More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_0699 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  99.82 
 
 
567 aa  1176    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  99.82 
 
 
567 aa  1176    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.32 
 
 
559 aa  666    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  76.23 
 
 
568 aa  925    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  55.56 
 
 
560 aa  669    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  94.18 
 
 
567 aa  1125    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  99.82 
 
 
567 aa  1176    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  94.18 
 
 
567 aa  1125    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  100 
 
 
567 aa  1178    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3971  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  57.92 
 
 
570 aa  696    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.533836  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  94.18 
 
 
567 aa  1125    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  99.82 
 
 
567 aa  1176    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  55.32 
 
 
559 aa  666    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0478  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  54.84 
 
 
577 aa  644    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0506  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.36 
 
 
577 aa  649    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.14 
 
 
559 aa  659    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  99.82 
 
 
567 aa  1176    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  59.93 
 
 
568 aa  728    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  94 
 
 
567 aa  1125    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  99.82 
 
 
567 aa  1176    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  52.73 
 
 
563 aa  642    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0511  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.19 
 
 
577 aa  647    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0523  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.27 
 
 
578 aa  650    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.67 
 
 
567 aa  663    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  58.1 
 
 
567 aa  711    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  99.82 
 
 
567 aa  1176    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  99.82 
 
 
567 aa  1176    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  54.32 
 
 
560 aa  654    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  76.41 
 
 
568 aa  918    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  94.18 
 
 
567 aa  1124    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  49.31 
 
 
566 aa  551  1e-155  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.87 
 
 
566 aa  543  1e-153  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.19 
 
 
570 aa  542  1e-153  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.26 
 
 
564 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.19 
 
 
570 aa  541  9.999999999999999e-153  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.87 
 
 
566 aa  541  9.999999999999999e-153  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.23 
 
 
585 aa  530  1e-149  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  47.23 
 
 
585 aa  530  1e-149  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.99 
 
 
569 aa  524  1e-147  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.66 
 
 
578 aa  520  1e-146  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.48 
 
 
546 aa  519  1e-146  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.89 
 
 
572 aa  521  1e-146  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.23 
 
 
572 aa  519  1e-146  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.43 
 
 
570 aa  516  1.0000000000000001e-145  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.21 
 
 
597 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  46.17 
 
 
572 aa  516  1.0000000000000001e-145  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.36 
 
 
573 aa  515  1.0000000000000001e-145  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  46.85 
 
 
572 aa  514  1e-144  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  46.06 
 
 
572 aa  511  1e-144  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.62 
 
 
597 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  46.1 
 
 
596 aa  511  1e-143  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  47.59 
 
 
570 aa  510  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  46.23 
 
 
572 aa  508  1e-143  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.35 
 
 
597 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1266  Ni-Fe hydrogenase large chain  46.96 
 
 
583 aa  511  1e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.88 
 
 
598 aa  503  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  45.69 
 
 
596 aa  500  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  44.63 
 
 
600 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  44.8 
 
 
600 aa  500  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  44.8 
 
 
600 aa  500  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  44.8 
 
 
600 aa  500  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  44.8 
 
 
600 aa  500  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  45.38 
 
 
567 aa  497  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.21 
 
 
596 aa  496  1e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  44.87 
 
 
596 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  44.87 
 
 
596 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  44.71 
 
 
596 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.21 
 
 
567 aa  489  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.28 
 
 
567 aa  490  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.28 
 
 
567 aa  490  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.47 
 
 
595 aa  490  1e-137  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.28 
 
 
567 aa  490  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  44.94 
 
 
567 aa  489  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  44.5 
 
 
597 aa  485  1e-136  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  44.03 
 
 
597 aa  487  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00347  Ni-Fe hydrogenase large chain  42.63 
 
 
625 aa  487  1e-136  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  42.98 
 
 
597 aa  483  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.98 
 
 
597 aa  483  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  42.98 
 
 
597 aa  483  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2405  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.03 
 
 
567 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.286384  hitchhiker  0.000502851 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  43.49 
 
 
567 aa  483  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  42.98 
 
 
597 aa  483  1e-135  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  45.12 
 
 
602 aa  484  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1888  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.21 
 
 
567 aa  482  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.261784  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  42.98 
 
 
597 aa  483  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  42.64 
 
 
597 aa  483  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1921  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.03 
 
 
567 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  42.98 
 
 
597 aa  483  1e-135  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1914  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.86 
 
 
567 aa  481  1e-134  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.392356  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  42.81 
 
 
597 aa  479  1e-134  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  44.94 
 
 
567 aa  480  1e-134  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0836  nickel-dependent hydrogenase large subunit  43.1 
 
 
604 aa  480  1e-134  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.17 
 
 
566 aa  475  1e-133  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1151  nickel-dependent hydrogenase large subunit  43.27 
 
 
605 aa  475  1e-133  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.238677  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1985  hydrogenase 1 large subunit  42.3 
 
 
597 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1531  hydrogenase 1 large subunit  42.3 
 
 
597 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.447937  normal  0.256595 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  42.3 
 
 
597 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  42.3 
 
 
597 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  42.3 
 
 
597 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  43.1 
 
 
596 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>