290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_0074 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03494  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
78 aa  162  2e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0020187  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5007  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
78 aa  162  2e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  2.4574e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3972  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
78 aa  162  2e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  2.29702e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4138  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
78 aa  162  2e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.41658e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03446  hypothetical protein  100 
 
 
78 aa  162  2e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00212142  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4062  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
78 aa  162  2e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  3.94805e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0074  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
78 aa  162  2e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  9.90162e-07  hitchhiker  1.34659e-07 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3846  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
78 aa  162  2e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  3.05688e-21  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0068  ribosomal protein L28  100 
 
 
78 aa  162  2e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.38765e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0102  50S ribosomal protein L28  98.72 
 
 
78 aa  160  4e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  9.49516e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4054  50S ribosomal protein L28  96.15 
 
 
78 aa  159  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.26226  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4115  50S ribosomal protein L28  96.15 
 
 
78 aa  159  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0258863  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3927  50S ribosomal protein L28  96.15 
 
 
78 aa  159  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0253871  hitchhiker  0.00124431 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4008  50S ribosomal protein L28  96.15 
 
 
78 aa  159  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.236332  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3945  50S ribosomal protein L28  96.15 
 
 
78 aa  159  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00834113  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4389  50S ribosomal protein L28  94.87 
 
 
78 aa  155  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00781562  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4099  50S ribosomal protein L28  94.87 
 
 
78 aa  155  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0864217  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0056  50S ribosomal protein L28  92.31 
 
 
78 aa  154  3e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000196759  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3959  50S ribosomal protein L28  93.59 
 
 
78 aa  154  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0699911  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0160  50S ribosomal protein L28  93.59 
 
 
78 aa  154  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.233197  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0062  50S ribosomal protein L28  92.31 
 
 
78 aa  154  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.40905e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4154  50S ribosomal protein L28  92.31 
 
 
78 aa  154  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  4.66012e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4841  50S ribosomal protein L28  92.31 
 
 
78 aa  154  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  2.24524e-06  hitchhiker  3.39357e-05 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0145  50S ribosomal protein L28  87.01 
 
 
78 aa  147  5e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00227555  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001820  LSU ribosomal protein L28p  89.47 
 
 
78 aa  145  2e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.91703e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00654  50S ribosomal protein L28  89.47 
 
 
78 aa  145  2e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3679  50S ribosomal protein L28  87.01 
 
 
78 aa  142  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.85253e-08  normal  0.0401063 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3565  50S ribosomal protein L28  85.71 
 
 
78 aa  140  7e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0150151  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0191  50S ribosomal protein L28  84.21 
 
 
78 aa  139  1e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  8.9275e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2599  50S ribosomal protein L28  84.21 
 
 
78 aa  138  2e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.88112e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00055  ribosomal protein L28  81.82 
 
 
78 aa  137  5e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  2.88614e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0328  50S ribosomal protein L28  81.82 
 
 
78 aa  137  6e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  3.91989e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4374  50S ribosomal protein L28  87.01 
 
 
78 aa  136  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.335186 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0188  50S ribosomal protein L28  84.62 
 
 
78 aa  135  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  1.90685e-05 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3480  50S ribosomal protein L28  80.52 
 
 
78 aa  135  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000307468  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48050  50S ribosomal protein L28  85.71 
 
 
78 aa  135  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2641  50S ribosomal protein L28P  81.82 
 
 
78 aa  135  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0325  ribosomal protein L28  80.52 
 
 
78 aa  135  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3836  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  135  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  8.49102e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4560  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  134  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00191213  hitchhiker  4.96067e-06 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6092  50S ribosomal protein L28  82.05 
 
 
78 aa  134  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70190  50S ribosomal protein L28  82.05 
 
 
78 aa  134  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0386  50S ribosomal protein L28  77.92 
 
 
78 aa  133  8e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00127683  hitchhiker  1.15642e-07 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0403  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  1e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.09188e-06  hitchhiker  1.30483e-10 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0378  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  1e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  5.07603e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3769  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  1e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.326629  normal  0.774565 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0389  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  1e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  2.30782e-07  hitchhiker  5.79861e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0360  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  1e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0375632  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3596  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  1e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00843458  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0463  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  1e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  8.43852e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4247  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  1e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0377  50S ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  133  1e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160044  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0589  50S ribosomal protein L28  80.52 
 
 
78 aa  130  4e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.74438  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0209  ribosomal protein L28  76.62 
 
 
78 aa  130  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3827  50S ribosomal protein L28  75.32 
 
 
78 aa  130  7e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.199336  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0327  ribosomal protein L28  75.32 
 
 
106 aa  130  9e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0383291  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1989  50S ribosomal protein L28  77.92 
 
 
78 aa  128  2e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1710  50S ribosomal protein L28  77.92 
 
 
78 aa  128  2e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1995  ribosomal protein L28  79.22 
 
 
78 aa  129  2e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2314  ribosomal protein L28  76.62 
 
 
78 aa  128  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.959649  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0629  50S ribosomal protein L28  76.62 
 
 
78 aa  128  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  3.03775e-08 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0055  ribosomal protein L28  75.32 
 
 
78 aa  127  4e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.378886  normal  0.0544728 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0048  ribosomal protein L28  75.32 
 
 
78 aa  126  8e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.635259  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2971  50S ribosomal protein L28  72.73 
 
 
78 aa  125  2e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458218  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5333  50S ribosomal protein L28  77.92 
 
 
78 aa  125  2e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0220339 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5192  50S ribosomal protein L28  77.92 
 
 
78 aa  125  2e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244386  normal  0.27276 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5282  50S ribosomal protein L28  77.92 
 
 
78 aa  125  2e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0179  ribosomal protein L28  77.03 
 
 
75 aa  124  3e-28  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0089  ribosomal protein L28  78.95 
 
 
77 aa  123  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.376703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0224  50S ribosomal protein L28  78.95 
 
 
77 aa  123  7e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2640  ribosomal protein L28  72.73 
 
 
78 aa  123  9e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5537  50S ribosomal protein L28  78.95 
 
 
77 aa  123  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0793752  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2021  ribosomal protein L28  75.32 
 
 
78 aa  121  3e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  1.79883e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1918  ribosomal protein L28  70.13 
 
 
78 aa  121  3e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2670  50S ribosomal protein L28  74.03 
 
 
78 aa  121  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2295  50S ribosomal protein L28  74.03 
 
 
78 aa  121  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0544676 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2445  50S ribosomal protein L28  75 
 
 
77 aa  120  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3149  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  120  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.65679 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0793  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  119  1e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.11426 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1021  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  119  1e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.241673  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0584  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  119  1e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.652214 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0978  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  119  1e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0983  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  119  1e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.149835  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2420  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  119  1e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.127484  hitchhiker  0.000900978 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2527  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  119  1e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2502  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  119  1e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.553249  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2549  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  119  1e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2231  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  119  1e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0780  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  119  1e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1891  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  119  1e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5834  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  119  1e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.685508 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1137  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  119  1e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.557039  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2647  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
163 aa  118  2e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.753369  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2323  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  119  2e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00837544 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2100  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
163 aa  118  2e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.295795  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2713  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  119  2e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3951  50S ribosomal protein L28  75.32 
 
 
78 aa  119  2e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2733  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  117  4e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1253  50S ribosomal protein L28  72.73 
 
 
78 aa  117  4e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2870  50S ribosomal protein L28  73.68 
 
 
77 aa  117  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0696096  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>