39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_0081 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009801  EcE24377A_4131  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  100 
 
 
265 aa  548  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00183874  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0081  lipopolysaccharide kinase  100 
 
 
265 aa  548  1e-155  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.382008  hitchhiker  0.000743328 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3839  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  99.62 
 
 
265 aa  547  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.21355e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5000  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  99.62 
 
 
265 aa  545  1e-154  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.120387  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03439  hypothetical protein  99.62 
 
 
265 aa  546  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03487  kinase that phosphorylates core heptose of lipopolysaccharide  99.62 
 
 
268 aa  546  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4055  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  98.87 
 
 
265 aa  543  1e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3965  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  98.49 
 
 
265 aa  539  1e-152  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0509856  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0075  lipopolysaccharide kinase  84.15 
 
 
265 aa  473  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4001  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  81.89 
 
 
265 aa  465  1e-130  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00922523  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4108  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  81.89 
 
 
265 aa  465  1e-130  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.184564  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3938  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  81.13 
 
 
265 aa  462  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4046  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  81.51 
 
 
265 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.710683  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3920  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  81.13 
 
 
265 aa  460  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.773448  hitchhiker  0.00444896 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44830  Lipopolysaccharide kinase  56.7 
 
 
271 aa  316  2e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.83472  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0369  lipopolysaccharide kinase  58.3 
 
 
268 aa  316  3e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0344  lipopolysaccharide kinase  58.3 
 
 
268 aa  316  3e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.048106  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0468  lipopolysaccharide kinase  58.3 
 
 
268 aa  312  4e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0372  lipopolysaccharide kinase  57.53 
 
 
268 aa  311  5e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982942  normal  0.29184 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66220  lipopolysaccharide kinase WaaP  56.37 
 
 
268 aa  307  9e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4859  lipopolysaccharide kinase  56.37 
 
 
268 aa  305  5e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.59895 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5744  lipopolysaccharide kinase WaaP  56.37 
 
 
268 aa  304  9e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0582  lipopolysaccharide kinase  55.98 
 
 
265 aa  304  1e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0422457 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5000  lipopolysaccharide core biosynthesis protein WaaP  55.21 
 
 
268 aa  298  7e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0523  lipopolysaccharide kinase  55.6 
 
 
268 aa  296  2e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2794  lipopolysaccharide kinase  44.49 
 
 
286 aa  208  7e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.329017  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0755  lipopolysaccharide kinase  40.66 
 
 
278 aa  203  2e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0921452 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0318  lipopolysaccharide kinase  42.86 
 
 
287 aa  203  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1275  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  40.62 
 
 
278 aa  172  7e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1265  putative LPS biosynthesis enzyme  30.6 
 
 
277 aa  95.1  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0901  lipopolysaccharide kinase  28.24 
 
 
268 aa  82  9e-15  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1414  hypothetical protein  29.01 
 
 
216 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.886745  normal  0.188189 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3371  hypothetical protein  29.01 
 
 
216 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2388  hypothetical protein  29.01 
 
 
216 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2534  hypothetical protein  27.48 
 
 
216 aa  47  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02122  hypothetical protein  27.48 
 
 
216 aa  47  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2377  hypothetical protein  27.48 
 
 
216 aa  47  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1422  lipopolysaccharide kinase  27.48 
 
 
216 aa  47  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.814711  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02163  hypothetical protein  27.48 
 
 
216 aa  47  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>