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for query gene EcolC_1021 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012892  B21_02506  hypothetical protein  100 
 
 
512 aa  1029  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.781266  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3202  multidrug resistance protein B  84.09 
 
 
511 aa  875  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2998  multidrug resistance protein B  95.62 
 
 
512 aa  974  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.958299  hitchhiker  0.000766816 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3015  multidrug resistance protein B  95.82 
 
 
512 aa  975  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.551844  hitchhiker  0.000631147 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3190  multidrug resistance protein B  99.01 
 
 
515 aa  959  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0313882  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1021  EmrB/QacA family drug resistance transporter  100 
 
 
512 aa  1029  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0123748 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3339  EmrB/QacA family drug resistance transporter  84.09 
 
 
511 aa  875  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3931  multidrug resistance protein B  100 
 
 
512 aa  1029  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.168353  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2822  multidrug resistance protein B  100 
 
 
512 aa  1029  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.292864  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3331  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  84.12 
 
 
511 aa  874  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0816524  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3164  EmrB/QacA family drug resistance transporter  92.28 
 
 
515 aa  949  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2932  multidrug resistance protein B  95.62 
 
 
512 aa  972  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.576129  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2736  multidrug resistance protein Y  62.23 
 
 
512 aa  635  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.416223  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0889  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  79 
 
 
513 aa  806  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0758552  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3121  multidrug resistance protein B  95.42 
 
 
512 aa  945  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0252817 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0857  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  79.76 
 
 
510 aa  833  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2963  multidrug resistance protein B  95.62 
 
 
512 aa  974  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00759012 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3461  multidrug resistance protein B  84.09 
 
 
511 aa  875  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.611803  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3487  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  84.12 
 
 
511 aa  858  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0998  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  100 
 
 
512 aa  1029  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.614852  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02541  multidrug efflux system protein  100 
 
 
512 aa  1029  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.812517  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2808  multidrug resistance protein B  99.8 
 
 
512 aa  1028  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.001171  hitchhiker  0.00961991 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3744  EmrB/QacA family drug resistance transporter  83.1 
 
 
511 aa  855  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.171868 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2969  multidrug resistance protein B  100 
 
 
512 aa  1029  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.116055  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2517  multidrug resistance protein Y  62.23 
 
 
512 aa  634  1e-180  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3598  multidrug resistance protein Y  62.43 
 
 
512 aa  633  1e-180  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0257273 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1302  EmrB/QacA family drug resistance transporter  62.23 
 
 
512 aa  634  1e-180  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2653  DHA2 family drug:H+ antiporter-1  62.23 
 
 
512 aa  634  1e-180  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1290  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  62.23 
 
 
512 aa  634  1e-180  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2504  multidrug resistance protein Y  62.03 
 
 
512 aa  625  1e-178  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0957152  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02277  predicted multidrug efflux system  62.23 
 
 
512 aa  627  1e-178  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.866508  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02238  hypothetical protein  62.23 
 
 
512 aa  627  1e-178  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.945599  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4486  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  54.11 
 
 
520 aa  562  1e-159  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  1.52739e-05  hitchhiker  0.000119733 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0037  EmrB/QacA family drug resistance transporter  54.11 
 
 
520 aa  559  1e-158  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0048  EmrB/QacA family drug resistance transporter  53.71 
 
 
520 aa  560  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0046  EmrB/QacA family drug resistance transporter  53.91 
 
 
520 aa  558  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3951  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  53.11 
 
 
520 aa  557  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.909778  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1292  multidrug resistance B (translocase) transmembrane protein  56.25 
 
 
518 aa  556  1e-157  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.453307  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0047  EmrB/QacA family drug resistance transporter  53.91 
 
 
520 aa  558  1e-157  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.843987  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0023  EmrB/QacA family drug resistance transporter  53.91 
 
 
520 aa  558  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.834829  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0066  EmrB/QacA family drug resistance transporter  53.91 
 
 
520 aa  557  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2561  EmrB/QacA family drug resistance transporter  54.75 
 
 
519 aa  551  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0307568  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1918  EmrB/QacA family drug resistance transporter  54.75 
 
 
519 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.190934  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1766  EmrB/QacA family drug resistance transporter  54.75 
 
 
519 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1504  EmrB/QacA family drug resistance transporter  54.75 
 
 
519 aa  549  1e-155  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1058  EmrB/QacA family drug resistance transporter  54.75 
 
 
519 aa  549  1e-155  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.080151  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3229  EmrB/QacA family drug resistance transporter  52.91 
 
 
520 aa  550  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.179546 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0172  EmrB/QacA family drug resistance transporter  54.75 
 
 
519 aa  549  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.142041  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0994  EmrB/QacA family drug resistance transporter  54.75 
 
 
519 aa  549  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4644  EmrB/QacA family drug resistance transporter  55.22 
 
 
519 aa  549  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121761  normal  0.846294 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1503  EmrB/QacA family drug resistance transporter  54.75 
 
 
519 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.177807  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1743  EmrB/QacA family drug resistance transporter  54.55 
 
