78.2  4e-14  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000509033  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003442  ribosome modulation factor  66.67 
 
 
57 aa  73.9  6e-13  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.06266e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02333  ribosome modulation factor  70.21 
 
 
65 aa  73.9  7e-13  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1343  ribosome modulation factor-related protein  56 
 
 
69 aa  64.7  5e-10  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1751  ribosome modulation factor  56 
 
 
68 aa  62.8  1e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.336917  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1607  ribosome modulation factor  52 
 
 
71 aa  62.8  2e-09  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.300832  normal  0.121579 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3010  ribosome modulation factor  56 
 
 
71 aa  62  2e-09  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.748507  hitchhiker  4.16266e-13 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1614  ribosome modulation factor  52 
 
 
71 aa  62.8  2e-09  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  6.43851e-06 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24650  ribosome modulation factor  54 
 
 
70 aa  62  2e-09  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3644  ribosome modulation factor  52 
 
 
71 aa  62.8  2e-09  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2088  ribosome modulation factor  54 
 
 
70 aa  62  2e-09  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1787  ribosome modulation factor  52 
 
 
71 aa  61.2  4e-09  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2310  ribosome modulation factor-related protein  52 
 
 
71 aa  60.5  8e-09  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1038  ribosome modulation factor  54 
 
 
70 aa  60.5  8e-09  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.107741  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2107  ribosome modulation factor  52 
 
 
71 aa  60.5  8e-09  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0220523  decreased coverage  0.00157598 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18910  Ribosome modulation factor  52.38 
 
 
63 aa  51.2  5e-06  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.116232  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>