More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_0064 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009801  EcE24377A_4148  NAD-dependent DNA ligase LigB  98.93 
 
 
562 aa  1132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.969555  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4065  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.52 
 
 
561 aa  813  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3858  NAD-dependent DNA ligase LigB  99.82 
 
 
562 aa  1138  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0092  NAD-dependent DNA ligase LigB  59.45 
 
 
556 aa  696  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4019  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.34 
 
 
561 aa  811  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.69 
 
 
561 aa  812  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109468 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0064  NAD-dependent DNA ligase LigB  100 
 
 
560 aa  1141  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.199825  hitchhiker  0.000414581 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3956  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.69 
 
 
561 aa  813  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4126  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.87 
 
 
561 aa  817  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03456  hypothetical protein  100 
 
 
560 aa  1141  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03504  NAD-dependent DNA ligase LigB  100 
 
 
560 aa  1141  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0058  DNA ligase (NAD(+))  99.82 
 
 
560 aa  1139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3981  NAD-dependent DNA ligase LigB  97.14 
 
 
560 aa  1114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  98.21 
 
 
577 aa  1123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4491  NAD-dependent DNA ligase LigB  47.1 
 
 
563 aa  510  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.32 
 
 
575 aa  496  1e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4144  NAD-dependent DNA ligase LigB  47.39 
 
 
560 aa  494  1e-138  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.610084  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4208  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.12 
 
 
562 aa  494  1e-138  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4175  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.97 
 
 
567 aa  487  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.388697  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0042  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.97 
 
 
567 aa  488  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0046  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.11 
 
 
558 aa  482  1e-135  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5270  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.49 
 
 
558 aa  455  1e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.27312  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0382  DNA ligase, NAD-dependent, putative  41.59 
 
 
561 aa  433  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4796  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.62 
 
 
561 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0176642 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0498  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.19 
 
 
567 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436093  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4841  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.23 
 
 
566 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596764  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0453  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.53 
 
 
562 aa  419  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4968  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.26 
 
 
566 aa  417  1e-115  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.49 
 
 
566 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03590  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.61 
 
 
560 aa  402  1e-110  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145228  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1518  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.31 
 
 
629 aa  374  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  4.66124e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0568  NAD-dependent DNA ligase  25.39 
 
 
680 aa  152  1e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  24.32 
 
 
667 aa  144  3e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3645  DNA ligase, NAD-dependent  24.42 
 
 
692 aa  144  4e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0562  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.02 
 
 
660 aa  142  2e-32  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0449275  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2085  DNA ligase, NAD-dependent  24.37 
 
 
699 aa  141  3e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0427  NAD-dependent DNA ligase  25.57 
 
 
684 aa  138  3e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0673  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.74 
 
 
651 aa  136  1e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  23.17 
 
 
667 aa  135  2e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  23.17 
 
 
667 aa  135  2e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  24 
 
 
688 aa  133  8e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  24 
 
 
688 aa  133  8e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  24.47 
 
 
663 aa  131  3e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  23.41 
 
 
665 aa  131  4e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1444  DNA ligase, NAD-dependent  24.9 
 
 
680 aa  130  5e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0179686  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  22.96 
 
 
662 aa  130  5e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0163  DNA ligase, NAD-dependent  24.29 
 
 
685 aa  130  7e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0316123  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  22.84 
 
 
670 aa  130  8e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1515  NAD-dependent DNA ligase  23.79 
 
 
668 aa  130  8e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.872196 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  24.08 
 
 
673 aa  129  1e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0702  NAD-dependent DNA ligase  21.79 
 
 
677 aa  128  3e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0475  DNA ligase, NAD-dependent  23.88 
 
 
676 aa  127  4e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0996  DNA ligase, NAD-dependent  22.57 
 
 
668 aa  127  6e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf373  DNA ligase  23.36 
 
 
665 aa  126  1e-27  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  1.22507e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2205  DNA ligase, NAD-dependent  25.48 
 
 
708 aa  125  2e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1227  DNA ligase, NAD-dependent  25.29 
 
 
656 aa  125  2e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1554  DNA ligase, NAD-dependent  25.67 
 
 
664 aa  125  2e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.344764  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  24.61 
 
 
672 aa  125  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2016  DNA ligase, NAD-dependent  24.87 
 
 
673 aa  125  2e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0483  DNA ligase, NAD-dependent  23.76 
 
 
674 aa  125  2e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0011  DNA ligase, NAD-dependent  25.09 
 
 
794 aa  124  4e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.996124  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1699  DNA ligase (NAD+)  26.4 
 
 
677 aa  124  5e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.699894  normal  0.700726 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0301  DNA ligase, NAD-dependent  22.18 
 
 
676 aa  124  6e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.10932  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2086  DNA ligase, NAD-dependent  24.48 
 
 
670 aa  123  7e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  25.61 
 
 
686 aa  123  8e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0696  DNA ligase, NAD-dependent  23.71 
 
 
684 aa  122  1e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.266157  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0689  NAD-dependent DNA ligase LigA  21.85 
 
 
647 aa  122  2e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0369  DNA ligase (NAD(+))  25.29 
 
 
661 aa  122  2e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  27.22 
 
 
668 aa  122  2e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09423  DNA ligase  22.66 
 
 
664 aa  121  4e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.624424  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  28.43 
 
 
795 aa  120  4e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1017  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.83 
 
 
645 aa  120  5e-26  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.682519  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  22.55 
 
 
673 aa  120  5e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1084  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.8 
 
 
700 aa  120  6e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.419808  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0850  NAD-dependent DNA ligase LigA  21.88 
 
 
652 aa  120  6e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  22.67 
 
 
681 aa  120  7e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0728  DNA ligase, NAD-dependent  25.74 
 
 
687 aa  120  7e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1371  DNA ligase, NAD-dependent  21.92 
 
 
648 aa  120  7e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00123694  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  24.6 
 
 
673 aa  120  8e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.05 
 
 
670 aa  120  9e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  24.86 
 
 
714 aa  119  1e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  22.47 
 
 
670 aa  119  1e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  23.28 
 
 
670 aa  119  1e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.39643e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  23.72 
 
 
675 aa  119  1e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0729  DNA ligase, NAD-dependent  26.68 
 
 
687 aa  119  1e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0423  NAD-dependent DNA ligase LigA  23 
 
 
660 aa  119  1e-25  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0596  DNA ligase, NAD-dependent  23.74 
 
 
677 aa  119  1e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0571  DNA ligase, NAD-dependent  23.95 
 
 
680 aa  119  1e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135698  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_536  DNA ligase, NAD-dependent  23.79 
 
 
680 aa  119  2e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0136  DNA ligase, NAD-dependent  21.03 
 
 
673 aa  118  2e-25  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.145225  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1083  NAD-dependent DNA ligase LigA  21.85 
 
 
647 aa  119  2e-25  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.88186  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1433  DNA ligase, NAD-dependent  23.28 
 
 
704 aa  119  2e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  24.29 
 
 
694 aa  118  2e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_002978  WD0776  DNA ligase, NAD-dependent  23.11 
 
 
662 aa  118  2e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  24.35 
 
 
715 aa  119  2e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0066  DNA ligase, NAD-dependent  23.24 
 
 
671 aa  118  3e-25  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0614  NAD-dependent DNA ligase LigA  21.67 
 
 
647 aa  118  3e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3318  DNA ligase, NAD-dependent  22.65 
 
 
670 aa  118  3e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.563923 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0427  DNA ligase, NAD-dependent  24.01 
 
 
675 aa  117  4e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  24.39 
 
 
685 aa  117  4e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>