More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_0030 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03553  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system wtih UhpB  100 
 
 
196 aa  396  1e-110  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03495  hypothetical protein  100 
 
 
196 aa  396  1e-110  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5099  DNA-binding transcriptional activator UhpA  100 
 
 
196 aa  396  1e-110  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0828785 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4034  DNA-binding transcriptional activator UhpA  100 
 
 
196 aa  396  1e-110  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.383338 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3882  DNA-binding transcriptional activator UhpA  100 
 
 
196 aa  396  1e-110  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4178  DNA-binding transcriptional activator UhpA  100 
 
 
196 aa  396  1e-110  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0034  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
196 aa  396  1e-110  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4250  DNA-binding transcriptional activator UhpA  100 
 
 
196 aa  396  1e-110  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0030  DNA-binding transcriptional activator UhpA  100 
 
 
196 aa  396  1e-110  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4179  DNA-binding transcriptional activator UhpA  97.96 
 
 
196 aa  390  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4071  DNA-binding transcriptional activator UhpA  97.96 
 
 
196 aa  390  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4016  DNA-binding transcriptional activator UhpA  97.96 
 
 
196 aa  390  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4000  DNA-binding transcriptional activator UhpA  97.96 
 
 
196 aa  390  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.348805  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4121  DNA-binding transcriptional activator UhpA  97.45 
 
 
196 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97066  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0027  DNA-binding transcriptional activator UhpA  92.86 
 
 
197 aa  374  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3504  DNA-binding transcriptional activator UhpA  91.33 
 
 
196 aa  367  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0081  two component LuxR family transcriptional regulator  67.02 
 
 
196 aa  259  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4132  two-component system response regulator  66.49 
 
 
196 aa  259  2e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.249835 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4080  transcriptional regulatory protein UhpA  66.49 
 
 
196 aa  259  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0132  two component LuxR family transcriptional regulator  65.28 
 
 
196 aa  257  8e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.401597  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000091  transcriptional regulatory protein UhpA  64.62 
 
 
202 aa  246  1e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.136186  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0622  transcriptional regulator UhpA  50.76 
 
 
208 aa  188  4e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2482  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.02 
 
 
211 aa  183  1e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1775  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.47 
 
 
209 aa  179  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.814588  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1688  LuxR family DNA-binding response regulator  47.96 
 
 
209 aa  179  2e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  2.02542e-07  normal  0.0533619 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2499  two component LuxR family transcriptional regulator  47.96 
 
 
209 aa  179  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.449467  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2402  LuxR family DNA-binding response regulator  47.96 
 
 
209 aa  179  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.37953e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1369  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.47 
 
 
218 aa  177  6e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.380225  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0836  two component LuxR family transcriptional regulator  48.17 
 
 
210 aa  160  9e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0438  transcriptional regulatory protein UhpA  47.89 
 
 
209 aa  157  8e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1987  two component LuxR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
215 aa  139  3e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0949899  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0306  two component LuxR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
215 aa  138  5e-32  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  1.61342e-10  hitchhiker  1.59266e-06 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
213 aa  135  4e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0090  two component LuxR family transcriptional regulator  38.5 
 
 
210 aa  133  1e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5126  two component LuxR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
209 aa  132  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.135043  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0242  two component LuxR family transcriptional regulator  44.22 
 
 
211 aa  132  4e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000159114 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2202  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.81 
 
 
213 aa  131  6e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1785  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 
206 aa  131  8e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.762084  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0745  putative two-component response regulator  39.3 
 
 
210 aa  130  2e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2902  two component LuxR family transcriptional regulator  39.41 
 
 
212 aa  129  2e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.255362  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3509  two component LuxR family transcriptional regulator  39.5 
 
 
239 aa  129  2e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.325902  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4618  LuxR response regulator receiver  38.81 
 
 
209 aa  129  2e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.601025 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0153  two component transcriptional regulator, LuxR family  39 
 
 
210 aa  130  2e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07840  putative two-component response regulator  38.81 
 
 
210 aa  129  2e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0171986 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0121  two component LuxR family transcriptional regulator  38.5 
 
 
210 aa  129  2e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.830531  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4628  two component LuxR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
219 aa  130  2e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2832  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.5 
 
