105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_0013 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03573  predicted oxidoreductase with FAD/NAD(P)-binding domain  97.74 
 
 
354 aa  728  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.360175  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03517  hypothetical protein  97.74 
 
 
354 aa  728  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.394006  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5123  putative oxidoreductase  97.18 
 
 
354 aa  720  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.121383 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4056  putative oxidoreductase  96.89 
 
 
361 aa  723  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0013  putative oxidoreductase  100 
 
 
354 aa  739  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3902  putative oxidoreductase  96.89 
 
 
366 aa  721  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4200  putative oxidoreductase  98.59 
 
 
354 aa  732  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0013  putative oxidoreductase  98.02 
 
 
354 aa  729  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3617  putative oxidoreductase  54.05 
 
 
353 aa  397  1e-109  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0110465  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0371  putative oxidoreductase  53.18 
 
 
356 aa  393  1e-108  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0282  putative oxidoreductase  50.43 
 
 
353 aa  363  2e-99  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.951437  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4237  putative oxidoreductase  37.89 
 
 
356 aa  236  3e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  28.48 
 
 
400 aa  77.4  4e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2063  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 
399 aa  69.7  7e-11  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104109 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1602  geranylgeranyl reductase  30.1 
 
 
405 aa  69.3  8e-11  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.157827  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  28.3 
 
 
400 aa  68.2  2e-10  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  26.13 
 
 
380 aa  67  4e-10  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  25.66 
 
 
380 aa  66.2  7e-10  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  24.36 
 
 
379 aa  65.9  1e-09  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  25.94 
 
 
380 aa  65.9  1e-09  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  26.77 
 
 
394 aa  65.1  2e-09  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  23.71 
 
 
379 aa  65.1  2e-09  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  26.77 
 
 
394 aa  65.1  2e-09  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  27.4 
 
 
370 aa  65.1  2e-09  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  24.92 
 
 
394 aa  64.3  3e-09  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  23.05 
 
 
380 aa  63.9  4e-09  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  26.26 
 
 
402 aa  63.5  5e-09  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5289  geranylgeranyl reductase  26.71 
 
 
397 aa  62.8  8e-09  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.683475  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0167  geranylgeranyl reductase  27.04 
 
 
393 aa  62.4  1e-08  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  23.99 
 
 
380 aa  61.6  2e-08  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4822  geranylgeranyl reductase  26.71 
 
 
397 aa  61.6  2e-08  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.47928  normal  0.0333239 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  27.71 
 
 
387 aa  59.7  7e-08  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  25.91 
 
 
362 aa  59.3  9e-08  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1854  geranylgeranyl reductase  25.42 
 
 
408 aa  58.9  1e-07  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0189229 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  25 
 
 
379 aa  58.9  1e-07  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1721  geranylgeranyl reductase  27.15 
 
 
401 aa  57.4  4e-07  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889725  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  24.57 
 
 
376 aa  56.6  7e-07  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1240  geranylgeranyl reductase  25.38 
 
 
455 aa  54.7  2e-06  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.525757 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  27.3 
 
 
367 aa  54.3  3e-06  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  23.28 
 
 
394 aa  54.7  3e-06  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  27.02 
 
 
389 aa  53.5  5e-06  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1355  geranylgeranyl reductase  26.78 
 
 
358 aa  53.1  6e-06  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0520333 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4276  geranylgeranyl reductase  22.16 
 
 
405 aa  53.5  6e-06  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1664  geranylgeranyl reductase  25.16 
 
 
407 aa  53.5  6e-06  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6424  geranylgeranyl reductase  26.59 
 
 
403 aa  53.1  7e-06  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0636  glucose-inhibited division protein A  25.52 
 
 
395 aa  52.8  9e-06  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.779451  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1304  geranylgeranyl reductase  26.5 
 
 
400 aa  52.8  9e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0808  geranylgeranyl reductase  23.93 
 
 
406 aa  52.4  1e-05  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.967973  hitchhiker  0.000310699 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  24.51 
 
 
368 aa  52.4  1e-05  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1739  geranylgeranyl reductase  25.59 
 
