More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_2178 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01437  malate dehydrogenase, (decarboxylating, NAD-requiring) (malic enzyme)  99.82 
 
 
565 aa  1169    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00511494  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2168  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating)  99.82 
 
 
565 aa  1169    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.399362  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0537  malate dehydrogenase  64.34 
 
 
560 aa  740    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0809  malate dehydrogenase  70.07 
 
 
562 aa  811    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1661  malate dehydrogenase  99.65 
 
 
565 aa  1168    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2178  malate dehydrogenase  100 
 
 
565 aa  1170    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2562  malate dehydrogenase  75.04 
 
 
565 aa  874    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003737  NAD-dependent malic enzyme  70.61 
 
 
562 aa  815    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0866358  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4262  malate dehydrogenase  64.88 
 
 
562 aa  736    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3855  malate dehydrogenase  68.1 
 
 
562 aa  793    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3924  malate dehydrogenase  64.31 
 
 
573 aa  744    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.694196  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1567  malate dehydrogenase  75.75 
 
 
565 aa  880    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1777  malate dehydrogenase  92.92 
 
 
565 aa  1069    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1742  malate dehydrogenase  99.65 
 
 
565 aa  1167    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.375647  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2962  malate dehydrogenase  68.1 
 
 
562 aa  789    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1561  malate dehydrogenase  64.95 
 
 
563 aa  748    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.501858  hitchhiker  0.00674056 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1387  malate dehydrogenase  64.52 
 
 
560 aa  729    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2621  malate dehydrogenase  67.8 
 
 
562 aa  783    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.898165 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1274  malate dehydrogenase  68.04 
 
 
562 aa  791    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.145162  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3186  malate dehydrogenase  68.46 
 
 
562 aa  794    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2546  malate dehydrogenase  75.4 
 
 
565 aa  874    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1695  malate dehydrogenase  99.65 
 
 
565 aa  1168    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.488975  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3757  malate dehydrogenase  67.74 
 
 
562 aa  781    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2971  malate dehydrogenase  78.23 
 
 
565 aa  905    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.419193  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3566  malate dehydrogenase  67.56 
 
 
562 aa  780    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2047  malate dehydrogenase  91.86 
 
 
565 aa  1063    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.418524 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1494  malate dehydrogenase  77.7 
 
 
565 aa  901    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0902  malate dehydrogenase  66.73 
 
 
562 aa  778    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3518  malate dehydrogenase  67.92 
 
 
562 aa  791    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0736  malate dehydrogenase  66.67 
 
 
562 aa  773    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02034  malate dehydrogenase  70.61 
 
 
562 aa  808    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2963  malate dehydrogenase  65.57 
 
 
561 aa  721    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0982  malate dehydrogenase  63.8 
 
 
560 aa  729    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.871776  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0676  malate dehydrogenase  67.74 
 
 
562 aa  781    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1682  malate dehydrogenase  92.74 
 
 
565 aa  1069    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.638669 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01449  hypothetical protein  99.82 
 
 
565 aa  1169    Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0044137  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0724  malate dehydrogenase  63.86 
 
 
564 aa  731    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1564  malate dehydrogenase  100 
 
 
565 aa  1170    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00517  malate dehydrogenase  65.95 
 
 
563 aa  749    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3188  malate dehydrogenase  68.1 
 
 
562 aa  791    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000330281 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0778  malate dehydrogenase  68.1 
 
 
562 aa  791    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0299274 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0833  malate dehydrogenase  68.46 
 
 
562 aa  783    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2091  malate dehydrogenase  99.65 
 
 
565 aa  1164    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1743  malate dehydrogenase  92.74 
 
 
565 aa  1069    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.260406  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19190  malate dehydrogenase  67.26 
 
 
564 aa  738    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.408174 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1599  malate dehydrogenase  92.57 
 
 
565 aa  1067    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0750  malate dehydrogenase  67.92 
 
 
562 aa  789    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.036774 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0784  malate dehydrogenase  67.56 
 
 
562 aa  780    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.228066  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1680  malate dehydrogenase  92.92 
 
 
565 aa  1070    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.13099  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3634  malate dehydrogenase  67.56 
 
 
562 aa  780    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.532529  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2463  malate dehydrogenase  75.04 
 
 
565 aa  874    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2451  malate dehydrogenase  74.51 
 
 
565 aa  868    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1656  malate dehydrogenase  66.91 
 
 
564 aa  726    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.843142  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2901  malate dehydrogenase  52.85 
 
 
556 aa  613  9.999999999999999e-175  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3043  malate dehydrogenase  52.49 
 
 
556 aa  608  1e-173  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1836  malate dehydrogenase  55.86 
 