 
519 aa  547  1e-154  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.14993  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1122  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  56.25 
 
 
518 aa  546  1e-154  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  normal  0.386447 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1479  EmrB/QacA family drug resistance transporter  54.75 
 
 
519 aa  547  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1213  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  56.36 
 
 
518 aa  545  1e-154  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0951018  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1023  EmrB/QacA family drug resistance transporter  54.75 
 
 
519 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2028  EmrB/QacA family drug resistance transporter  57 
 
 
537 aa  543  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0715517  normal  0.28108 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0023  EmrB/QacA family drug resistance transporter  53.28 
 
 
520 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.636069  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0235  EmrB/QacA family drug resistance transporter  53.28 
 
 
520 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0023  EmrB/QacA family drug resistance transporter  53.08 
 
 
520 aa  541  1e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1752  EmrB/QacA family drug resistance transporter  54.82 
 
 
519 aa  544  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1385  EmrB/QacA family drug resistance transporter  54.82 
 
 
519 aa  538  1e-152  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3503  EmrB/QacA family drug resistance transporter  52.88 
 
 
520 aa  540  1e-152  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2770  EmrB/QacA family drug resistance transporter  52.88 
 
 
520 aa  540  1e-152  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1425  EmrB/QacA family drug resistance transporter  55.22 
 
 
519 aa  540  1e-152  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0184869 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2817  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  53.52 
 
 
520 aa  533  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.05627  normal  0.701384 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1726  EmrB/QacA family drug resistance transporter  52.92 
 
 
521 aa  532  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.917815  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0022  EmrB/QacA family drug resistance transporter  51.89 
 
 
520 aa  533  1e-150  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.171163  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2025  EmrB/QacA family drug resistance transporter  55.02 
 
 
533 aa  530  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3742  EmrB/QacA family drug resistance transporter  54.55 
 
 
544 aa  531  1e-149  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0155097  normal  0.299705 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3489  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  53.52 
 
 
520 aa  528  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0745161  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0858  EmrB/QacA family drug resistance transporter  53.33 
 
 
515 aa  518  1e-145  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.916368  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1635  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  53.12 
 
 
520 aa  514  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.296627  decreased coverage  0.000294236 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1516  EmrB/QacA family drug resistance transporter  50.91 
 
 
527 aa  511  1e-144  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3234  EmrB/QacA family drug resistance transporter  52.11 
 
 
522 aa  509  1e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.201721  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1446  EmrB/QacA family drug resistance transporter  52.32 
 
 
524 aa  511  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0633713  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3642  EmrB/QacA family drug resistance transporter  50.69 
 
 
509 aa  507  1e-142  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640209  normal  0.171171 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2022  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  50.81 
 
 
520 aa  507  1e-142  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00497968 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6206  EmrB/QacA family drug resistance transporter  50.2 
 
 
520 aa  508  1e-142  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4313  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter EmrB/QacA subfamily  48.8 
 
 
519 aa  508  1e-142  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.221142 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3548  EmrB/QacA family drug resistance transporter  50.2 
 
 
511 aa  502  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481697  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2374  EmrB/QacA family drug resistance transporter  50.2 
 
 
511 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2226  EmrB/QacA family drug resistance transporter  50.2 
 
 
511 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3747  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  50.61 
 
 
512 aa  500  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659077  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2079  EmrB/QacA family drug resistance transporter  50.7 
 
 
511 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.352651  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5530  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  50.4 
 
 
543 aa  495  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214437  normal  0.30089 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1731  EmrB/QacA family drug resistance transporter  51.12 
 
 
512 aa  495  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5898  drug efflux transporter  50 
 
 
509 aa  491  1e-138  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5195  EmrB/QacA family drug resistance transporter  49.22 
 
 
577 aa  493  1e-138  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.440847  normal  0.0484708 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3188  EmrB/QacA family drug resistance transporter  48.52 
 
 
521 aa  489  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.477871  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68140  drug efflux transporter  50.4 
 
 
509 aa  488  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  2.79343e-05  decreased coverage  0.00567017 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1129  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  49.4 
 
 
525 aa  488  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.943729  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7509  EmrB/QacA family drug resistance transporter  48.44 
 
 
517 aa  485  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14689  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1289  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  49.39 
 
 
529 aa  488  1e-136  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.433628  normal  0.278369 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2415  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  47.64 
 
 
517 aa  488  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4686  EmrB/QacA family drug resistance transporter  49.6 
 
 
520 aa  482  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  7.22288e-05  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4020  EmrB/QacA family drug resistance transporter  48.89 
 
 
518 aa  484  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.490791  normal 
 
 
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NC_010557  BamMC406_5573  EmrB/QacA family drug resistance transporter  48.99 
 
 
517 aa  481  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_007951  Bxe_A3584  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  50 
 
 
531 aa  479  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00201825  normal 
 
 
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NC_008392  Bamb_5791  EmrB/QacA family drug resistance transporter  48.39 
 
 
517 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0859755  normal  0.838213 
 
 
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