 
210 aa  129  2e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.988429  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0560  DNA-binding response regulator, LuxR family  38.81 
 
 
209 aa  129  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0357  two-component response regulator  39.81 
 
 
210 aa  128  4e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00848176  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0292  response regulator transcription regulator protein  38.5 
 
 
210 aa  129  4e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3043  LuxR family DNA binding response regulator  42.21 
 
 
209 aa  128  4e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0029  two component LuxR family transcriptional regulator  40.49 
 
 
214 aa  129  4e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.317943  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  37 
 
 
210 aa  129  4e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1809  two component LuxR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
210 aa  129  4e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0145  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.5 
 
 
210 aa  128  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3862  two component LuxR family transcriptional regulator  39.2 
 
 
210 aa  127  7e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.734244  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04459  two-component system regulatory protein  36.84 
 
 
213 aa  127  8e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0105  two component LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
215 aa  127  9e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0303042  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1099  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.32 
 
 
213 aa  127  1e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1895  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.65 
 
 
213 aa  127  1e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  36.5 
 
 
218 aa  127  1e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1460  two component LuxR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
210 aa  127  1e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.39219  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2012  response regulator  36.5 
 
 
218 aa  126  2e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.24814e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2686  response regulator  36.5 
 
 
218 aa  126  2e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  9.57663e-07  normal  0.053055 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4792  two component LuxR family transcriptional regulator  41.79 
 
 
209 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.951072 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  36.5 
 
 
218 aa  125  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.44757e-08  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.5 
 
 
218 aa  125  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.21601e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1782  two component LuxR family transcriptional regulator  36.41 
 
 
214 aa  126  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.60675e-07 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2147  response regulator  36.5 
 
 
218 aa  125  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.0455e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  36.5 
 
 
218 aa  125  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  5.84326e-05  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0032  two component LuxR family transcriptional regulator  38.69 
 
 
210 aa  125  4e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.245451  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  36.32 
 
 
229 aa  125  4e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3747  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.97 
 
 
221 aa  125  4e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1680  response regulator receiver protein  39.78 
 
 
197 aa  125  4e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.516841 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6558  two component LuxR family transcriptional regulator  36.5 
 
 
210 aa  125  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5717  two component LuxR family transcriptional regulator  40.3 
 
 
220 aa  124  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.873964  hitchhiker  0.00405289 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1888  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.5 
 
 
212 aa  124  7e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.265772 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1026  response regulator protein  37.63 
 
 
217 aa  124  8e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0441  two component LuxR family transcriptional regulator  40.8 
 
 
209 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2455  response regulator  36.63 
 
 
214 aa  124  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.140183  normal  0.431169 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2780  two component LuxR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
226 aa  124  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0444  two component LuxR family transcriptional regulator  40.8 
 
 
209 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.577588 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1607  response regulator  37.13 
 
 
214 aa  123  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.06395e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2162  response regulator  36 
 
 
218 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.284818  hitchhiker  1.6111e-08 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1173  response regulator  36 
 
 
218 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  7.06228e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1296  response regulator  36 
 
 
218 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0547167  hitchhiker  5.64902e-06 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3743  two component LuxR family transcriptional regulator  39.15 
 
 
225 aa  124  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2103  response regulator  36 
 
 
218 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0532421  hitchhiker  0.00988724 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0410  LuxR family two component transcriptional regulator  40.8 
 
 
209 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1450  response regulator  36 
 
 
218 aa  123  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0815  two component LuxR family transcriptional regulator  38.5 
 
 
213 aa  123  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.80305e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3042  two component LuxR family transcriptional regulator  37.74 
 
 
222 aa  123  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.280021 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  35 
 
 
218 aa  122  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5200  two component transcriptional regulator, LuxR family  37 
 
 
223 aa  122  3e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0156716  normal  0.415255 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3419  LuxR response regulator receiver  40 
 
 
231 aa  122  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393456  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.19 
 
 
213 aa  122  3e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1336  two component LuxR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
208 aa  122  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2150  response regulator  36.45 
 
 
216 aa  122  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0590135  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.68 
 
 
210 aa  122  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.520546 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2110  response regulator  36 
 
 
218 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.167551  hitchhiker  2.38763e-15 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>