144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_0043 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  72.45 
 
 
777 aa  1172  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.382888 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  73.45 
 
 
776 aa  1181  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  83.98 
 
 
777 aa  1358  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  2.73638e-05 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  99.61 
 
 
777 aa  1604  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  99.61 
 
 
777 aa  1602  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  60.18 
 
 
775 aa  922  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  100 
 
 
777 aa  1610  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  59.84 
 
 
775 aa  926  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  83.61 
 
 
777 aa  1350  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0890  D5 family nucleoside triphosphatase  40.69 
 
 
763 aa  545  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3860  D5 family nucleoside triphosphatase  40.56 
 
 
763 aa  544  1e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.503803  normal  0.0447982 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0946  D5 family nucleoside triphosphatase  50.88 
 
 
605 aa  476  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0622  P4 family phage/plasmid primase  49.43 
 
 
477 aa  452  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.77951  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0533  phage DNA primase-like protein  31.31 
 
 
636 aa  203  1e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0606801  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2642  zinc-binding domain of primase-helicase family  39.38 
 
 
895 aa  192  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.740754  hitchhiker  6.96733e-12 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3699  P4 alpha zinc-binding domain protein  36.6 
 
 
678 aa  181  4e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.482092  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3707  P4 alpha zinc-binding domain protein  38.48 
 
 
681 aa  181  5e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3548  P4 alpha zinc-binding domain protein  38.3 
 
 
681 aa  181  6e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.88149  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4783  zinc-binding domain protein, primase-helicase family  37.03 
 
 
890 aa  177  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0381  inner membrane protein  36.71 
 
 
890 aa  174  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.401126 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  36.95 
 
 
899 aa  166  1e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2368  protein of unknown function DUF927  37.11 
 
 
878 aa  153  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.124807  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0945  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  36.3 
 
 
273 aa  149  1e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.550543  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2243  hypothetical protein  31.4 
 
 
368 aa  136  1e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3881  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  33.24 
 
 
929 aa  135  4e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0469  bacteriophage DNA primase  33.33 
 
 
338 aa  126  1e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.419516 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4533  P4 family phage/plasmid primase  32.93 
 
 
1172 aa  110  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4492  phage/plasmid primase, P4 family  32.93 
 
 
1172 aa  110  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5628  P4 family phage/plasmid primase  30.04 
 
 
1145 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.65428e-10 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2662  Phage/plasmid primase P4-like protein  28.15 
 
 
632 aa  104  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2291  hypothetical protein  30.74 
 
 
336 aa  95.9  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.237605  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2652  hypothetical protein  32.52 
 
 
813 aa  95.9  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.442336  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2694  hypothetical protein  30.56 
 
 
309 aa  92  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0978065  hitchhiker  0.00111937 
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5581  primase P4  24.43 
 
 
1000 aa  91.7  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2820  hypothetical protein  38.04 
 
 
275 aa  89  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140761  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0087  TOPRIM domain-containing protein  35.68 
 
 
782 aa  86.3  2e-15  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.417262  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2573  hypothetical protein  26.26 
 
 
336 aa  86.3  2e-15  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.573023 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2983  hypothetical protein  39.06 
 
 
271 aa  85.5  3e-15  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1367  P4 family phage/plasmid primase  28.37 
 
 
524 aa  84.3  7e-15  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.357272  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3418  DNA primase domain protein  28.52 
 
 
739 aa  83.6  1e-14  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0205684  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2483  hypothetical protein  33.51 
 
 
848 aa  82.8  2e-14  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3727  phage P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  31.03 
 
 
361 aa  82  4e-14  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2008  DNA primase  35 
 
 
955 aa  79.3  2e-13  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.491105  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2480  hypothetical protein  31.37 
 
 
303 aa  79.3  3e-13  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2130  TOPRIM domain-containing protein  37.31 
 
 
277 aa  78.6  4e-13  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.647312  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0931  hypothetical protein  32.6 
 
 
818 aa  77.8  7e-13  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1865  hypothetical protein  32.47 
 
 
746 aa  77.4  1e-12  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.150258  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1360  hypothetical protein  34.78 
 
 
272 aa  77  1e-12  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.687971  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4668  hypothetical protein  33.79 
 
 
1077 aa  76.6  2e-12  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5359  P4 family phage/plasmid primase  23.73 
 
 
531 aa  75.5  3e-12  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00485157  hitchhiker  1.90106e-15 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3747  helicase domain-containing protein  49.28 
 
 
321 aa  74.7  5e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.587064  normal 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0049  DNA primase, putative  29 
 
 
1389 aa  74.3  7e-12  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0098  hypothetical protein  34.83 
 
 
950 aa  74.3  9e-12  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2406  TOPRIM domain-containing protein  46.15 
 
