78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4363 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011353  ECH74115_5378  universal stress protein UspD  100 
 
 		 142 aa  293  7e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4363  universal stress protein UspD  100 
 
 		 142 aa  293  7e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.54659 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4154  universal stress protein UspD  99.3 
 
 		 142 aa  292  1e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4095  universal stress protein UspD  99.3 
 
 		 142 aa  292  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4405  universal stress protein UspD  99.3 
 
 		 142 aa  292  1e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03808  stress-induced protein  99.3 
 
 		 142 aa  292  1e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4457  universal stress protein UspD  99.3 
 
 		 142 aa  292  1e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03757  hypothetical protein  99.3 
 
 		 142 aa  292  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4062  UspA domain protein  99.3 
 
 		 142 aa  292  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4484  UspA domain protein  35.92 
 
 		 145 aa  104  5e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4201  UspA domain protein  36.17 
 
 		 145 aa  103  7e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3927  UspA domain protein  37.59 
 
 		 144 aa  103  7e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.864114  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4114  UspA domain protein  36.69 
 
 		 144 aa  102  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3909  UspA domain-containing protein  35.92 
 
 		 145 aa  101  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3965  universal stress protein A  35.92 
 
 		 144 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3794  universal stress protein A  35.92 
 
 		 144 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3784  universal stress protein A  35.92 
 
 		 144 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0353489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3904  universal stress protein A  35.92 
 
 		 144 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.79916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3861  universal stress protein A  35.92 
 
 		 144 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0446526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0221  UspA domain-containing protein  35.92 
 
 		 144 aa  100  5e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3695  universal stress protein A  35.92 
 
 		 144 aa  100  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3977  universal stress protein A  35.92 
 
 		 144 aa  100  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3784  universal stress protein A  35.92 
 
 		 144 aa  100  5e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3827  universal stress protein A  35.92 
 
 		 144 aa  100  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4841  universal stress protein A  35.92 
 
 		 144 aa  100  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03297  hypothetical protein  35.92 
 
 		 144 aa  100  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.17194  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0220  UspA domain protein  35.92 
 
 		 144 aa  100  5e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03344  universal stress global response regulator  35.92 
 
 		 144 aa  100  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.134289  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4691  UspA domain-containing protein  35.21 
 
 		 148 aa  100  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0120  UspA domain-containing protein  34.75 
 
 		 148 aa  98.6  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.792174  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4090  universal stress protein A  34.75 
 
 		 148 aa  98.6  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4035  universal stress protein A  34.75 
 
 		 148 aa  98.6  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2946  universal stress protein A  34.75 
 
 		 141 aa  89  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1121  universal stress protein A  30.66 
 
 		 141 aa  88.2  3e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000757775  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001946  universal stress protein A  31.91 
 
 		 141 aa  87.8  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1234  universal stress protein  36.96 
 
 		 138 aa  87  7e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.144061 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00532  universal stress protein  31.91 
 
 		 141 aa  87  7e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2438  universal stress protein A  32.62 
 
 		 141 aa  87  8e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0955  universal stress protein  32.14 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2471  universal stress protein UspC  30.71 
 
 		 141 aa  80.1  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000143058  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01853  hypothetical protein  32.14 
 
 		 142 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.171198  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2632  universal stress protein UspC  32.14 
 
 		 142 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00097653  hitchhiker  0.0000000000000132668 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01864  universal stress protein  32.14 
 
 		 142 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.113188  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1992  universal stress protein UspC  32.14 
 
 		 142 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000020089  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1739  universal stress protein UspC  32.14 
 
 		 142 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.342522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2127  universal stress protein UspC  32.14 
 
 		 142 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000153827  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1290  universal stress protein UspC  32.14 
 
 		 142 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000158426  hitchhiker  0.0000000604455 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0125  universal stress protein  34.97 
 
 		 140 aa  77.8  0.00000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.749286 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1747  UspA domain protein  32.14 
 
 		 142 aa  77.8  0.00000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.17703  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001381  universal stress protein family 8  29.08 
 
 		 189 aa  77.4  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000691396  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2143  universal stress protein UspC  30.71 
 
 		 142 aa  77  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0567863  hitchhiker  5.63035e-26 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2088  universal stress protein UspC  30.71 
 
 		 142 aa  76.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0115018  hitchhiker  1.03858e-28 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2082  universal stress protein UspC  30.71 
 
 		 142 aa  76.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.025537  decreased coverage  0.000000291933 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1194  universal stress protein UspC  30.71 
 
 		 142 aa  76.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000126998  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1317  universal stress protein UspC  30.71 
 
 		 142 aa  76.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0725531  hitchhiker  3.24254e-23 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06392  hypothetical protein  28.37 
 
 		 143 aa  74.3  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1969  UspA domain-containing protein  30.43 
 
 		 141 aa  73.9  0.0000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0857578  hitchhiker  0.00755954 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0959  universal stress protein  28.57 
 
 		 148 aa  67  0.00000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.151387 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000133  universal stress protein family 2  29.93 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0671042  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0954  universal stress protein  31.25 
 
 		 142 aa  66.6  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1452  UspA domain-containing protein  25.69 
 
 		 145 aa  59.7  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2991  universal stress protein UspC  25 
 
 		 139 aa  49.7  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.764967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2111  UspA domain-containing protein  24.65 
 
 		 146 aa  49.3  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000930123 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2080  universal stress protein A  24.29 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0102  universal stress protein family protein  24.29 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0589  universal stress protein  25.78 
 
 		 140 aa  47.8  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.558284  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2701  UspA domain protein  30 
 
 		 149 aa  47.4  0.00006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1714  hypothetical protein  28.12 
 
 		 150 aa  46.6  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4087  UspA domain-containing protein  24.81 
 
 		 145 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305818  normal  0.183761 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1780  universal stress protein  22.63 
 
 		 149 aa  43.9  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.134073  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45150  universal stress protein  29.73 
 
 		 271 aa  43.5  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3881  hypothetical protein  24.14 
 
 		 145 aa  42.4  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119665 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14170  universal stress protein, UspA family  25.42 
 
 		 146 aa  41.6  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0966  hypothetical protein  23.91 
 
 		 143 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0997  hypothetical protein  23.91 
 
 		 143 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2008  UspA domain-containing protein  28.1 
 
 		 141 aa  41.2  0.004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0762  UspA domain protein  26.17 
 
 		 148 aa  41.2  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3293  hypothetical protein  28.32 
 
 		 146 aa  40.8  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15731  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>