 
570 aa  597  1e-169  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1786  Malate dehydrogenase (oxaloacetate- decarboxylating) (NADP(+))  51.78 
 
 
552 aa  572  1.0000000000000001e-162  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1243  malate dehydrogenase  45.21 
 
 
571 aa  540  9.999999999999999e-153  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1243  malate dehydrogenase  45.41 
 
 
571 aa  540  9.999999999999999e-153  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1127  malate dehydrogenase  45.2 
 
 
565 aa  523  1e-147  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1812  malate dehydrogenase  47.26 
 
 
570 aa  521  1e-147  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3529  malate dehydrogenase  47.21 
 
 
570 aa  523  1e-147  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3704  malate dehydrogenase  50.36 
 
 
574 aa  521  1e-146  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0303465 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1666  malate dehydrogenase  47.26 
 
 
570 aa  520  1e-146  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0888  malate dehydrogenase  45.02 
 
 
565 aa  521  1e-146  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.950644  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1873  malate dehydrogenase  46.67 
 
 
577 aa  515  1.0000000000000001e-145  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1922  malate dehydrogenase  46.85 
 
 
570 aa  515  1.0000000000000001e-145  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1668  malate dehydrogenase  47.03 
 
 
570 aa  518  1.0000000000000001e-145  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1242  malate dehydrogenase  48.82 
 
 
569 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1650  malate dehydrogenase  46.85 
 
 
577 aa  515  1.0000000000000001e-145  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1801  malate dehydrogenase  47.03 
 
 
577 aa  518  1.0000000000000001e-145  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1848  malate dehydrogenase  46.85 
 
 
570 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000107878 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1615  malate dehydrogenase  46.67 
 
 
577 aa  514  1e-144  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3529  malate dehydrogenase  50.55 
 
 
568 aa  482  1e-135  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2079  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  45.52 
 
 
579 aa  483  1e-135  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.128788  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0767  malate dehydrogenase  43.88 
 
 
556 aa  474  1e-132  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5810  malate dehydrogenase  44.18 
 
 
543 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.414547  normal  0.345135 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4404  malate dehydrogenase  43.45 
 
 
570 aa  468  9.999999999999999e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_56501  predicted protein  44.07 
 
 
638 aa  462  1e-129  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.511026  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0979  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  43.15 
 
 
577 aa  464  1e-129  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00620  malate dehydrogenase  44.4 
 
 
609 aa  460  9.999999999999999e-129  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3293  malate dehydrogenase  45.31 
 
 
555 aa  458  1e-127  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.62653 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89732  mitochondrial malate dehydrogenase  45.56 
 
 
638 aa  457  1e-127  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2155  malate dehydrogenase  43.42 
 
 
582 aa  455  1e-127  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0661  malate dehydrogenase  42.8 
 
 
535 aa  453  1.0000000000000001e-126  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.245423 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2154  malate dehydrogenase  45.44 
 
 
578 aa  451  1e-125  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4139  malate dehydrogenase  46.51 
 
 
571 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000025754  hitchhiker  0.000138599 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1302  malate dehydrogenase  46.32 
 
 
571 aa  445  1e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0218032  normal  0.203099 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1744  malate dehydrogenase  41.02 
 
 
571 aa  441  9.999999999999999e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.945317  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2964  Malate dehydrogenase (oxaloacetate- decarboxylating)  44.24 
 
 
572 aa  440  9.999999999999999e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.10034  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26919  predicted protein  42.36 
 
 
565 aa  441  9.999999999999999e-123  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1191  malate dehydrogenase  41.88 
 
 
544 aa  436  1e-121  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.16614  normal  0.0761619 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06933  conserved hypothetical protein similar to yeast mitochondrial NAD-dependent malic enzyme (Eurofung)  41.23 
 
 
581 aa  429  1e-119  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12356  malate dehydrogenase  41.33 
 
 
548 aa  426  1e-118  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28620  predicted protein  41.92 
 
 
549 aa  422  1e-117  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06168  Malic enzyme [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q8J260]  41.67 
 
 
648 aa  419  1e-116  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0801811  normal  0.142996 
 
 
-
 
NC_006691  CNF03780  malate dehydrogenase, putative  42.41 
 
 
629 aa  421  1e-116  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.807689  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1005  malate dehydrogenase  40.29 
 
 
542 aa  416  9.999999999999999e-116  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0486  Malate dehydrogenase (oxaloacetate- decarboxylating) (NADP(+))  41.3 
 
 
596 aa  412  1e-114  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51970  predicted protein  43.23 
 
 
555 aa  410  1e-113  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0997978  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>