 
797 aa  73.6  1e-11  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348772  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0964  hypothetical protein  34.68 
 
 
278 aa  73.9  1e-11  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2711  hypothetical protein  39.22 
 
 
297 aa  73.2  2e-11  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1556  phage P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  29.04 
 
 
334 aa  72.4  3e-11  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736837  normal  0.0581478 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0113  hypothetical protein  35 
 
 
950 aa  72  4e-11  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0309  inner membrane protein  35 
 
 
955 aa  72  4e-11  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0057  DNA primase TraC  30 
 
 
1557 aa  71.6  5e-11  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1986  P4 family phage/plasmid primase  27.52 
 
 
717 aa  70.1  1e-10  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1754  inner membrane protein  35.47 
 
 
958 aa  70.5  1e-10  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2366  inner membrane protein  35.47 
 
 
958 aa  70.5  1e-10  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1734  P4 family phage/plasmid primase  23.91 
 
 
624 aa  70.1  2e-10  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2847  P4 family phage/plasmid primase  25.84 
 
 
717 aa  68.9  3e-10  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.318392  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2484  primase 2  34.98 
 
 
953 aa  68.9  3e-10  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1288  inner membrane protein  35.47 
 
 
953 aa  68.6  5e-10  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0903  virulence-associated E family protein  31.47 
 
 
778 aa  68.2  6e-10  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0727  hypothetical protein  40.66 
 
 
847 aa  67.8  8e-10  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0668  hypothetical protein  29.47 
 
 
833 aa  66.6  1e-09  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4734  P4 alpha zinc-binding domain protein  46.27 
 
 
355 aa  67  1e-09  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.48462 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3115  P4 family phage/plasmid primase  26.1 
 
 
695 aa  66.2  2e-09  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00327339  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2911  P4 family phage/plasmid primase  23.77 
 
 
769 aa  66.2  2e-09  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3038  TraC domain-containing protein  27.43 
 
 
736 aa  66.6  2e-09  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.35161 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1052  plasmid/phage primase  22.29 
 
 
828 aa  65.5  4e-09  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0990831  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3978  virulence-associated E family protein  27.54 
 
 
744 aa  65.5  4e-09  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00795636  normal  0.108518 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1765  putative DNA replication primase  28.25 
 
 
621 aa  65.1  5e-09  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121744  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0173  Primase 2  32.09 
 
 
637 aa  64.7  6e-09  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.214274 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0951  DNA primase  33.77 
 
 
354 aa  63.9  1e-08  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.760511  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1315  Phage/plasmid primase P4-like  21.47 
 
 
771 aa  63.9  1e-08  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2865  P4 family phage/plasmid primase  25.09 
 
 
717 aa  63.9  1e-08  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0870344  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6521  TOPRIM  32.53 
 
 
1448 aa  63.9  1e-08  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013749  Htur_5275  phage/plasmid primase, P4 family  25.73 
 
 
1285 aa  63.9  1e-08  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.413265  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6616  hypothetical protein  31.93 
 
 
1448 aa  63.5  2e-08  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0777828  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6494  Primase 2  28.75 
 
 
621 aa  62.8  2e-08  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.921039 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4324  hypothetical protein  28.21 
 
 
341 aa  62.8  2e-08  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.414651  normal 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0098  DNA primase  30.41 
 
 
1255 aa  63.2  2e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0943  DNA primase  31.33 
 
 
621 aa  62.8  2e-08  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5216  P4 alpha zinc-binding domain protein  49.06 
 
 
358 aa  62.4  3e-08  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1551  P4 alpha zinc-binding domain protein  49.06 
 
 
358 aa  62.4  3e-08  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0020  DNA primase TraC  27.41 
 
 
986 aa  62.4  3e-08  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0819  phage DNA polymerase  21.72 
 
 
501 aa  62  4e-08  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.020371  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5782  P4 family phage/plasmid primase  26.07 
 
 
978 aa  62  4e-08  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1166  virulence-associated E family protein  35.51 
 
 
896 aa  61.6  5e-08  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.67711 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2797  P4 family phage/plasmid primase  26.1 
 
 
782 aa  59.7  2e-07  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2551  P4 family phage/plasmid primase  21.7 
 
 
507 aa  60.1  2e-07  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00685324  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2363  P4 family phage/plasmid primase  23.21 
 
 
900 aa  59.3  2e-07  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.134439  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0459  putative DNA replication primase  29.33 
 
 
644 aa  59.3  3e-07  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.586117  normal 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2244  hypothetical protein  32.47 
 
 
1495 aa  58.5  4e-07  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4248  hypothetical protein  33.08 
 
 
1580 aa  58.5  4e-07  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>