 
358 aa  51.2  2e-05  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.539865  normal  0.0147858 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  25.16 
 
 
378 aa  50.8  3e-05  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  4.24296e-05 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  23.12 
 
 
406 aa  51.2  3e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  23.81 
 
 
406 aa  51.2  3e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08201  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  25 
 
 
446 aa  50.8  4e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08221  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  25 
 
 
446 aa  49.7  7e-05  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  31.33 
 
 
362 aa  49.7  8e-05  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  7.05466e-05 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3481  geranylgeranyl reductase  24.92 
 
 
374 aa  49.7  8e-05  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  22.19 
 
 
406 aa  49.3  9e-05  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  25.78 
 
 
413 aa  48.9  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10031  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  24.37 
 
 
449 aa  48.9  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.245076  normal  0.232729 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0269  geranylgeranyl reductase  24.63 
 
 
361 aa  49.3  0.0001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.0349456 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  24.78 
 
 
384 aa  48.9  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1194  FAD dependent oxidoreductase  27.14 
 
 
340 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.232264  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16731  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  22.7 
 
 
468 aa  48.5  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1496  geranylgeranyl reductase  23.03 
 
 
361 aa  48.5  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.963353  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1042  geranylgeranyl reductase  29.68 
 
 
388 aa  48.5  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4038  geranylgeranyl reductase  23.69 
 
 
406 aa  48.1  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.670598  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  24.22 
 
 
368 aa  47.8  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0385  geranylgeranyl reductase  23.6 
 
 
457 aa  47.8  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  27.41 
 
 
401 aa  47.8  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  24.03 
 
 
414 aa  47.8  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  23.84 
 
 
403 aa  47.8  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2311  monooxygenase FAD-binding  25 
 
 
383 aa  47.4  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0178  geranylgeranyl reductase  22.43 
 
 
405 aa  47.4  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0768  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  24.05 
 
 
446 aa  47.4  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1730  monooxygenase, FAD-binding  23.62 
 
 
395 aa  47.4  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.569431  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1497  geranylgeranyl reductase  23.93 
 
 
418 aa  47.4  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3460  geranylgeranyl reductase  22.42 
 
 
362 aa  47  0.0005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  24.92 
 
 
384 aa  47  0.0005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0303  geranylgeranyl reductase  25 
 
 
396 aa  47  0.0006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411579  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  24.69 
 
 
398 aa  46.6  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5431  2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase  25 
 
 
407 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.509963  normal  0.0291121 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1239  geranylgeranyl reductase  23.31 
 
 
452 aa  45.8  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.214331  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0399  FAD dependent oxidoreductase  23.72 
 
 
357 aa  45.8  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0918847  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1061  monooxygenase, FAD-binding protein  25.58 
 
 
338 aa  45.8  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05761  NAD binding site  28.57 
 
 
377 aa  45.8  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.680324  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1077  monooxygenase, FAD-binding  25.58 
 
 
338 aa  45.8  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0754157 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5367  geranylgeranyl reductase  25.08 
 
 
397 aa  45.8  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.707854 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  22.35 
 
 
387 aa  46.2  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  24.2 
 
 
382 aa  45.8  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2805  monooxygenase FAD-binding protein  23.7 
 
 
369 aa  45.1  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1088  monooxygenase, FAD-binding  25.12 
 
 
338 aa  45.1  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.129242  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5805  monooxygenase FAD-binding  26.32 
 
 
547 aa  44.7  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  1.8754e-05  hitchhiker  0.00132409 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2454  regulatory proteins, IclR  22.99 
 
 
575 aa  44.3  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.283629  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05461  NAD binding site  27.01 
 
 
377 aa  44.3  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2872  monooxygenase family protein  23.5 
 
 
449 aa  44.3  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5197  2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase  23.45 
 
 
407 aa  43.9  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1298  geranylgeranyl reductase  24.08 
 
 
369 aa  43.9  0.004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0807  geranylgeranyl reductase  22.98 
 
 
348 aa  43.9  0.004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00458422  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0862  geranylgeranyl reductase  25.26 
 
 
387 aa  43.9  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>