62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_0024 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03560  conserved inner membrane protein  100 
 
 
115 aa  227  3e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.785327  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03503  hypothetical protein  100 
 
 
115 aa  227  3e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.799269  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0024  isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  100 
 
 
115 aa  227  3e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0027  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  99.13 
 
 
115 aa  225  1e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5108  hypothetical protein  99.13 
 
 
115 aa  225  1e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.316723 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3889  hypothetical protein  99.13 
 
 
115 aa  225  1e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4184  hypothetical protein  99.13 
 
 
115 aa  225  1e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4042  hypothetical protein  99.13 
 
 
115 aa  225  1e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.783904 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4242  hypothetical protein  99.13 
 
 
115 aa  225  1e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4086  inner membrane protein YidH  93.91 
 
 
115 aa  203  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4014  inner membrane protein YidH  93.91 
 
 
115 aa  203  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.506622  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4031  inner membrane protein YidH  93.91 
 
 
115 aa  203  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4194  inner membrane protein YidH  93.91 
 
 
115 aa  203  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0019  hypothetical protein  82.61 
 
 
115 aa  195  2e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4135  hypothetical protein  93.91 
 
 
115 aa  183  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0151  protein of unknown function DUF202  49.53 
 
 
124 aa  110  8e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2741  hypothetical protein  50.91 
 
 
136 aa  105  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1527  protein of unknown function DUF202  50.91 
 
 
121 aa  103  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3966  protein of unknown function DUF202  52 
 
 
130 aa  100  8e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0890971  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0500  protein of unknown function DUF202  43.93 
 
 
128 aa  97.8  4e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12890  predicted membrane protein  48.08 
 
 
117 aa  94.4  5e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5317  hypothetical protein  44.34 
 
 
117 aa  93.2  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.619923  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5696  hypothetical protein  44.34 
 
 
117 aa  93.2  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5406  hypothetical protein  44.34 
 
 
117 aa  93.2  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.385872  normal  0.0586693 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5846  hypothetical protein  50 
 
 
117 aa  90.9  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.434453 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25700  predicted membrane protein  39.81 
 
 
124 aa  82.8  1e-15  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0978  hypothetical protein  48.31 
 
 
121 aa  83.2  1e-15  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0811  protein of unknown function DUF202  46.99 
 
 
115 aa  81.6  3e-15  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2929  hypothetical protein  44.14 
 
 
130 aa  80.1  1e-14  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1146  hypothetical protein  44 
 
 
123 aa  78.6  2e-14  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.817406  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0383  protein of unknown function DUF202  38.74 
 
 
111 aa  75.9  2e-13  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.612692  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26250  predicted membrane protein  37.29 
 
 
121 aa  75.5  2e-13  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1024  hypothetical protein  36.94 
 
 
121 aa  74.3  5e-13  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.486251  hitchhiker  0.000764257 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3235  protein of unknown function DUF202  50 
 
 
134 aa  71.2  4e-12  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2740  protein of unknown function DUF202  51.81 
 
 
119 aa  70.9  6e-12  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000277057  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0074  hypothetical protein  42.53 
 
 
133 aa  70.5  7e-12  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1718  hypothetical protein  40.38 
 
 
130 aa  68.6  2e-11  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.117272  normal  0.098151 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1696  hypothetical protein  42.42 
 
 
140 aa  68.2  3e-11  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.19095  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4409  protein of unknown function DUF202  38.37 
 
 
107 aa  68.2  4e-11  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.74916  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6525  hypothetical protein  43.42 
 
 
113 aa  67  8e-11  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.183433 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1177  protein of unknown function DUF202  39.64 
 
 
129 aa  66.6  1e-10  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0582675  normal  0.137438 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1719  hypothetical protein  39.62 
 
 
131 aa  65.5  2e-10  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0171  hypothetical protein  41.35 
 
 
124 aa  64.3  5e-10  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3698  hypothetical protein  43.93 
 
 
128 aa  62.8  1e-09  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04300  predicted membrane protein  48.78 
 
 
139 aa  62.8  2e-09  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2202  hypothetical protein  46.34 
 
 
111 aa  62  2e-09  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.480813  normal  0.604814 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12298  transmembrane protein  51.9 
 
 
122 aa  60.5  7e-09  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0154  protein of unknown function DUF202  37.5 
 
 
120 aa  59.7  1e-08  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5393  protein of unknown function DUF202  40 
 
 
104 aa  55.8  2e-07  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3058  protein of unknown function DUF202  45.56 
 
 
120 aa  54.7  5e-07  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.426571  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2939  protein of unknown function DUF202  39.81 
 
 
139 aa  54.3  5e-07  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0371875  hitchhiker  0.00232341 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2044  hypothetical protein  62.16 
 
 
128 aa  53.1  1e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.207277  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2302  protein of unknown function DUF202  74.19 
 
 
157 aa  52  2e-06  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3719  protein of unknown function DUF202  46.43 
 
 
126 aa  48.9  2e-05  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0159805 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3153  hypothetical protein  59.46 
 
 
128 aa  49.3  2e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.787108  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6983  protein of unknown function DUF202  29.27 
 
 
126 aa  46.6  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  7.02592e-05  hitchhiker  1.70628e-08 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_64135  predicted protein  60 
 
 
149 aa  45.1  0.0004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.498947 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35739  predicted protein  35.79 
 
 
169 aa  44.7  0.0005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1610  hypothetical protein  31.13 
 
 
131 aa  43.9  0.0007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.567401  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1696  protein of unknown function DUF202  30.77 
 
 
131 aa  43.5  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0533832  normal  0.205442 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2161  hypothetical protein  31.2 
 
 
129 aa  43.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.274618 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0982  protein of unknown function DUF202  51.43 
 
 
217 aa  40.4  0.009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  1.95459e-07  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>