More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_0068 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03500  ribonuclease PH  100 
 
 
238 aa  484  1e-136  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0681369  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4068  ribonuclease PH  99.58 
 
 
238 aa  483  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.010474  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4144  ribonuclease PH  99.58 
 
 
238 aa  483  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00364124  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3852  ribonuclease PH  100 
 
 
238 aa  484  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0309904  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5013  ribonuclease PH  99.58 
 
 
238 aa  483  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3978  ribonuclease PH  99.58 
 
 
238 aa  483  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.055913  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0068  ribonuclease PH  100 
 
 
238 aa  484  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000387167  hitchhiker  1.82868e-07 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0062  ribonuclease PH  98.74 
 
 
238 aa  479  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03452  hypothetical protein  100 
 
 
230 aa  468  1e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0505808  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4014  ribonuclease PH  96.64 
 
 
238 aa  448  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4121  ribonuclease PH  96.64 
 
 
238 aa  448  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.790075  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3951  ribonuclease PH  96.64 
 
 
238 aa  448  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4060  ribonuclease PH  96.64 
 
 
238 aa  448  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.944116 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3933  ribonuclease PH  96.64 
 
 
238 aa  448  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.310122  hitchhiker  3.91387e-05 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0096  ribonuclease PH  93.7 
 
 
238 aa  436  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.50257  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3965  ribonuclease PH  85.71 
 
 
238 aa  425  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0503837  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4847  ribonuclease PH  87.82 
 
 
238 aa  422  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.104243  hitchhiker  6.03572e-06 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4160  ribonuclease PH  88.14 
 
 
238 aa  416  1e-115  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40103  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0049  ribonuclease PH  88.14 
 
 
238 aa  416  1e-115  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0056  ribonuclease PH  88.14 
 
 
238 aa  416  1e-115  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.187742  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4395  ribonuclease PH  86.55 
 
 
238 aa  415  1e-115  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00847728  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4106  ribonuclease PH  86.97 
 
 
238 aa  416  1e-115  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0374298  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0153  ribonuclease PH  86.13 
 
 
238 aa  412  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0207  ribonuclease PH  76.37 
 
 
238 aa  384  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1292  ribonuclease PH  76.79 
 
 
238 aa  385  1e-106  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0523013  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001827  ribonuclease PH  74.37 
 
 
238 aa  380  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0308379  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00648  ribonuclease PH  73.95 
 
 
240 aa  379  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0320  ribonuclease PH  77.12 
 
 
237 aa  374  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3844  ribonuclease PH  75.95 
 
 
237 aa  375  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3488  ribonuclease PH  75.95 
 
 
237 aa  373  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0456  ribonuclease PH  75 
 
 
237 aa  367  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0352  ribonuclease PH  75.42 
 
 
237 aa  369  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.666936 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3604  ribonuclease PH  75.42 
 
 
237 aa  369  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2589  ribonuclease PH  73.11 
 
 
238 aa  369  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.704715  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4256  ribonuclease PH  75.85 
 
 
237 aa  370  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3777  ribonuclease PH  75.42 
 
 
237 aa  369  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0319  ribonuclease PH  73.73 
 
 
237 aa  363  2e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04048  ribonuclease PH  72.15 
 
 
237 aa  361  6e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0378  ribonuclease PH  75.11 
 
 
237 aa  355  2e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  5.79905e-11 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4282  ribonuclease PH  71.19 
 
 
237 aa  355  5e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.887311  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0112  ribonuclease PH  70.89 
 
 
237 aa  355  5e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3836  ribonuclease PH  74.68 
 
 
237 aa  353  2e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0369  ribonuclease PH  75.42 
 
 
237 aa  350  9e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0370  ribonuclease PH  75.42 
 
 
237 aa  350  9e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0395  ribonuclease PH  75.42 
 
 
237 aa  350  9e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  7.81282e-07 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0381  ribonuclease PH  75.42 
 
 
237 aa  350  9e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.128151 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4568  ribonuclease PH  74.26 
 
 
237 aa  349  2e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  1.88043e-08 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3479  ribonuclease PH  67.8 
 
 
239 aa  342  4e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.36463 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4361  ribonuclease PH  67.65 
 
 
239 aa  340  1e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.889932  hitchhiker  0.00892611 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4386  ribonuclease PH  68.78 
 
 
239 aa  340  2e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0782226 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6110  ribonuclease PH  69.49 
 
