More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_0053 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  95.09 
 
 
387 aa  769  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  80.36 
 
 
397 aa  674  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  84.9 
 
 
389 aa  695  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  100 
 
 
391 aa  813  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.613927 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  69.17 
 
 
394 aa  582  1e-165  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  69.17 
 
 
394 aa  582  1e-165  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  68.39 
 
 
417 aa  576  1e-163  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  67.88 
 
 
396 aa  572  1e-162  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  63.99 
 
 
409 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  62.79 
 
 
396 aa  533  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  60.1 
 
 
410 aa  513  1e-144  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  62.95 
 
 
387 aa  511  1e-144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  58.81 
 
 
404 aa  507  1e-142  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  56.99 
 
 
402 aa  498  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  55.44 
 
 
404 aa  485  1e-136  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  55.84 
 
 
404 aa  486  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  55.44 
 
 
404 aa  484  1e-135  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  57.77 
 
 
404 aa  482  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  57.77 
 
 
404 aa  482  1e-135  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  57.77 
 
 
404 aa  482  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  56.22 
 
 
402 aa  476  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  55.7 
 
 
394 aa  472  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  57.22 
 
 
396 aa  469  1e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  52.85 
 
 
394 aa  448  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  53.11 
 
 
396 aa  450  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  53.11 
 
 
394 aa  448  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  52.85 
 
 
395 aa  445  1e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  8.24162e-07 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  53.11 
 
 
401 aa  439  1e-122  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  56.46 
 
 
367 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1309  integrase family protein  47.44 
 
 
385 aa  380  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00894189  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3582  integrase  47.18 
 
 
397 aa  375  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  1.0448e-12 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  44.68 
 
 
401 aa  362  5e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  45.15 
 
 
404 aa  361  1e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  45.08 
 
 
391 aa  360  2e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  46.75 
 
 
402 aa  352  9e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  3.57829e-05 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  43.9 
 
 
402 aa  351  1e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  44.47 
 
 
407 aa  335  9e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  41.9 
 
 
404 aa  335  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  43.85 
 
 
401 aa  332  5e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  43.64 
 
 
404 aa  332  8e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  42.16 
 
 
404 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  42.16 
 
 
404 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  44.7 
 
 
421 aa  329  5e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  41.65 
 
 
404 aa  329  5e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  41.04 
 
 
422 aa  323  5e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  40.87 
 
 
406 aa  318  1e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  41.9 
 
 
394 aa  318  1e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  40.57 
 
 
438 aa  317  2e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  43.19 
 
 
406 aa  317  3e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  40.62 
 
 
393 aa  315  7e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  38.27 
 
 
411 aa  313  4e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.92707e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  38.96 
 
 
420 aa  311  9e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  41.39 
 
 
404 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  43.75 
 
 
410 aa  311  2e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  37.81 
 
 
419 aa  310  3e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  41.84 
 
 
425 aa  310  4e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  38.46 
 
 
421 aa  307  2e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  38.06 
 
 
421 aa  308  2e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3385  site-specific recombinase, phage integrase family  41.34 
 
 
391 aa  306  4e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059991  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  40.51 
 
 
405 aa  306  4e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  41.6 
 
 
401 aa  306  6e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  40 
 
 
407 aa  305  7e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  40.82 
 
 
411 aa  305  8e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  41.75 
 
 
403 aa  302  5e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.05 
 
 
420 aa  302  6e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  40.05 
 
 
400 aa  302  8e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  38.81 
 
 
420 aa  301  9e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  40.56 
 
 
404 aa  301  9e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  37.06 
 
 
421 aa  300  2e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  38.21 
 
 
418 aa  301  2e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  38.81 
 
 
421 aa  301  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  40.4 
 
 
413 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  38.81 
 
 
421 aa  299  5e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  40.56 
 
 
419 aa  298  1e-79  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  38.54 
 
 
390 aa  296  4e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1315  phage integrase family protein  42.11 
 
 
378 aa  295  9e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00318446  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  37.72 
 
 
418 aa  295  1e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  39.35 
 
 
397 aa  293  3e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  40.36 
 
 
403 aa  292  8e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0958  integrase family protein  38.24 
 
 
403 aa  291  2e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0697  integrase family protein  41.61 
 
 
618 aa  290  3e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0447  integrase family protein  37.47 
 
 
419 aa  289  5e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3537  integrase family protein  36.5 
 
 
419 aa  289  7e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  39.69 
 
 
402 aa  288  1e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  38.31 
 
 
419 aa  288  1e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  36.5 
 
 
424 aa  287  2e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  38.31 
 
 
419 aa  286  3e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2952  phage integrase family protein  38.6 
 
 
397 aa  287  3e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  3.20289e-17 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  38.99 
 
 
412 aa  287  3e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3101  phage integrase family protein  37.73 
 
 
395 aa  286  6e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.241472 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  39.55 
 
 
420 aa  286  6e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1063  integrase family protein  38.02 
 
 
398 aa  285  7e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  37.72 
 
 
419 aa  285  7e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0723  integrase family protein  38.48 
 
 
402 aa  283  3e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3372  integrase family protein  38.28 
 
 
601 aa  282  7e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  38.66 
 
 
389 aa  281  1e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  40.41 
 
 
445 aa  281  2e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3034  integrase family protein  35.75 
 
 
419 aa  280  4e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  37.41 
 
 
428 aa  280  4e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0501  integrase family protein  35.5 
 
 
419 aa  278  1e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>