 
239 aa  338  6e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0548  ribonuclease PH  68.35 
 
 
238 aa  337  1e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70420  ribonuclease PH  69.49 
 
 
239 aa  337  1e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0077  ribonuclease PH  67.65 
 
 
240 aa  335  4e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0179  ribonuclease PH  67.65 
 
 
240 aa  335  4e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.308415  hitchhiker  7.67641e-06 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0213  ribonuclease PH  67.65 
 
 
240 aa  335  5e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5342  ribonuclease PH  68.07 
 
 
240 aa  334  6e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.452896  normal  0.0235575 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5202  ribonuclease PH  68.07 
 
 
240 aa  334  8e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.883526  normal  0.399595 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5294  ribonuclease PH  68.07 
 
 
240 aa  334  8e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.475514 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5547  ribonuclease PH  67.23 
 
 
240 aa  333  1e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.376694 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02850  ribonuclease PH  68.35 
 
 
239 aa  333  2e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3683  ribonuclease PH  67.93 
 
 
239 aa  332  5e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0449428 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3851  ribonuclease PH  67.09 
 
 
238 aa  329  2e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.92407  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1994  ribonuclease PH  65.96 
 
 
235 aa  327  1e-88  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1989  ribonuclease PH  65.96 
 
 
235 aa  327  1e-88  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0705  ribonuclease PH  68.09 
 
 
241 aa  326  2e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.531661 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2960  ribonuclease PH  66.1 
 
 
239 aa  323  1e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.552332  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02369  ribonuclease PH  67.37 
 
 
241 aa  323  1e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2191  ribonuclease PH  67.37 
 
 
238 aa  322  2e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.184109  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3206  ribonuclease PH  65.4 
 
 
245 aa  322  5e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3024  ribonuclease PH  65.68 
 
 
243 aa  319  2e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1865  ribonuclease PH  64.83 
 
 
238 aa  318  5e-86  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2035  ribonuclease PH  64.38 
 
 
238 aa  318  6e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1960  ribonuclease PH  65.68 
 
 
238 aa  317  1e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0244748  normal  0.445772 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2446  ribonuclease PH  66.1 
 
 
238 aa  317  1e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2154  ribonuclease PH  64.41 
 
 
238 aa  316  2e-85  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2343  ribonuclease PH  65.95 
 
 
242 aa  316  2e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0385  ribonuclease PH  65.25 
 
 
239 aa  316  2e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0971657  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1977  ribonuclease PH  65.95 
 
 
242 aa  316  2e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.87042  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2474  ribonuclease PH  63.45 
 
 
242 aa  315  3e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0667  ribonuclease PH  63.83 
 
 
246 aa  315  5e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.500053  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0973  ribonuclease PH  63.03 
 
 
238 aa  314  7e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2311  ribonuclease PH  63.98 
 
 
239 aa  313  1e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0858  ribonuclease PH  64.14 
 
 
244 aa  313  1e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1629  ribonuclease PH  64.71 
 
 
243 aa  313  2e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.230363  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2280  ribonuclease PH  64.41 
 
 
238 aa  313  2e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.865381 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2705  tRNA nucleotidyltransferase  65.82 
 
 
241 aa  313  2e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0551  ribonuclease PH  63.29 
 
 
261 aa  312  3e-84  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0405  ribonuclease PH  62.03 
 
 
237 aa  312  3e-84  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3270  ribonuclease PH  63.98 
 
 
241 aa  312  3e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0923  ribonuclease PH  63.71 
 
 
244 aa  312  4e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0027923 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1782  ribonuclease PH  62.03 
 
 
239 aa  312  4e-84  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2442  ribonuclease PH  61.6 
 
 
239 aa  312  4e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.987543  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2159  ribonuclease PH  64.41 
 
 
238 aa  311  5e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0019254  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0903  ribonuclease PH  62.98 
 
 
246 aa  311  6e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.398117  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4105  ribonuclease PH  65.11 
 
 
243 aa  311  8e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.12332  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3087  ribonuclease PH  63.4 
 
 
246 aa  311  8e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.775447  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2365  ribonuclease PH  64.41 
 
 
239 aa  310  1e-83  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0852  ribonuclease PH  63.14 
 
 
238 aa  310  1e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0159871  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0957  ribonuclease PH  65.11 
 
 
246 aa  309  2e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.88797  normal  0.461387 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>